PDB-6mao: Crystal structure of Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mao

タイトル

Crystal structure of Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase from Legionella pneumophila Philadelphia 1 in complex with dUMP (Deoxyuridine 5'-monophosphate)

要素

Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / SSGCID /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process /

dUTP diphosphatase /

dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase from Legionella pneumophila Philadelphia 1 in complex with dUMP (Deoxyuridine 5'-monophosphate)
著者: Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2018年8月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mao.cif.gz	76.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mao.ent.gz	54.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mao.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/6mao ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/6mao	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6maiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1seh-1 2hrm-1 6mai-1 3mbq-d 2xy3-1 2okd-d 4lhr-1 5bz2-d 2baz-d 2y1t-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-LepnA.01206.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

17.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
53.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.670, 85.670, 55.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-427- HOH

#1: タンパク質	Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase / dUTPase / dUTP pyrophosphatase 分子量: 17391.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (レジオネラ・ニューモフィラ) 株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: dut, lpg2487 / プラスミド: LepnA.01206.a.B1 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q5ZSN0, dUTP diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP / デオキシウリジン一リン酸分子量: 308.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₈P
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol 分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.6 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen, condition C4: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD 30mM each sodium nitrate, disodium hydrogen phosphate, ammonium sulfate: 100mM ...詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen, condition C4: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD 30mM each sodium nitrate, disodium hydrogen phosphate, ammonium sulfate: 100mM MES/imidazole pH 6.5: LepnA.01206.a.B1.PS38438 at 24.33mg/ml: 2h soak with 5mM MgCl2 + dUTP with was converted to dUMP: cryo: direct: EG in two steps: tray 301633a1, puck PXP9-8

結晶

マシュー密度: 3.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.6 %

結晶化

温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen, condition C4: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD 30mM each sodium nitrate, disodium hydrogen phosphate, ammonium sulfate: 100mM ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→37.096 Å / Num. obs: 17033 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.282 % / B_iso Wilson estimate: 34.444 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.059 / R_rim(I) all: 0.063 / Χ²: 1.044 / Net I/σ(I): 22.98

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.95-2	5.22	0.47	3.04	1265	0.878	0.523	99.9
2-2.06	6.216	0.359	4.6	1205	0.944	0.392	100
2.06-2.12	6.939	0.302	6.12	1176	0.957	0.327	100
2.12-2.18	7.659	0.288	7.05	1154	0.969	0.309	100
2.18-2.25	8.167	0.227	9.19	1129	0.983	0.242	100
2.25-2.33	8.723	0.205	10.34	1074	0.989	0.218	100
2.33-2.42	9.562	0.174	12.84	1037	0.992	0.184	100
2.42-2.52	10.834	0.142	16.64	1019	0.996	0.149	100
2.52-2.63	11.046	0.12	19.41	961	0.996	0.126	100
2.63-2.76	11.076	0.099	22.62	937	0.998	0.103	100
2.76-2.91	11.051	0.086	25.47	879	0.998	0.09	99.9
2.91-3.08	11.06	0.071	30.71	821	0.998	0.075	100
3.08-3.3	11.067	0.057	37.9	795	0.999	0.06	100
3.3-3.56	10.98	0.048	46.06	717	0.999	0.05	100
3.56-3.9	10.784	0.042	51.5	686	0.999	0.044	100
3.9-4.36	10.877	0.037	56.6	603	0.999	0.039	100
4.36-5.03	10.828	0.031	61.24	548	0.998	0.033	100
5.03-6.17	10.972	0.031	60.03	462	0.999	0.033	99.8
6.17-8.72	10.936	0.031	56.62	360	0.999	0.032	100
8.72-37.096	10.298	0.024	64.57	205	1	0.025	98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	(1.14_3211)	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: apo structure, 6MAI

6mai

解像度: 1.95→37.096 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.43

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1811	1774	10.42 %
R_work	0.1482	-	-
obs	0.1515	17031	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 107.86 Å² / B_iso mean: 34.5277 Å² / B_iso min: 14.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.95→37.096 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1044	0	33	138	1215
B_iso mean	-	-	62.52	45.37	-
残基数	-	-	-	-	137

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1126
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.933	1547
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.83	689
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	184
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	205

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 13 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.95-2.0028	0.2521	136	0.2104	1179	1315
2.0028-2.0617	0.2277	129	0.1801	1156	1285
2.0617-2.1282	0.2021	146	0.178	1158	1304
2.1282-2.2043	0.1852	154	0.1628	1148	1302
2.2043-2.2925	0.1879	120	0.1568	1171	1291
2.2925-2.3968	0.2036	128	0.1615	1180	1308
2.3968-2.5232	0.2252	159	0.1614	1151	1310
2.5232-2.6812	0.1961	133	0.1537	1177	1310
2.6812-2.8882	0.187	119	0.1632	1171	1290
2.8882-3.1787	0.2062	123	0.164	1201	1324
3.1787-3.6383	0.1871	126	0.1394	1180	1306
3.6383-4.5825	0.1438	150	0.116	1175	1325
4.5825-37.1029	0.1555	151	0.1365	1210	1361

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.8412	0.6294	-6.1484	2.0796	-0.42	4.2766	-0.1591	-0.919	0.2457	0.4248	0.0813	-0.0502	0.3009	0.4145	0.042	0.2504	-0.0567	-0.0423	0.5094	-0.0428	0.2722	-24.4272	28.7947	16.6315
2	8.708	1.6083	0.3021	2.5066	-1.3352	1.0526	-0.0466	0.259	0.694	-0.0998	0.1469	-0.0707	-0.2872	0.4859	-0.1118	0.304	-0.1385	-0.0314	0.3761	-0.0458	0.2778	-24.3749	37.1846	8.0661
3	4.7905	3.4479	-6.7436	5.8484	-4.4958	9.7272	-0.1233	0.1296	0.403	-0.0603	0.1328	-0.5156	0.4578	0.6232	-0.1341	0.191	-0.0395	-0.0255	0.4485	-0.0156	0.2529	-24.4099	34.5831	-1.0255
4	4.1356	-0.4252	3.6713	0.9344	-0.2734	3.2823	-0.1764	0.4948	0.0582	-0.1068	0.0992	-0.1668	-0.1991	0.6904	0.0627	0.2173	-0.0438	0.0331	0.3414	-0.0334	0.2388	-27.2223	27.537	-4.7203
5	2.2404	-0.3798	1.2673	1.243	-0.5969	3.7029	0.0294	0.0007	0.104	0.0677	-0.0142	-0.0958	-0.0011	0.1297	0.013	0.1472	-0.0252	-0.0032	0.1785	-0.0145	0.1898	-34.1677	26.5683	4.1699
6	2.2968	0.3477	-0.5783	1.5122	0.0362	2.912	0.0403	0.1928	0.143	-0.1266	0.0475	-0.0951	-0.2954	0.4442	-0.0491	0.1556	-0.0428	0.0112	0.1996	-0.0057	0.1832	-33.0186	32.0771	-4.3328
7	7.9408	5.1115	0.3623	3.4815	0.3732	3.2931	0.4825	-0.7007	-0.1189	0.7984	-0.4072	0.4624	0.4454	-0.5371	-0.0134	0.3653	-0.0317	0.04	0.2715	0.0928	0.3767	-50.0048	6.4493	17.2032

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 9 )	A	2 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 10 through 29 )	A	10 - 29
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 30 through 40 )	A	30 - 40
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 41 through 58 )	A	41 - 58
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 59 through 97 )	A	59 - 97
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 98 through 124 )	A	98 - 124
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 125 through 138 )	A	125 - 138

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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