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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ohy | ||||||||||||
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タイトル | Chimpanzee SIV Env trimeric ectodomain. | ||||||||||||
要素 | (Envelope glycoprotein ...) x 2 | ||||||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / HIV / Cimpanzee / SIV / Env / Envelope / gp120 / gp41 / trimer / glycoprotein / simian / immunodeficiency / virus / vaccine. | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 membrane fusion involved in viral entry into host cell / host cell endosome membrane / membrane => GO:0016020 / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Pallesen, J. / Andrabi, R. / de Val, N. / Burton, D.R. / Ward, A.B. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019 タイトル: The Chimpanzee SIV Envelope Trimer: Structure and Deployment as an HIV Vaccine Template. 著者: Raiees Andrabi / Jesper Pallesen / Joel D Allen / Ge Song / Jinsong Zhang / Natalia de Val / Gavin Gegg / Katelyn Porter / Ching-Yao Su / Matthias Pauthner / Amanda Newman / Hilary Bouton- ...著者: Raiees Andrabi / Jesper Pallesen / Joel D Allen / Ge Song / Jinsong Zhang / Natalia de Val / Gavin Gegg / Katelyn Porter / Ching-Yao Su / Matthias Pauthner / Amanda Newman / Hilary Bouton-Verville / Fernando Garces / Ian A Wilson / Max Crispin / Beatrice H Hahn / Barton F Haynes / Laurent Verkoczy / Andrew B Ward / Dennis R Burton / 要旨: Epitope-targeted HIV vaccine design seeks to focus antibody responses to broadly neutralizing antibody (bnAb) sites by sequential immunization. A chimpanzee simian immunodeficiency virus (SIV) ...Epitope-targeted HIV vaccine design seeks to focus antibody responses to broadly neutralizing antibody (bnAb) sites by sequential immunization. A chimpanzee simian immunodeficiency virus (SIV) envelope (Env) shares a single bnAb site, the variable loop 2 (V2)-apex, with HIV, suggesting its possible utility in an HIV immunization strategy. Here, we generate a chimpanzee SIV Env trimer, MT145K, which displays selective binding to HIV V2-apex bnAbs and precursor versions, but no binding to other HIV specificities. We determine the structure of the MT145K trimer by cryo-EM and show that its architecture is remarkably similar to HIV Env. Immunization of an HIV V2-apex bnAb precursor Ab-expressing knockin mouse with the chimpanzee MT145K trimer induces HIV V2-specific neutralizing responses. Subsequent boosting with an HIV trimer cocktail induces responses that exhibit some virus cross-neutralization. Overall, the chimpanzee MT145K trimer behaves as expected from design both in vitro and in vivo and is an attractive potential component of a sequential immunization regimen to induce V2-apex bnAbs. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ohy.cif.gz | 336.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ohy.ent.gz | 289.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ohy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ohy_validation.pdf.gz | 3.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ohy_full_validation.pdf.gz | 3.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6ohy_validation.xml.gz | 66.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ohy_validation.cif.gz | 96.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/6ohy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/6ohy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Envelope glycoprotein ... , 2種, 6分子 ACDBEF
#1: タンパク質 | 分子量: 51708.664 Da / 分子数: 3 / 変異: Q171K, A501C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス) 遺伝子: env / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q1A234 #2: タンパク質 | 分子量: 17179.490 Da / 分子数: 3 / 変異: I559P, D605C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス) 遺伝子: env / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q1A234 |
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-糖 , 5種, 66分子
#3: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 多糖 | #6: 多糖 | #7: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Chimpanzee SIV Env trimeric ectodomain. / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.45 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 94 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 44301 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4TVP | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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