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- PDB-6ncf: The structure of Stable-5-Lipoxygenase bound to AKBA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ncf
タイトルThe structure of Stable-5-Lipoxygenase bound to AKBA
要素Arachidonate 5-lipoxygenaseアラキドン酸-5-リポキシゲナーゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Lipoxygenase (リポキシゲナーゼ) / inhibitor (酵素阻害剤) / allostery (アロステリック効果) / complex / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


アラキドン酸-5-リポキシゲナーゼ / regulation of inflammatory response to wounding / leukotriene A4 biosynthetic process / lipoxin biosynthetic process / Biosynthesis of DPAn-3-derived protectins and resolvins / Biosynthesis of DPAn-3-derived 13-series resolvins / arachidonate 8(S)-lipoxygenase activity / leukotriene production involved in inflammatory response / arachidonate 5-lipoxygenase activity / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives ...アラキドン酸-5-リポキシゲナーゼ / regulation of inflammatory response to wounding / leukotriene A4 biosynthetic process / lipoxin biosynthetic process / Biosynthesis of DPAn-3-derived protectins and resolvins / Biosynthesis of DPAn-3-derived 13-series resolvins / arachidonate 8(S)-lipoxygenase activity / leukotriene production involved in inflammatory response / arachidonate 5-lipoxygenase activity / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Biosynthesis of DPAn-3-derived maresins / arachidonate 12(S)-lipoxygenase activity / leukocyte chemotaxis involved in inflammatory response / Synthesis of Lipoxins (LX) / negative regulation of response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of sprouting angiogenesis / Synthesis of 5-eicosatetraenoic acids / positive regulation of leukocyte adhesion to arterial endothelial cell / lipoxygenase pathway / 酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む / Interleukin-18 signaling / dendritic cell migration / arachidonic acid metabolic process / negative regulation of vascular wound healing / Biosynthesis of aspirin-triggered D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(R)-resolvins / 脂質過酸化反応 / Biosynthesis of D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(S)-resolvins / Biosynthesis of maresins / regulation of cellular response to oxidative stress / leukotriene metabolic process / negative regulation of wound healing / hepoxilin biosynthetic process / leukocyte migration involved in inflammatory response / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / linoleic acid metabolic process / leukotriene biosynthetic process / regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / long-chain fatty acid biosynthetic process / regulation of fat cell differentiation / nuclear envelope lumen / negative regulation of endothelial cell proliferation / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / regulation of insulin secretion / 液性免疫 / positive regulation of bone mineralization / negative regulation of angiogenesis / negative regulation of inflammatory response / nuclear matrix / glucose homeostasis / 核膜 / regulation of inflammatory response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / 核膜 / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / hydrolase activity / iron ion binding / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / extracellular space / extracellular region / 核質 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Lipoxygenase, vertebrates, PLAT domain / Lipoxygenase, mammalian / Lipoxygenase, conserved site / Lipoxygenases iron-binding region signature 2. / Lipoxygenase, iron binding site / Lipoxygenases iron-binding region signature 1. / リポキシゲナーゼ / Lipoxygenase, C-terminal / Lipoxigenase, C-terminal domain superfamily / リポキシゲナーゼ ...Lipoxygenase, vertebrates, PLAT domain / Lipoxygenase, mammalian / Lipoxygenase, conserved site / Lipoxygenases iron-binding region signature 2. / Lipoxygenase, iron binding site / Lipoxygenases iron-binding region signature 1. / リポキシゲナーゼ / Lipoxygenase, C-terminal / Lipoxigenase, C-terminal domain superfamily / リポキシゲナーゼ / Lipoxygenase iron-binding catalytic domain profile. / Lipoxygenase homology 2 (beta barrel) domain / PLAT/LH2 domain / PLAT/LH2 domain superfamily / PLAT/LH2 domain / PLAT domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AF7 / : / Polyunsaturated fatty acid 5-lipoxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.871 Å
データ登録者Newcomer, M.E. / Gilbert, N.C. / Neau, D.B.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01HL107887 米国
American Heart Association16GRNT31000010 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural and mechanistic insights into 5-lipoxygenase inhibition by natural products.
著者: Gilbert, N.C. / Gerstmeier, J. / Schexnaydre, E.E. / Borner, F. / Garscha, U. / Neau, D.B. / Werz, O. / Newcomer, M.E.
履歴
登録2018年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年7月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arachidonate 5-lipoxygenase
B: Arachidonate 5-lipoxygenase
C: Arachidonate 5-lipoxygenase
D: Arachidonate 5-lipoxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)318,4819
ポリマ－317,7454
非ポリマー7365
水0
1
A: Arachidonate 5-lipoxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,4922
ポリマ－79,4361
非ポリマー561
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Arachidonate 5-lipoxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,0053
ポリマ－79,4361
非ポリマー5692
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Arachidonate 5-lipoxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,4922
ポリマ－79,4361
非ポリマー561
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Arachidonate 5-lipoxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,4922
ポリマ－79,4361
非ポリマー561
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.870, 203.720, 110.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.710, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid -11 or resid 6 through 673))
21(chain B and (resid -11 or resid 6 through 673))
31chain C
41chain D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid -11 or resid 6 through 673))A0
211(chain B and (resid -11 or resid 6 through 673))B0
311chain CC5 - 673
411chain DD5 - 673

-
要素

#1: タンパク質
Arachidonate 5-lipoxygenase / アラキドン酸-5-リポキシゲナーゼ / 5-lipoxygenase


分子量: 79436.242 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALOX5, LOG5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P09917, アラキドン酸-5-リポキシゲナーゼ
#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-AF7 / (3alpha,8alpha,17alpha,18alpha)-3-(acetyloxy)-11-oxours-12-en-23-oic acid / アセチル-11-ケト-β-ボスウェル酸


