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- PDB-6o16: Crystal structure of murine DHX37 in complex with RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o16
タイトルCrystal structure of murine DHX37 in complex with RNA
要素
  • DEAH (Asp-Glu-Ala-His) box polypeptide 37
  • RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
キーワードHYDROLASE/RNA / RNA helicase / ribosome biogenesis / RNA-dependent ATPase / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / positive regulation of male gonad development / U3 snoRNA binding / ribosome assembly / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / helicase activity / brain development / ribosome biogenesis / nuclear membrane / nucleolus ...Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / positive regulation of male gonad development / U3 snoRNA binding / ribosome assembly / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / helicase activity / brain development / ribosome biogenesis / nuclear membrane / nucleolus / RNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. ...DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / DEAH (Asp-Glu-Ala-His) box polypeptide 37
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.875 Å
データ登録者Boneberg, F. / Brandmann, T. / Kobel, L. / van den Heuvel, J. / Bargsten, K. / Bammert, L. / Kutay, U. / Jinek, M.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号
Swiss National Science FoundationNCCR RNA & Disease スイス
引用ジャーナル: Rna / : 2019
タイトル: Molecular mechanism of the RNA helicase DHX37 and its activation by UTP14A in ribosome biogenesis.
著者: Boneberg, F.M. / Brandmann, T. / Kobel, L. / van den Heuvel, J. / Bargsten, K. / Bammert, L. / Kutay, U. / Jinek, M.
履歴
登録2019年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DEAH (Asp-Glu-Ala-His) box polypeptide 37
B: DEAH (Asp-Glu-Ala-His) box polypeptide 37
C: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
D: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,4644
ポリマ-223,4644
非ポリマー00
00
1
A: DEAH (Asp-Glu-Ala-His) box polypeptide 37
C: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,7322
ポリマ-111,7322
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area38440 Å2
手法PISA
2
B: DEAH (Asp-Glu-Ala-His) box polypeptide 37
D: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,7322
ポリマ-111,7322
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3160 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area38470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.829, 137.593, 94.225
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.34, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 DEAH (Asp-Glu-Ala-His) box polypeptide 37


分子量: 108715.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Dhx37
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾)
参照: UniProt: Q6NZL1
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 3016.700 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.0, 0.2 M NaNO3, 15% (w/v) polyethylene glycol (PEG)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.0077 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0077 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.875→47.032 Å / Num. obs: 93431 / % possible obs: 97.88 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 64.06 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.1026 / Rpim(I) all: 0.06542 / Rrim(I) all: 0.122 / Net I/σ(I): 9.76
反射 シェル解像度: 2.8875→2.98 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.625 / Mean I/σ(I) obs: 1.57 / Num. unique obs: 4209 / CC1/2: 0.872 / Rpim(I) all: 0.4113 / Rrim(I) all: 0.7505 / % possible all: 86.19

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.875→47.032 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2948 4684 5.02 %
Rwork0.2703 --
obs0.2715 93377 97.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.875→47.032 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12605 394 0 0 12999
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00513321
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79218142
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7378147
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1222089
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062242
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.875-2.90760.5226840.4611545X-RAY DIFFRACTION52
2.9076-2.94180.38221570.36573074X-RAY DIFFRACTION100
2.9418-2.97770.37351650.36053000X-RAY DIFFRACTION100
2.9777-3.01540.36961600.34933004X-RAY DIFFRACTION100
3.0154-3.05510.36421560.34643071X-RAY DIFFRACTION100
3.0551-3.09690.35331590.35063021X-RAY DIFFRACTION100
3.0969-3.14120.36631540.32213018X-RAY DIFFRACTION100
3.1412-3.1880.38761730.33012994X-RAY DIFFRACTION100
3.188-3.23780.38651450.33453076X-RAY DIFFRACTION100
3.2378-3.29090.37041700.31143014X-RAY DIFFRACTION100
3.2909-3.34760.35471650.3083031X-RAY DIFFRACTION100
3.3476-3.40850.36221430.30422967X-RAY DIFFRACTION99
3.4085-3.4740.39361670.30733001X-RAY DIFFRACTION99
3.474-3.54490.37031490.30273028X-RAY DIFFRACTION100
3.5449-3.6220.31751710.29633034X-RAY DIFFRACTION99
3.622-3.70620.31731470.28493006X-RAY DIFFRACTION99
3.7062-3.79880.31951590.27553007X-RAY DIFFRACTION99
3.7988-3.90150.30171590.26472945X-RAY DIFFRACTION99
3.9015-4.01620.3011590.27063035X-RAY DIFFRACTION98
4.0162-4.14580.26141540.25892953X-RAY DIFFRACTION98
4.1458-4.29390.2931650.25152969X-RAY DIFFRACTION98
4.2939-4.46570.23141530.25152963X-RAY DIFFRACTION98
4.4657-4.66870.31371600.24142957X-RAY DIFFRACTION98
4.6687-4.91460.23581590.23943020X-RAY DIFFRACTION99
4.9146-5.22220.27171580.24233002X-RAY DIFFRACTION99
5.2222-5.62480.26041570.26372981X-RAY DIFFRACTION99
5.6248-6.18970.25451580.24893013X-RAY DIFFRACTION99
6.1897-7.08280.28441630.26052974X-RAY DIFFRACTION99
7.0828-8.91360.20731590.21682971X-RAY DIFFRACTION98
8.9136-47.03870.21431560.21823019X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.727-0.10220.16491.8159-0.34370.85510.0084-0.1285-0.0680.2960.03760.4740.317-0.0764-0.00340.5616-0.03210.10140.3985-0.0040.4037-29.142911.905-48.1323
20.44170.6680.42171.55040.09180.8712-0.0983-0.19040.08980.47530.0351-0.0101-0.07850.0163-00.47830.0822-0.0310.4480.0220.3969-18.890336.8493-47.6694
30.7070.6283-1.5510.1024-0.4827-0.04110.40.22840.02850.4391-0.1363-0.06681.34350.70690-3.2743-1.4481-0.1452-0.4745-0.07710.30482.307647.7904-62.3466
40.6736-0.10920.00210.7384-0.32470.38860.02090.17190.1203-0.3464-0.04310.16960.1406-0.079600.9858-0.0536-0.00560.5520.03140.4891-21.180236.9506-4.423
50.6594-0.1097-0.55941.273-0.02470.45260.09320.18560.0345-0.2714-0.12280.5441-0.1698-0.303200.53240.0969-0.0850.6364-0.00460.6262-41.760120.15522.04
61.29040.3088-0.04661.69130.02120.86930.10040.1038-0.1227-0.1014-0.0509-0.0087-0.0277-0.01610.01460.2801-0.01910.05290.2499-0.02940.1951-18.92371.3484-4.7257
70.1941-0.50260.74460.3397-0.59461.08940.0792-0.1013-0.03240.0336-0.1145-0.17120.0320.103900.4948-0.01480.01990.49940.0360.58982.0333-6.121217.7228
80.02450.10920.01710.05050.04930.0314-0.09-0.16790.12770.05990.0872-0.11710.3843-0.10300.64910.0886-0.02290.626-0.00930.6197-31.409834.3702-52.4956
90.0394-0.1266-0.03720.06270.064-0.0607-0.1793-0.4815-0.1706-0.28330.2371-0.0358-0.9147-0.325700.5122-0.0433-0.05340.7670.1010.7186-33.65986.26491.6582
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 231 through 707 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 708 through 895 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 896 through 1149 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 231 through 423 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 424 through 736 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 737 through 925 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 926 through 1148 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 1 through 10 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 1 through 10 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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