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- PDB-6opb: Structure of Aedes aegypti OBP22 in the complex with arachidic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6opb
タイトルStructure of Aedes aegypti OBP22 in the complex with arachidic acid
要素AAEL005772-PA
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Odorant binding protein / Chemo-sensory signaling / Lipid binding (脂質)
機能・相同性Insect pheromone/odorant binding protein domains. / Pheromone/general odorant binding protein / PBP/GOBP family / Pheromone/general odorant binding protein superfamily / odorant binding / lipid binding / アラキジン酸 / Odorant binding protein
機能・相同性情報
生物種Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Jones, D.N. / Wang, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI121253 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Aedes aegypti Odorant Binding Protein 22 selectively binds fatty acids through a conformational change in its C-terminal tail.
著者: Wang, J. / Murphy, E.J. / Nix, J.C. / Jones, D.N.M.
履歴
登録2019年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: AAEL005772-PA
A: AAEL005772-PA
B: AAEL005772-PA
F: AAEL005772-PA
C: AAEL005772-PA
D: AAEL005772-PA
G: AAEL005772-PA
H: AAEL005772-PA
I: AAEL005772-PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,61913
ポリマ－129,6039
非ポリマー1,0164
水2,972165
1
E: AAEL005772-PA
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, NMR relaxation experiments establish the overall correlation time is consistent with the presence of a monomeric species in solution. The dimeric form appears to be ...根拠: assay for oligomerization, NMR relaxation experiments establish the overall correlation time is consistent with the presence of a monomeric species in solution. The dimeric form appears to be a crystallization artifact.
  • 14.7 kDa, 1 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7132
ポリマ－14,4001
非ポリマー3131
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: AAEL005772-PA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4001
ポリマ－14,4001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: AAEL005772-PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4782
ポリマ－14,4001
非ポリマー781
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
F: AAEL005772-PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7132
ポリマ－14,4001
非ポリマー3131
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
C: AAEL005772-PA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4001
ポリマ－14,4001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
D: AAEL005772-PA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4001
ポリマ－14,4001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: AAEL005772-PA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4001
ポリマ－14,4001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: AAEL005772-PA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4001
ポリマ－14,4001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: AAEL005772-PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7132
ポリマ－14,4001
非ポリマー3131
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)154.259, 154.259, 58.043
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質
AAEL005772-PA / Odorant binding protein


分子量: 14400.319 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
組織: Antennal cDNA / 遺伝子: 5567053, AAEL005772 / プラスミド: pET13a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1HRL7
#2: 化合物 ChemComp-DCR / icosanoic acid / アラキジン酸 / アラキジン酸


分子量: 312.530 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C20H40O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.86 % / 解説: hexagon stick
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 1.55M ammonium sulfate, 0.1M citric acid, 0.5M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 200K-A / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月2日 / 詳細: VariMax Cu-HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.505
11-K, -H, -L20.495
反射解像度: 2→38.56 Å / Num. obs: 102184 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 23.22 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04284 / Rpim(I) all: 0.02153 / Rrim(I) all: 0.04836 / Net I/σ(I): 30.17
反射 シェル解像度: 2→2.072 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1576 / Mean I/σ(I) obs: 6.42 / Num. unique obs: 10406 / CC1/2: 0.916 / Rpim(I) all: 0.1356 / Rrim(I) all: 0.2089 / % possible all: 99.62

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: OBP22 structure slved by tantalum SAD

解像度: 2→38.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 3.006 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.029 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2178 5022 4.9 %RANDOM
Rwork0.17647 ---
obs0.17847 97388 98.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.715 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.67 Å20 Å20 Å2
2--0.67 Å20 Å2
3----1.34 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→38.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8749 0 70 165 8984
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0129053
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0188434
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9951.64812242
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3571.60219289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.90551086
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.86923.597506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.411151562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.9161545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.21182
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0210266
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022155
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4122.8174359
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4112.8174358
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2154.2125437
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2144.2125438
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4272.9264694
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.4262.9264695
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.2724.336805
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.5632.73210490
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.55232.72810470
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 359 -
Rwork0.223 6882 -
obs--93.89 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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