PDB-6o16: Crystal structure of murine DHX37 in complex with RNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6o16

タイトル

Crystal structure of murine DHX37 in complex with RNA

要素

DEAH (Asp-Glu-Ala-His) box polypeptide 37
RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')

キーワード

HYDROLASE/RNA / RNA helicase / ribosome biogenesis / RNA-dependent ATPase / HYDROLASE-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / positive regulation of male gonad development / U3 snoRNA binding / ribosome assembly / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / helicase activity / brain development / ribosome biogenesis / nuclear membrane / nucleolus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.875 Å

データ登録者

Boneberg, F. / Brandmann, T. / Kobel, L. / van den Heuvel, J. / Bargsten, K. / Bammert, L. / Kutay, U. / Jinek, M.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Rna / 年: 2019
タイトル: Molecular mechanism of the RNA helicase DHX37 and its activation by UTP14A in ribosome biogenesis.
著者: Boneberg, F.M. / Brandmann, T. / Kobel, L. / van den Heuvel, J. / Bargsten, K. / Bammert, L. / Kutay, U. / Jinek, M.

履歴

登録	2019年2月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6o16.cif.gz	657.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6o16.ent.gz	535.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6o16.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6o16_validation.pdf.gz	482.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6o16_full_validation.pdf.gz	528.7 KB	表示
XML形式データ	6o16_validation.xml.gz	57.3 KB	表示
CIF形式データ	6o16_validation.cif.gz	78.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/6o16 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/6o16	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	30345 2z8v-d 1k4k-d 30344 4pnr-d 4tjw-d 4pnn-d 2z8w-d 4tk0-d 5m7o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DEAH (Asp-Glu-Ala-His) box polypeptide 37

B: DEAH (Asp-Glu-Ala-His) box polypeptide 37

C: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')

D: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')

223 kDa, 4 ポリマー
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1

A: DEAH (Asp-Glu-Ala-His) box polypeptide 37

C: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
112 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DEAH (Asp-Glu-Ala-His) box polypeptide 37

D: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
112 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	83.829, 137.593, 94.225
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.34, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	DEAH (Asp-Glu-Ala-His) box polypeptide 37 分子量: 108715.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Dhx37 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾) 参照: UniProt: Q6NZL1
#2: RNA鎖	RNA (5'-R(UPUPUPUPUPUPUPUPUPU)-3') 分子量: 3016.700 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.57 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.0, 0.2 M NaNO3, 15% (w/v) polyethylene glycol (PEG)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.0077 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0077 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.875→47.032 Å / Num. obs: 93431 / % possible obs: 97.88 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 64.06 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.1026 / R_pim(I) all: 0.06542 / R_rim(I) all: 0.122 / Net I/σ(I): 9.76
反射シェル	解像度: 2.8875→2.98 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.625 / Mean I/σ(I) obs: 1.57 / Num. unique obs: 4209 / CC_1/2: 0.872 / R_pim(I) all: 0.4113 / R_rim(I) all: 0.7505 / % possible all: 86.19

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.875→47.032 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2948	4684	5.02 %
R_work	0.2703	-	-
obs	0.2715	93377	97.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.875→47.032 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12605	394	0	0	12999

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	13321
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.792	18142
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.737	8147
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.122	2089
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2242

