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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6o3h | ||||||
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タイトル | Icosahedral reconstruction of the thermophilic bacteriophage P74-26 capsid | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS (ウイルス) / Virion (ウイルス) / Capsid (カプシド) / Major Capsid Protein / Decoration Protein / Icosahedral Virus / Caudovirus / Thermophilic (好熱菌) / Bacteriophage (ファージ) | ||||||
機能・相同性 | Major capsid protein GpE / Phage major capsid protein E / host cell cytoplasm / Uncharacterized protein / Major head protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus virus P74-26 (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Stone, N.P. / Demo, G. / Agnello, E. / Kelch, B.A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Principles for enhancing virus capsid capacity and stability from a thermophilic virus capsid structure. 著者: Nicholas P Stone / Gabriel Demo / Emily Agnello / Brian A Kelch / 要旨: The capsids of double-stranded DNA viruses protect the viral genome from the harsh extracellular environment, while maintaining stability against the high internal pressure of packaged DNA. To ...The capsids of double-stranded DNA viruses protect the viral genome from the harsh extracellular environment, while maintaining stability against the high internal pressure of packaged DNA. To elucidate how capsids maintain stability in an extreme environment, we use cryoelectron microscopy to determine the capsid structure of thermostable phage P74-26 to 2.8-Å resolution. We find P74-26 capsids exhibit an overall architecture very similar to those of other tailed bacteriophages, allowing us to directly compare structures to derive the structural basis for enhanced stability. Our structure reveals lasso-like interactions that appear to function like catch bonds. This architecture allows the capsid to expand during genome packaging, yet maintain structural stability. The P74-26 capsid has T = 7 geometry despite being twice as large as mesophilic homologs. Capsid capacity is increased with a larger, flatter major capsid protein. Given these results, we predict decreased icosahedral complexity (i.e. T ≤ 7) leads to a more stable capsid assembly. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6o3h.cif.gz | 662.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6o3h.ent.gz | 559.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6o3h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/6o3h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/6o3h | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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| x 60
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46680.754 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus virus P74-26 (ウイルス) / 参照: UniProt: A7XXR6 #2: タンパク質 | 分子量: 16376.630 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus virus P74-26 (ウイルス) / 参照: UniProt: A7XXR5 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Thermus phage P7426 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Thermus phage P7426 (ファージ) | ||||||||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION | ||||||||||||||||||||
天然宿主 | 生物種: Thermus thermophilus / 株: HB8 | ||||||||||||||||||||
ウイルス殻 | 名称: P74-26 capsid / 直径: 824 nm / 三角数 (T数): 7 | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 45 second glow discharge, negative polarity, 20 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Homemade | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 283 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 200 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 48 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 4611 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 23174 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Correlation Coefficient |