分子量: 512.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H48O5
配列の詳細RESIDUES 41-45 (UNP P09917) WERE DELETED AND REPLACED WITH GS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.99 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 8-12% Tacsimate pH 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-h-l / Fraction: 0.11
反射解像度: 2.87→103.97 Å / Num. obs: 70741 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.252 / Rpim(I) all: 0.15 / Rrim(I) all: 0.294 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 267705 / Scaling rejects: 18
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.87-2.933.21.03537760.650.6621.23379.7
13.76-103.973.60.0446160.9980.0280.05389.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å103.97 Å
Translation3 Å103.97 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.23データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PHENIX1.12rc2_2821精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.871→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 41.17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2972 3609 5.21 %
Rwork0.2747 --
obs0.2776 69332 95.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 75.36 Å2 / Biso mean: 33.7875 Å2 / Biso min: 6.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.871→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21830 0 88 0 21918
Biso mean--10.94 --
残基数----2689
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00422428
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74930450
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0463288
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053944
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.418269
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A13042X-RAY DIFFRACTION12.019TORSIONAL
12B13042X-RAY DIFFRACTION12.019TORSIONAL
13C13042X-RAY DIFFRACTION12.019TORSIONAL
14D13042X-RAY DIFFRACTION12.019TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8752-2.92470.3983950.38711789188449
2.9247-2.97780.36771600.37333304346491
2.9778-3.03510.34871670.32893345351294
3.0351-3.0970.3021870.29723411359893
3.097-3.16420.32481760.29313373354993
3.1642-3.23780.31741690.28193380354994
3.2378-3.31860.30871750.27323386356194
3.3186-3.40820.3211710.27583372354394
3.4082-3.50840.28271850.26553398358393
3.5084-3.62150.28541800.25913366354694
3.6215-3.75070.26262040.2613356356093
3.7507-3.90050.29421600.2553402356294
3.9005-4.07770.31231930.25133366355993
4.0777-4.29210.2421760.24633380355693
4.2921-4.56020.30561940.2593342353692
4.5602-4.91090.29432010.25923301350292
4.9109-5.40260.27371760.26773386356293
5.4026-6.17870.30051720.28483406357893
6.1787-7.7630.27691930.27713390358393
7.763-30.39350.32071750.28143314348990
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.43950.5779-0.31251.77140.39212.1919-0.05040.08750.286-0.37770.05560.7354-0.2994-0.3665-0.02270.4153-0.0589-0.09830.33240.16960.9548-5.8255-7.322431.747
21.72760.0167-0.12490.33440.06160.69260.10950.31560.1988-0.1460.02280.1372-0.11310.0685-0.14320.5947-0.0056-0.02970.28010.02070.37379.256-24.064228.7744
31.4572-0.2201-0.0140.4640.05580.55230.04110.25470.1999-0.12490.07360.0477-0.08350.2116-0.06320.40980.0072-0.03440.1864-0.0180.20434.9434-25.839534.8899
40.5737-0.02080.43022.0606-0.58851.7755-0.0819-0.01870.1319-0.4758-0.0870.4825-0.3362-0.24130.12590.53590.03660.08570.1887-0.03080.7212.6947-7.2955-20.0976
52.0402-0.0796-0.04030.98680.08160.4295-0.02350.11950.0914-0.2547-0.1195-0.3385-0.1276-0.08320.09340.3128-0.00270.00460.28550.04630.32153.5515-25.7835-17.051
63.00740.70191.52751.02-0.34961.82560.10620.5484-0.3524-0.46470.0727-0.17890.25530.3709-0.1290.61310.0071-0.00320.38340.00550.235867.5478-82.794122.7196
70.9485-0.03050.01410.0682-0.06860.1741-0.02580.2913-0.0568-0.0425-0.0360.3028-0.02340.0583-0.00750.1282-0.01550.00820.2967-0.04260.601626.7849-66.375629.9228
80.22780.01020.17430.4067-0.12650.1870.01440.06130.0448-0.2324-0.0229-0.14140.0450.0603-0.00470.36880.02130.04980.3224-0.22231.11286.1463-82.7111-29.2743
90.2050.1387-0.09840.3172-0.11870.34470.00040.0239-0.2109-0.3160.0272-0.31730.0888-0.0288-0.04170.61890.00950.00530.1623-0.01950.62571.0168-66.5537-28.3445
100.12770.0132-0.09390.0796-0.00280.09040.0051-0.1574-0.1018-0.1345-0.0164-0.2630.0631-0.1523-0.00470.59930.018-0.03450.3761-0.0165-0.310445.397-66.3835-22.0426
110.5207-0.3276-0.25090.6322-0.09270.2660.00640.2794-0.1606-0.20490.03980.13260.1663-0.0511-0.00940.2712-0.0162-0.01720.5217-0.05350.118752.344-66.595523.5609
122.2231-0.1873-0.20181.020.01440.34540.05290.45710.0805-0.4013-0.02480.1457-0.15910.04560.02140.44220.0401-0.14550.3631-0.03920.243327.859-24.206-23.1633
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -12 through 112 )A-12 - 112
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 113 through 187 )A113 - 187
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 188 through 673 )A188 - 673
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid -12 through 112 )B-12 - 112
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 188 through 673 )B188 - 673
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 5 through 112 )C5 - 112
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 188 through 673 )C188 - 673
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 5 through 112 )D5 - 112
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 113 through 187 )D113 - 187
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 188 through 673 )D188 - 673
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 113 through 187 )C113 - 187
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 113 through 187 )B113 - 187

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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