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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nmf | |||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | SFX structure of reduced cytochrome c oxidase at room temperature | |||||||||||||||||||||||||||
要素 | (Cytochrome c oxidase subunit ...シトクロムcオキシダーゼ) x 13 | |||||||||||||||||||||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / complex IV (シトクロムcオキシダーゼ) / membrane protein (膜タンパク質) / Terminal enzyme / electron transfer (電子移動反応) | |||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 TP53 Regulates Metabolic Genes / respiratory chain complex IV assembly / Cytoprotection by HMOX1 / mitochondrial respirasome assembly / respiratory chain complex IV / Respiratory electron transport / regulation of oxidative phosphorylation / mitochondrial respiratory chain complex IV / mitochondrial respirasome / シトクロムcオキシダーゼ ...TP53 Regulates Metabolic Genes / respiratory chain complex IV assembly / Cytoprotection by HMOX1 / mitochondrial respirasome assembly / respiratory chain complex IV / Respiratory electron transport / regulation of oxidative phosphorylation / mitochondrial respiratory chain complex IV / mitochondrial respirasome / シトクロムcオキシダーゼ / 酸化的リン酸化 / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / electron transport coupled proton transport / cytochrome-c oxidase activity / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / central nervous system development / ミトコンドリア内膜 / oxidoreductase activity / copper ion binding / heme binding / ミトコンドリア / 核質 / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Rousseau, D.L. / Yeh, S.-R. / Ishigami, I. | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 8件
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引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019 タイトル: Snapshot of an oxygen intermediate in the catalytic reaction of cytochromecoxidase. 著者: Ishigami, I. / Lewis-Ballester, A. / Echelmeier, A. / Brehm, G. / Zatsepin, N.A. / Grant, T.D. / Coe, J.D. / Lisova, S. / Nelson, G. / Zhang, S. / Dobson, Z.F. / Boutet, S. / Sierra, R.G. / ...著者: Ishigami, I. / Lewis-Ballester, A. / Echelmeier, A. / Brehm, G. / Zatsepin, N.A. / Grant, T.D. / Coe, J.D. / Lisova, S. / Nelson, G. / Zhang, S. / Dobson, Z.F. / Boutet, S. / Sierra, R.G. / Batyuk, A. / Fromme, P. / Fromme, R. / Spence, J.C.H. / Ros, A. / Yeh, S.R. / Rousseau, D.L. | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6nmf.cif.gz | 814.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6nmf.ent.gz | 663.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6nmf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/6nmf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/6nmf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Cytochrome c oxidase subunit ... , 13種, 26分子 ANBOCPDQERFSGTHUIVJWKXLYMZ
#1: タンパク質 | 分子量: 57093.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00396, シトクロムcオキシダーゼ #2: タンパク質 | 分子量: 26068.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P68530 #3: タンパク質 | 分子量: 29957.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00415 #4: タンパク質 | 分子量: 17179.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00423 #5: タンパク質 | 分子量: 12453.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00426 #6: タンパク質 | 分子量: 10684.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00428 #7: タンパク質 | 分子量: 9629.782 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07471 #8: タンパク質 | 分子量: 10039.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00429 #9: タンパク質 | 分子量: 8537.019 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P04038 #10: タンパク質 | 分子量: 6682.726 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07470 #11: タンパク質 | 分子量: 6365.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13183 #12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5449.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00430 #13: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4967.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P10175 |
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-糖 , 1種, 4分子
#24: 糖 | ChemComp-DMU / |
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-非ポリマー , 13種, 792分子
#14: 化合物 | ChemComp-HEA / #15: 化合物 | #16: 化合物 | #17: 化合物 | #18: 化合物 | ChemComp-PGV / ( #19: 化合物 | ChemComp-TGL / #20: 化合物 | ChemComp-CDL / #21: 化合物 | #22: 化合物 | ChemComp-CHD / #23: 化合物 | #25: 化合物 | ChemComp-PEK / ( #26: 化合物 | #27: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.11 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: batch mode / pH: 6.8 詳細: 36 hour crystallization in a cold room with stirring |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: MFX / 波長: 1.306 Å |
検出器 | タイプ: CS-PAD XPP / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月7日 / Frequency: 120 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.306 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→15 Å / Num. obs: 166575 / % possible obs: 99.27 % / 冗長度: 273 % / CC1/2: 0.971 / Net I/σ(I): 3.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.87 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.41 / Num. unique obs: 11900 / CC1/2: 0.15 / % possible all: 99.98 |
Serial crystallography measurement | Collimation: compound refractive lense / Pulse duration: 40 fsec. / Pulse photon energy: 9.5 keV / XFEL pulse repetition rate: 120 Hz |
Serial crystallography sample delivery | 手法: injection |
Serial crystallography sample delivery injection | 解説: GDVN / Injector temperature: 293 K |
Serial crystallography data reduction | Crystal hits: 24101 / Frames indexed: 21962 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5B1B 解像度: 2.8→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 18.056 / SU ML: 0.312 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.46 / ESU R Free: 0.291 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 72.918 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.8→15 Å
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拘束条件 |
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