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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6po8 | ||||||
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タイトル | Structure of human neuronal nitric oxide synthase R354A/G357D mutant heme domain in complex with 4-((4-(2-Amino-4-methylquinolin-7-yl)-2-(aminomethyl)phenoxy)methyl)benzonitrile | ||||||
要素 | Nitric oxide synthase, brain一酸化窒素合成酵素 | ||||||
キーワード | oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor / nitric oxide synthase inhibitor complex heme enzyme / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of calcium ion transport into cytosol / myoblast fusion / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / ROS and RNS production in phagocytes / negative regulation of hydrolase activity / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / retrograde trans-synaptic signaling by nitric oxide / positive regulation of sodium ion transmembrane transport ...negative regulation of calcium ion transport into cytosol / myoblast fusion / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / ROS and RNS production in phagocytes / negative regulation of hydrolase activity / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / retrograde trans-synaptic signaling by nitric oxide / positive regulation of sodium ion transmembrane transport / positive regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / cadmium ion binding / positive regulation of the force of heart contraction / negative regulation of potassium ion transport / negative regulation of calcium ion transport / negative regulation of serotonin uptake / sodium channel regulator activity / striated muscle contraction / nitric-oxide synthase (NADPH) / regulation of cardiac muscle contraction / multicellular organismal response to stress / xenobiotic catabolic process / nitric-oxide synthase activity / nitric oxide mediated signal transduction / arginine catabolic process / regulation of sodium ion transport / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / Ion homeostasis / photoreceptor inner segment / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / response to hormone / cell redox homeostasis / 筋小胞体 / muscle contraction / cell periphery / 筋鞘 / cellular response to growth factor stimulus / vasodilation / calcium-dependent protein binding / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / NADP binding / response to heat / scaffold protein binding / transmembrane transporter binding / response to lipopolysaccharide / 樹状突起スパイン / postsynaptic density / response to hypoxia / 細胞骨格 / calmodulin binding / 脂質ラフト / シナプス / heme binding / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / ミトコンドリア / 核質 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.898 Å | ||||||
データ登録者 | Li, H. / Poulos, T.L. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020 タイトル: First Contact: 7-Phenyl-2-Aminoquinolines, Potent and Selective Neuronal Nitric Oxide Synthase Inhibitors That Target an Isoform-Specific Aspartate. 著者: Cinelli, M.A. / Reidl, C.T. / Li, H. / Chreifi, G. / Poulos, T.L. / Silverman, R.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6po8.cif.gz | 371.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6po8.ent.gz | 301.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6po8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/6po8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/6po8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6pmvC 6pmwC 6pmxC 6pmyC 6pmzC 6pn0C 6pn1C 6pn2C 6pn3C 6pn4C 6pn5C 6pn6C 6pn7C 6pn8C 6pn9C 6pnaC 6pnbC 6pncC 6pndC 6pneC 6pnfC 6pngC 6pnhC 6po5C 6po7C 6po9C 6poaC 6pobC 6pocC 6potC 6pouC 6povC 6powC 6poxC 6poyC 6pozC 6pp0C 6pp1C 6pp2C 6pp3C 6pp4C 4uh5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 48784.496 Da / 分子数: 2 / 変異: R354A,G357D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NOS1 / 器官: brain脳 / プラスミド: pCWori / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P29475, nitric-oxide synthase (NADPH) |
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-非ポリマー , 5種, 752分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-ZN / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.2 % / 解説: plates |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 8% PEG3350 35mM citric acid 65mM Bis-Tris-Propane 10% glycerol 5mM TCEP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月19日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.898→60 Å / Num. obs: 83692 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rpim(I) all: 0.047 / Rsym value: 0.155 / Net I/σ(I): 10.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 1.947 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4485 / CC1/2: 0.605 / Rpim(I) all: 0.603 / Rsym value: 1.947 / % possible all: 98.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 4UH5 解像度: 1.898→38.492 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.11 / 位相誤差: 25.18
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.898→38.492 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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