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万見
- PDB-6nx4: Structure of the C-terminal Helical Repeat Domain of Eukaryotic E... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nx4
タイトルStructure of the C-terminal Helical Repeat Domain of Eukaryotic Elongation Factor 2 Kinase (eEF-2K)
要素Eukaryotic elongation factor 2 kinase
キーワードTRANSLATION (翻訳 (生物学)) / eEF2K / eEF2 / binding domain / kinase (キナーゼ) / transferase (転移酵素) / SEL1 / elongation / TPR
機能・相同性
機能・相同性情報


elongation factor 2 kinase / elongation factor-2 kinase activity / response to prolactin / regulation of translation at postsynapse / myosin II filament disassembly / regulation of protein autophosphorylation / cellular response to anoxia / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / translation factor activity, RNA binding / positive regulation of synapse assembly ...elongation factor 2 kinase / elongation factor-2 kinase activity / response to prolactin / regulation of translation at postsynapse / myosin II filament disassembly / regulation of protein autophosphorylation / cellular response to anoxia / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / translation factor activity, RNA binding / positive regulation of synapse assembly / translational elongation / mTORC1-mediated signalling / positive regulation of endocytosis / cellular response to cAMP / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / cellular response to calcium ion / response to ischemia / cellular response to insulin stimulus / 樹状突起スパイン / postsynaptic density / protein autophosphorylation / calmodulin binding / protein kinase activity / glutamatergic synapse / calcium ion binding / negative regulation of apoptotic process / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic elongation factor 2 kinase / : / Sel1 repeat / MHCK/EF2 kinase / Alpha-kinase family / Alpha-type protein kinase domain profile. / Alpha-kinase family / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic elongation factor 2 kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Piserchio, A. / Will, N. / Giles, D.H. / Hajredini, F. / Dalby, K.N. / Ghose, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM123252 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Solution Structure of the Carboxy-Terminal Tandem Repeat Domain of Eukaryotic Elongation Factor 2 Kinase and Its Role in Substrate Recognition.
著者: Piserchio, A. / Will, N. / Giles, D.H. / Hajredini, F. / Dalby, K.N. / Ghose, R.
履歴
登録2019年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic elongation factor 2 kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8931
ポリマ－18,8931
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 1000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 Eukaryotic elongation factor 2 kinase / eEF-2K / Calcium/calmodulin-dependent eukaryotic elongation factor 2 kinase


分子量: 18893.021 Da / 分子数: 1 / 断片: 562-725 C-terminal fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EEF2K / プラスミド: pET-26b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O00418, elongation factor 2 kinase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D 1H-15N NOESY
124isotropic14D HC-HSQC-NOESY-HN-HSQC
132isotropic33D 3D NNH (15N-HSQC-NOESY-15N-HSQC
144isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
154isotropic23D H-13C NOESY aromatic
162isotropic43D HNCO
172isotropic43D HNCA
182isotropic53D HN(CO)CA
192isotropic43D HN(CA)CB
1102isotropic43D CBCA(CO)NH
1112isotropic43D HN(CA)CO
1122isotropic53D Hcc(co)NH
1132anisotropic53D hCc(co)NH
1142isotropic53D (H)CCH-TOCSY
1152isotropic53D (H)CCH-TOCSY
1163anisotropic42D 15N HSQC-IPAP
1173anisotropic43D IPAP-J-HNCO

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1200 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] eEF2K (562-725), 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 4 mM DTT, 0.2 mM EDTA, 2 mM AEBSF protease inhibitor, 95% H2O/5% D2O15N13C95% H2O/5% D2O
solution4360 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] eEF2K (562-725), 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 4 mM DTT, 0.2 mM EDTA, 2 mM AEBSF protease inhibitor, 95% H2O/5% D2O15N13C_395% H2O/5% D2O
solution2400 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] eEF2K (562-725), 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 4 mM DTT, 0.2 mM EDTA, 2 mM AEBSF protease inhibitor, 95% H2O/5% D2O15N13C_295% H2O/5% D2O
filamentous virus3340 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] eEF2K (562-725), 14 mg/mL Pf1 phage, 14 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 4 mM DTT, 0.2 mM EDTA, 2 mM AEBSF protease inhibitor, 95% H2O/5% D2OPf195% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
200 uMeEF2K (562-725)[U-99% 13C; U-99% 15N]1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
4 mMDTTnatural abundance1
0.2 mMEDTAnatural abundance1
2 mMAEBSF protease inhibitornatural abundance1
360 uMeEF2K (562-725)[U-99% 13C; U-99% 15N]4
20 mMsodium phosphatenatural abundance4
100 mMsodium chloridenatural abundance4
4 mMDTTnatural abundance4
0.2 mMEDTAnatural abundance4
2 mMAEBSF protease inhibitornatural abundance4
400 uMeEF2K (562-725)[U-99% 13C; U-99% 15N]2
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
4 mMDTTnatural abundance2
0.2 mMEDTAnatural abundance2
2 mMAEBSF protease inhibitornatural abundance2
340 uMeEF2K (562-725)[U-99% 13C; U-99% 15N]3
14 mg/mLPf1 phagenatural abundance3
14 mMsodium phosphatenatural abundance3
100 mMsodium chloridenatural abundance3
4 mMDTTnatural abundance3
0.2 mMEDTAnatural abundance3
2 mMAEBSF protease inhibitornatural abundance3
試料状態イオン強度: 20 mM Phosphate 100 mM NaCl Not defined / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / 温度: 298.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8003
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7004
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6005

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SMILEYing, J., Delaglio, F., Torchia, D. A. & Bax, A.解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
TALOSNShen, Y. & Bax, A.データ解析
PALESZweckstetter, Mデータ解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 7 / 詳細: explicit water
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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