PDB-6ojl: Structure of YePL2A R194K in Complex with Pentagalacturonic Acid

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ojl

タイトル

Structure of YePL2A R194K in Complex with Pentagalacturonic Acid

要素

Periplasmic pectate lyase

キーワード

LYASE (リアーゼ) /

pectin (ペクチン) / (alpha/alpha)8

機能・相同性

機能・相同性情報

carbon-oxygen lyase activity, acting on polysaccharides / pectin catabolic process /

ペリプラズム
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Jones, D.R. / Abbott, D.W.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2019
タイトル: A surrogate structural platform informed by ancestral reconstruction and resurrection of a putative carbohydrate binding module hybrid illuminates the neofunctionalization of a pectate lyase.
著者: Jones, D.R. / McLean, R. / Hobbs, J.K. / Abbott, D.W.

履歴

登録	2019年4月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ojl.cif.gz	137.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ojl.ent.gz	103.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ojl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/6ojl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/6ojl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ojkC 2v8kS 2v8i 2v8j S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ojk-d 2v8i-d 2v8k-d 4nyz-d 5a29-d 3n6n-d 4nz0-3 4y3c-6 4nz0-4 3n6m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Periplasmic pectate lyase

ヘテロ分子

65.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.510, 96.080, 127.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Periplasmic pectate lyase

分子量: 64313.789 Da / 分子数: 1 / 変異: R194K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
遺伝子: pelY, ERS137951_00187 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A0T9S209

#2: 多糖

alpha-D-galactopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-galactopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 898.634 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGalpAa1-4DGalpAa1-4DGalpAa1-4DGalpAa1-4DGalpAb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,5,4/[a2112A-1b_1-5][a2112A-1a_1-5]/1-2-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GalpA]{[(4+1)][a-D-GalpA]{[(4+1)][a-D-GalpA]{[(4+1)][a-D-GalpA]{[(4+1)][a-D-GalpA]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル /

エチレングリコール

分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#4: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 536 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: PEG 1500, Sodium Acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→46.53 Å / Num. obs: 114656 / % possible obs: 99.56 % / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.04494 / Net I/σ(I): 17.82
反射シェル	解像度: 1.5→1.5171 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.6217 / Mean I/σ(I) obs: 2.63 / Num. unique obs: 3554 / % possible all: 99.87

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
PHENIX	精密化
XDS	データ削減
XDS	データスケーリング
PHASER	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2v8k

2v8k

解像度: 1.5→46.507 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 17.59

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1862	5733	5 %
R_work	0.1681	-	-
obs	0.1686	114656	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→46.507 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4279	0	73	536	4888

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4586
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.791	6247
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.861	2732
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	657
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	837

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.5171	0.2626	187	0.2422	3554	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5171-1.5349	0.2536	188	0.2284	3582	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5349-1.5536	0.2822	190	0.2218	3602	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5536-1.5733	0.2261	191	0.2115	3626	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5733-1.594	0.2304	190	0.2078	3610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.594-1.6158	0.2307	189	0.2051	3602	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6158-1.6389	0.2183	188	0.1994	3563	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6389-1.6634	0.2059	193	0.1898	3677	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6634-1.6894	0.218	189	0.1868	3579	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6894-1.7171	0.2204	191	0.1817	3627	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7171-1.7467	0.2324	189	0.1866	3600	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7467-1.7784	0.2108	191	0.1825	3617	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7784-1.8126	0.2097	190	0.1798	3614	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8126-1.8496	0.1862	191	0.1711	3627	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8496-1.8899	0.2086	190	0.1709	3616	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8899-1.9338	0.2065	190	0.1775	3604	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9338-1.9822	0.1952	191	0.1796	3622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9822-2.0358	0.1736	191	0.1724	3632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0358-2.0957	0.1949	192	0.1681	3653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0957-2.1633	0.1785	192	0.1623	3641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1633-2.2407	0.1865	191	0.1666	3631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2407-2.3304	0.174	191	0.1645	3642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3304-2.4364	0.1777	192	0.1666	3648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4364-2.5649	0.1964	192	0.1726	3643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5649-2.7255	0.1759	191	0.1655	3621	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7255-2.9359	0.2145	194	0.1699	3683	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9359-3.2313	0.1777	192	0.1696	3651	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2313-3.6988	0.188	193	0.1625	3673	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6988-4.6594	0.1492	193	0.1356	3672	X-RAY DIFFRACTION	98
4.6594-46.5292	0.156	201	0.1553	3805	X-RAY DIFFRACTION	97

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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