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- PDB-6m9s: Crystal structure of SeMet SznF from Streptomyces achromogenes va... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m9s
タイトルCrystal structure of SeMet SznF from Streptomyces achromogenes var. streptozoticus NRRL 2697
要素SznF
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / non-heme iron-dependent / cupin domain / helix bundle (ヘリックスバンドル) / monooxygenase / N-nitrosation / metal-bound / anaerobic / SeMet (セレノメチオニン) / selenemethionine
機能・相同性: / 2-プロパノール
機能・相同性情報
生物種Streptomyces achromogenes subsp. streptozoticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Rohac, R. / Mitchell, A.J. / Boal, A.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)119707 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: An N-nitrosating metalloenzyme constructs the pharmacophore of streptozotocin.
著者: Ng, T.L. / Rohac, R. / Mitchell, A.J. / Boal, A.K. / Balskus, E.P.
履歴
登録2018年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SznF
B: SznF
C: SznF
D: SznF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,25424
ポリマ－224,7464
非ポリマー1,50820
水22,2851237
1
A: SznF
B: SznF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,12512
ポリマ－112,3732
非ポリマー75210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7580 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area34470 Å2
手法PISA
2
C: SznF
D: SznF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,12912
ポリマ－112,3732
非ポリマー75610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8180 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area35210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.510, 109.460, 365.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A3 - 471
2010B3 - 471
1020A3 - 471
2020C3 - 471
1030A3 - 471
2030D3 - 471
1040B3 - 471
2040C3 - 471
1050B3 - 470
2050D3 - 470
1060C3 - 471
2060D3 - 471

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
SznF


分子量: 56186.496 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces achromogenes subsp. streptozoticus (バクテリア)
株: NRRL 2697 / 遺伝子: sznf / プラスミド: pET-29a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: 酸化還元酵素