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.875-2.9076	0.5226	84	0.461	1545	X-RAY DIFFRACTION	52
2.9076-2.9418	0.3822	157	0.3657	3074	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9418-2.9777	0.3735	165	0.3605	3000	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9777-3.0154	0.3696	160	0.3493	3004	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0154-3.0551	0.3642	156	0.3464	3071	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0551-3.0969	0.3533	159	0.3506	3021	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0969-3.1412	0.3663	154	0.3221	3018	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1412-3.188	0.3876	173	0.3301	2994	X-RAY DIFFRACTION	100
3.188-3.2378	0.3865	145	0.3345	3076	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2378-3.2909	0.3704	170	0.3114	3014	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2909-3.3476	0.3547	165	0.308	3031	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3476-3.4085	0.3622	143	0.3042	2967	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4085-3.474	0.3936	167	0.3073	3001	X-RAY DIFFRACTION	99
3.474-3.5449	0.3703	149	0.3027	3028	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5449-3.622	0.3175	171	0.2963	3034	X-RAY DIFFRACTION	99
3.622-3.7062	0.3173	147	0.2849	3006	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7062-3.7988	0.3195	159	0.2755	3007	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7988-3.9015	0.3017	159	0.2647	2945	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9015-4.0162	0.301	159	0.2706	3035	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0162-4.1458	0.2614	154	0.2589	2953	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1458-4.2939	0.293	165	0.2515	2969	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2939-4.4657	0.2314	153	0.2515	2963	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4657-4.6687	0.3137	160	0.2414	2957	X-RAY DIFFRACTION	98
4.6687-4.9146	0.2358	159	0.2394	3020	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9146-5.2222	0.2717	158	0.2423	3002	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2222-5.6248	0.2604	157	0.2637	2981	X-RAY DIFFRACTION	99
5.6248-6.1897	0.2545	158	0.2489	3013	X-RAY DIFFRACTION	99
6.1897-7.0828	0.2844	163	0.2605	2974	X-RAY DIFFRACTION	99
7.0828-8.9136	0.2073	159	0.2168	2971	X-RAY DIFFRACTION	98
8.9136-47.0387	0.2143	156	0.2182	3019	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.727	-0.1022	0.1649	1.8159	-0.3437	0.8551	0.0084	-0.1285	-0.068	0.296	0.0376	0.474	0.317	-0.0764	-0.0034	0.5616	-0.0321	0.1014	0.3985	-0.004	0.4037	-29.1429	11.905	-48.1323
2	0.4417	0.668	0.4217	1.5504	0.0918	0.8712	-0.0983	-0.1904	0.0898	0.4753	0.0351	-0.0101	-0.0785	0.0163	-0	0.4783	0.0822	-0.031	0.448	0.022	0.3969	-18.8903	36.8493	-47.6694
3	0.707	0.6283	-1.551	0.1024	-0.4827	-0.0411	0.4	0.2284	0.0285	0.4391	-0.1363	-0.0668	1.3435	0.7069	0	-3.2743	-1.4481	-0.1452	-0.4745	-0.0771	0.3048	2.3076	47.7904	-62.3466
4	0.6736	-0.1092	0.0021	0.7384	-0.3247	0.3886	0.0209	0.1719	0.1203	-0.3464	-0.0431	0.1696	0.1406	-0.0796	0	0.9858	-0.0536	-0.0056	0.552	0.0314	0.4891	-21.1802	36.9506	-4.423
5	0.6594	-0.1097	-0.5594	1.273	-0.0247	0.4526	0.0932	0.1856	0.0345	-0.2714	-0.1228	0.5441	-0.1698	-0.3032	0	0.5324	0.0969	-0.085	0.6364	-0.0046	0.6262	-41.7601	20.1552	2.04
6	1.2904	0.3088	-0.0466	1.6913	0.0212	0.8693	0.1004	0.1038	-0.1227	-0.1014	-0.0509	-0.0087	-0.0277	-0.0161	0.0146	0.2801	-0.0191	0.0529	0.2499	-0.0294	0.1951	-18.9237	1.3484	-4.7257
7	0.1941	-0.5026	0.7446	0.3397	-0.5946	1.0894	0.0792	-0.1013	-0.0324	0.0336	-0.1145	-0.1712	0.032	0.1039	0	0.4948	-0.0148	0.0199	0.4994	0.036	0.5898	2.0333	-6.1212	17.7228
8	0.0245	0.1092	0.0171	0.0505	0.0493	0.0314	-0.09	-0.1679	0.1277	0.0599	0.0872	-0.1171	0.3843	-0.103	0	0.6491	0.0886	-0.0229	0.626	-0.0093	0.6197	-31.4098	34.3702	-52.4956
9	0.0394	-0.1266	-0.0372	0.0627	0.064	-0.0607	-0.1793	-0.4815	-0.1706	-0.2833	0.2371	-0.0358	-0.9147	-0.3257	0	0.5122	-0.0433	-0.0534	0.767	0.101	0.7186	-33.6598	6.2649	1.6582

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 231 through 707 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 708 through 895 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 896 through 1149 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 231 through 423 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 424 through 736 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 737 through 925 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 926 through 1148 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 1 through 10 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 1 through 10 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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