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万見
- PDB-6k6r: Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae single domain sulfu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k6r
タイトルCrystal structure of Saccharomyces cerevisiae single domain sulfurtranferase RDL2
要素Thiosulfate sulfurtransferase RDL2, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / thiosulfate:cyanide sulfurtransferase / Rhodanese / Saccharomyces cerevisiae
機能・相同性
機能・相同性情報


thiosulfate sulfurtransferase / sulfur compound metabolic process / thiosulfate-cyanide sulfurtransferase activity / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thiosulfate sulfurtransferase RDL2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.471 Å
データ登録者Li, H.J. / Wang, Q.D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China91751207, 31770093 中国
引用ジャーナル: Antioxidants / 年: 2021
タイトル: Saccharomyces cerevisiaeRhodanese RDL2 Uses the ArgResidue of the Active-Site Loop for Thiosulfate Decomposition
著者: Wang, Q.D. / Li, H. / Xia, Y. / Xun, L. / Li, H.J.
履歴
登録2019年6月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiosulfate sulfurtransferase RDL2, mitochondrial
D: Thiosulfate sulfurtransferase RDL2, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5172
ポリマ－33,5172
非ポリマー00
水1,20767
1
A: Thiosulfate sulfurtransferase RDL2, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7581
ポリマ－16,7581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Thiosulfate sulfurtransferase RDL2, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7581
ポリマ－16,7581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.753, 79.753, 110.382
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Space group name HallI4bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: -y+1,x+1/2,z+5/4
#7: y+1,-x+1/2,z+5/4
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-217-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Thiosulfate sulfurtransferase RDL2, mitochondrial / Altered inheritance of mitochondria protein 42 / Found in mitochondrial proteome protein 31 / ...Altered inheritance of mitochondria protein 42 / Found in mitochondrial proteome protein 31 / Rhodanese-like protein 2


分子量: 16758.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RDL2, AIM42, FMP31, YOR286W
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q08742, thiosulfate sulfurtransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.89 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 3.5M Ammonium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.47→50 Å / Num. obs: 11448 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 24.69
反射 シェル解像度: 2.47→2.51 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3D1P

3d1p


解像度: 2.471→27.595 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2472 --
Rwork0.2077 --
obs-11448 99.7 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.471→27.595 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1952 0 0 67 2019

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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