-
非ポリマー , 5種, 1257分子

#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル / 2-プロパノール


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5, 0.1 M magnesium chloride, 15-30% w/v PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月8日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→49.09 Å / Num. obs: 141875 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 10.069 % / Biso Wilson estimate: 39.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 1.735 / Net I/σ(I): 16.95
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.08-2.217.850.9122.06471950.7540.97798.8
2.21-2.3610.5580.6023.81435740.9290.632100
2.36-2.5510.4470.3945.98404450.9680.414100
2.55-2.7910.6540.23610.21373530.9880.248100
2.79-3.1210.4490.14416.25336570.9940.152100
3.12-3.610.5850.07628.99297880.9980.08100
3.6-4.410.30.04843.47251290.9990.051100
4.4-6.210.5270.04250.05194450.9990.044100
6.2-49.08910.330.03458.411081310.03699.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XSCALEVERSION Jan 26, 2018データスケーリング
XDSVERSION Jan 26, 2018データ削減
HKL2MapVersion 0.4.e-beta位相決定
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.08→49.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 6.143 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.135
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Restrained refinement against unmerged SAD data directly, using 10 TLS refinement cycles with 3 TLS groups for molecules A & D and 4 groups ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Restrained refinement against unmerged SAD data directly, using 10 TLS refinement cycles with 3 TLS groups for molecules A & D and 4 groups for molecules B & C (isotropic temperature factors) followed by 10 cycles of maximum likelihood restrained refinement using 0.04 weighting term and jelly-body refinement with sigma 0.025, plus automatically generated local NCS restraints.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18889 7469 5 %RANDOM
Rwork0.17433 ---
obs0.17506 141875 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 46.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.11 Å20 Å20 Å2
2---0.67 Å20 Å2
3----0.44 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.08→49.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14639 0 71 1237 15947
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01915407
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0214144
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1991.9620940
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.056332483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.13151874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.88823.354805
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.071152381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.69315125
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.22214
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02117729
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.023792
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.383.2127443
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.383.2127442
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2034.7979331
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2034.7979332
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9083.4337964
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9083.4347965
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.0675.06111608
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.95130.6267606
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.95130.62167607
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A273480.08
12B273480.08
21A275610.09
22C275610.09
31A275970.08
32D275970.08
41B274680.08
42C274680.08
51B272790.08
52D272790.08
61C277550.09
62D277550.09
LS精密化 シェル解像度: 2.08→2.134 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 540 -
Rwork0.245 10234 -
obs--98.24 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4707-0.0630.06340.5906-0.32181.0258-0.0136-0.01330.02480.00190.02880.00990.0609-0.126-0.01520.18040.0531-0.01720.03920.00060.0227-14.275221.1449-41.4654
20.1455-0.35570.34080.9038-0.83520.9021-0.02630.06330.07510.028-0.1641-0.18460.05210.22330.19040.16060.08150.01520.09150.06440.09296.687424.0756-47.0786
30.6508-0.57610.39620.866-0.50670.8663-0.00590.1196-0.0185-0.038-0.05240.03250.0730.00090.05830.19070.06750.02520.070.00080.0138-11.143528.3988-60.0832
40.5574-0.2477-0.13990.3934-0.40751.16860.0021-0.0724-0.0463-0.10670.01110.00950.1988-0.098-0.01320.21190.0215-0.02690.07690.02080.0223-11.7986.2262-22.9223
50.9782-0.20740.021.0573-1.4482.4285-0.0042-0.22320.1014-0.0462-0.2651-0.2467-0.01280.51390.26930.14-0.0026-0.04880.16170.03620.10844.947718.4442-12.7458
65.1003-2.8277-2.56631.57191.42041.3041-0.1075-0.42470.38890.05550.2566-0.22520.06160.2316-0.14910.1341-0.0288-0.03610.21830.03770.220715.405113.7342-21.8394
70.5109-0.62320.31880.8432-0.20921.657-0.0243-0.03520.1069-0.0364-0.0299-0.15780.07670.17020.05420.19240.048-0.03920.17520.06060.0695-3.20785.1449-7.3004
80.1319-0.11930.19870.4709-0.23511.0217-0.05940.0199-0.01470.02150.1050.0349-0.0236-0.1754-0.04560.08040.0270.01490.18250.04280.053115.5872-32.4458-67.8756
90.9897-0.62470.89730.7226-0.57340.9206-0.14940.24490.14590.0835-0.0032-0.2025-0.22780.29110.15250.1168-0.07060.00320.23420.05320.116135.4005-22.7689-75.9539
107.9625-8.08480.412512.6934-0.79710.0738-0.08970.06171.00470.2170.0882-0.3762-0.0880.00680.00150.2689-0.0153-0.00570.22650.05640.222939.326-18.3829-59.3274
110.2651-0.39090.01270.8558-0.49051.1633-0.0441-0.01630.06280.02720.0497-0.0962-0.11450.027-0.00570.0934-0.01310.00740.14220.0530.044521.801-22.5794-81.5238
121.123-0.0861-0.30941.09580.00131.0668-0.00110.06070.0052-0.00230.02640.0360.0664-0.0896-0.02530.07550.05290.00870.10330.03770.033422.7725-43.7646-49.4033
130.3982-0.4570.51170.8186-0.62191.3518-0.06760.03540.04560.1703-0.0445-0.1687-0.25290.09450.11220.14830.0416-0.05540.07850.01850.060934.8431-28.6009-38.656
140.9934-1.09440.60831.263-0.70961.4554-0.0705-0.06110.08130.11210.0162-0.1334-0.0833-0.05670.05430.15270.0599-0.02340.10920.0410.041527.4089-46.8346-29.2606
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 136
2X-RAY DIFFRACTION2A137 - 309
3X-RAY DIFFRACTION3A310 - 471
4X-RAY DIFFRACTION4B3 - 136
5X-RAY DIFFRACTION5B137 - 213
6X-RAY DIFFRACTION6B214 - 227
7X-RAY DIFFRACTION7B228 - 471
8X-RAY DIFFRACTION8C3 - 134
9X-RAY DIFFRACTION9C137 - 204
10X-RAY DIFFRACTION10C205 - 226
11X-RAY DIFFRACTION11C227 - 471
12X-RAY DIFFRACTION12D-1 - 136
13X-RAY DIFFRACTION13D137 - 309
14X-RAY DIFFRACTION14D310 - 471

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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