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- PDB-6o9s: Crystal structure of Staphylococcus aureus MecR1 antibiotic-senso... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o9s
タイトルCrystal structure of Staphylococcus aureus MecR1 antibiotic-sensor domain in complex with avibactam
要素Methicillin resistance mecR1 protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / beta-lactam antibiotic sensor domain / Antibiotic complex (抗生物質)
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Peptidase M56 / BlaR1 peptidase M56 / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Β-ラクタマーゼ / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NXL / Methicillin resistance mecR1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Alexander, J.A.N. / Strynadka, N.C.J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural analysis of avibactam-mediated activation of the bla and mec divergons in methicillin-resistant Staphylococcus aureus .
著者: Alexander, J.A.N. / Radaeva, M. / King, D.T. / Chambers, H.F. / Cherkasov, A. / Chatterjee, S.S. / Strynadka, N.C.J.
履歴
登録2019年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methicillin resistance mecR1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5923
ポリマ－30,2281
非ポリマー3632
水2,864159
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.672, 58.672, 147.602
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Methicillin resistance mecR1 protein


分子量: 30228.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: mecR1, mecR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A0B1
#2: 化合物 ChemComp-NXL / (2S,5R)-1-formyl-5-[(sulfooxy)amino]piperidine-2-carboxamide / avibactam, bound form / NXL104, bound form / Avibactam


分子量: 267.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13N3O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤, 阻害剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.35 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.5 M ammonium sulphate, 50 mM HEPES pH 7.5, 1 mM oxacillin

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→45.93 Å / Num. obs: 35378 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 1.59→1.62 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.526 / Num. unique obs: 1610 / CC1/2: 0.791 / Rpim(I) all: 0.275 / Rrim(I) all: 0.599 / % possible all: 91.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.4 Å45.93 Å
Translation6.4 Å45.93 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.5.15データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IWB

2iwb


解像度: 1.59→45.927 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.77
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1967 1689 4.79 %
Rwork0.1576 --
obs0.1594 35297 99.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 148.87 Å2 / Biso mean: 30.9179 Å2 / Biso min: 11.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.59→45.927 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2065 0 33 159 2257
Biso mean--45.49 36.04 -
残基数----246
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.59-1.63680.26131220.21612561268392
1.6368-1.68960.21671360.19472710284699
1.6896-1.750.19041600.169327602920100
1.75-1.82010.18761350.162227782913100
1.8201-1.90290.17411320.148927962928100
1.9029-2.00330.17691360.14427732909100
2.0033-2.12880.16741390.145828162955100
2.1288-2.29310.1921520.141328022954100
2.2931-2.52390.21221340.147228482982100
2.5239-2.8890.19241330.158228482981100
2.889-3.63960.2071400.157729043044100
3.6396-45.9460.19981700.1633012318299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.34081.3389-1.15873.25910.87183.71560.2173-1.2496-0.41980.6447-0.08850.0570.03350.2168-0.05640.2787-0.02390.04340.25940.07220.139652.364976.84176.7434
24.665-0.5064-0.83083.54610.83473.4448-0.1764-0.0123-0.30520.09980.06190.03650.1199-0.16810.08570.2023-0.02450.03480.14850.03170.241547.516167.3025162.4527
31.88340.5141-0.33890.94480.03791.02130.034-0.12770.00070.1061-0.0095-0.0067-0.08560.0243-0.02210.15280.0030.00290.1126-0.00650.110157.603383.6291165.6622
45.2293-2.3863-1.93475.71792.95135.48860.31070.21920.0889-0.6361-0.0272-0.4954-0.38070.5357-0.22850.2298-0.0240.02350.27870.01140.192673.191889.4946145.565
53.714-1.6408-0.7473.82860.32712.52070.16340.4115-0.2102-0.3773-0.16030.1496-0.15690.1554-0.00210.21610.0154-0.01060.2226-0.01610.167167.75986.5118146.7285
67.08733.15144.48456.47612.47239.7316-0.03620.13480.02460.15760.2225-0.5469-0.34890.6301-0.15760.2407-0.05440.01050.2756-0.03440.215977.124489.9311158.7044
72.10080.5282-2.47116.573-0.42917.65020.0469-0.40790.23960.2822-0.0538-0.4095-0.21450.644-0.00040.2159-0.0754-0.02660.2268-0.04510.168671.807590.5696170.2121
85.8599-0.2998-0.59362.99250.4073.88860.1042-0.1252-0.07630.0739-0.0386-0.26250.03180.3992-0.06530.1648-0.0119-0.01450.13870.00350.12767.918780.1773166.5678
98.44110.24361.86636.80112.20834.7536-0.1868-0.33060.69990.16220.1020.5027-0.58290.18920.07150.2669-0.02650.0030.1599-0.03290.213357.5194.6186167.0996
104.65593.61332.67094.13334.5936.958-0.1147-0.11860.4462-0.0278-0.01450.2917-0.4593-0.0260.14920.2590.04070.01750.15550.02860.207957.326695.2107155.4913
114.6508-2.4591-4.26096.0112-0.81265.89590.1260.5960.5548-0.8176-0.21970.9903-0.8093-1.56250.10870.32480.1459-0.10980.5974-0.00740.290643.326791.2474150.7232
126.6633-5.97790.98988.0639-0.59712.7310.23080.2771-0.1781-0.0783-0.1961-0.10040.150.1221-0.01880.11750.00760.00770.1448-0.01340.132861.408374.4951155.5905
133.609-1.9622-0.77173.40321.03661.56740.1230.04370.1136-0.0024-0.1358-0.0113-0.1088-0.1290.02910.13750.00230.01680.1176-0.00290.128350.300683.3183161.1551
148.914-4.5275-0.02682.30760.15093.81910.24510.271-0.7105-0.2742-0.19050.30860.32730.0604-0.0630.18040.0025-0.0190.1462-0.01460.213154.91271.1272154.0507
152.3506-2.1861.45492.37320.17518.5317-0.2230.01690.1522-0.4397-0.37351.1697-0.2163-0.67910.49310.1997-0.0283-0.03630.2692-0.05320.396441.335278.9193156.6974
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 340:350)A340 - 350
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 351:363)A351 - 363
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 364:407)A364 - 407
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 408:423)A408 - 423
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 424:444)A424 - 444
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 445:452)A445 - 452
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 453:463)A453 - 463
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 464:491)A464 - 491
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 492:504)A492 - 504
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 505:517)A505 - 517
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 518:523)A518 - 523
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 524:541)A524 - 541
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 542:562)A542 - 562
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 563:576)A563 - 576
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 577:585)A577 - 585

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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