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- PDB-6p8t: Acinetobacter baumannii tRNA synthetase in complex with compound 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p8t
タイトルAcinetobacter baumannii tRNA synthetase in complex with compound 1
要素
  • Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
  • Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit
キーワードLIGASE (リガーゼ) / Inhibitor / Aminoacyl-tRNA synthetase (アミノアシルtRNA合成酵素) / PheRS / Antibacterial (抗生物質)
機能・相同性
機能・相同性情報


フェニルアラニンtRNAリガーゼ / phenylalanine-tRNA ligase activity / phenylalanyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, mitochondrial / Phenylalanine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Phenylalanine-tRNA ligase alpha chain 1, bacterial / Aminoacyl tRNA synthetase class II, N-terminal domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit, bacterial type / Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, alpha subunit / Phenylalanly tRNA synthetase, tRNA-binding-domain / tRNA synthetase, B5-domain / tRNA synthetase B5 domain / B5 domain profile. ...Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, mitochondrial / Phenylalanine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Phenylalanine-tRNA ligase alpha chain 1, bacterial / Aminoacyl tRNA synthetase class II, N-terminal domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit, bacterial type / Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, alpha subunit / Phenylalanly tRNA synthetase, tRNA-binding-domain / tRNA synthetase, B5-domain / tRNA synthetase B5 domain / B5 domain profile. / tRNA synthetase B5 domain / B3/4 domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain superfamily / Ferredoxin-fold anticodon binding domain / Ferredoxin-fold anticodon binding (FDX-ACB) domain profile. / Ferredoxin-fold anticodon binding domain / B3/B4 tRNA-binding domain / Phenylalanyl-tRNA synthetase-like, B3/B4 / Phenylalanyl tRNA synthetase beta chain, core domain / Phenylalanyl tRNA synthetase beta chain CLM domain / B3/4 domain / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Putative DNA-binding domain superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
N-benzyl-2-(cyclohex-1-en-1-yl)ethan-1-amine / Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit / Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Kahne, D. / Baidin, V. / Owens, T.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19-AI109764-05-8340 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: Simple Secondary Amines Inhibit Growth of Gram-Negative Bacteria through Highly Selective Binding to Phenylalanyl-tRNA Synthetase.
著者: Baidin, V. / Owens, T.W. / Lazarus, M.B. / Kahne, D.
履歴
登録2019年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit
B: Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit
C: Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
D: Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
E: Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit
F: Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit
G: Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
H: Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)500,97815
ポリマ－500,0448
非ポリマー9347
水543
1
A: Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit
B: Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit
C: Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
D: Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)250,5018
ポリマ－250,0224
非ポリマー4794
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23490 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area88460 Å2
手法PISA
2
E: Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit
F: Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit
G: Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
H: Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)250,4777
ポリマ－250,0224
非ポリマー4553
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23780 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area80330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.266, 172.467, 191.891
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.113, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

-
要素

#1: タンパク質
Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit / Phenylalanyl-tRNA synthetase beta subunit / PheRS


分子量: 87791.523 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (バクテリア)
株: ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81
遺伝子: pheT, HMPREF0010_01651 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: D0CA71, フェニルアラニンtRNAリガーゼ
#2: タンパク質
Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit / Phenylalanyl-tRNA synthetase alpha subunit / PheRS


分子量: 37219.359 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (バクテリア)
株: ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81
遺伝子: pheS, HMPREF0010_01652 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: D0CA72, フェニルアラニンtRNAリガーゼ
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-NO4 / N-benzyl-2-(cyclohex-1-en-1-yl)ethan-1-amine / N-ベンジル-1-シクロヘキセン-1-エタンアミン


分子量: 215.334 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H21N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 17% PEG 8,000; 200 mM Mg(OAc)2; 100 mM NaCacodylate pH 6.2; 8 mM MgCl2; 8% 1,2,4-Butanetriol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→19.923 Å / Num. obs: 99384 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 95.74 Å2 / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 3.15→3.2 Å / Num. unique obs: 4674 / CC1/2: 0.266 / % possible all: 92.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3845精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PCO

3pco


解像度: 3.15→19.92 Å / SU ML: 0.4755 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.6324
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2577 1617 1.63 %
Rwork0.236 97529 -
obs0.2363 99146 98.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 100.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30153 0 67 3 30223
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001430775
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.44141860
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04024802
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00315553
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.68211072
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.15-3.240.37251380.33617991X-RAY DIFFRACTION97.6
3.24-3.350.36131400.33068104X-RAY DIFFRACTION98.52
3.35-3.470.35691340.30358113X-RAY DIFFRACTION98.92
3.47-3.60.35241340.29358111X-RAY DIFFRACTION98.65
3.6-3.770.29311350.28358107X-RAY DIFFRACTION98.75
3.77-3.960.2811240.25858123X-RAY DIFFRACTION98.65
3.96-4.210.29731380.22888181X-RAY DIFFRACTION98.66
4.21-4.530.241320.21138098X-RAY DIFFRACTION98.55
4.53-4.980.22541320.1968077X-RAY DIFFRACTION98.09
4.98-5.690.24171370.21728179X-RAY DIFFRACTION98.99
5.69-7.110.23451370.24598219X-RAY DIFFRACTION99.15
7.11-19.920.20421360.2028226X-RAY DIFFRACTION98.34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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