PDB-6m9r: Crystal structure of SznF from Streptomyces achromogenes var. str...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6m9r

タイトル

Crystal structure of SznF from Streptomyces achromogenes var. streptozoticus NRRL 2697 with a bound N(delta)-hydroxy-N(omega)-methyl-L-arginine intermediate

要素

SznF

キーワード

OXIDOREDUCTASE / non-heme iron-dependent / cupin domain / helix bundle / monooxygenase / N-nitrosation / L-arginine derivative / metal-bound / ligand-bound / anaerobic

機能・相同性

: / Chem-J9Y

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces achromogenes subsp. streptozoticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.69 Å

データ登録者

Rohac, R. / Mitchell, A.J. / Boal, A.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: An N-nitrosating metalloenzyme constructs the pharmacophore of streptozotocin.
著者: Ng, T.L. / Rohac, R. / Mitchell, A.J. / Boal, A.K. / Balskus, E.P.

履歴

登録	2018年8月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2019年11月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6m9r.cif.gz	408.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6m9r.ent.gz	332.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6m9r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6m9r_validation.pdf.gz	446.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6m9r_full_validation.pdf.gz	448.4 KB	表示
XML形式データ	6m9r_validation.xml.gz	42.8 KB	表示
CIF形式データ	6m9r_validation.cif.gz	65.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/6m9r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/6m9r	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6m9sSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6xcv-d 6m9s-2 6m9s-1 4mv7-1 4mv9-1 4mv6-1 6vzy-d 4mv8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SznF

B: SznF

ヘテロ分子

108 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.950, 107.730, 150.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 4 - 471 / Label seq-ID: 4 - 471

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	SznF 分子量: 53871.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces achromogenes subsp. streptozoticus (バクテリア) 株: NRRL 2697 / 遺伝子: sznf / プラスミド: pET-21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: 酸化還元酵素
#2: 化合物	ChemComp-J9Y / (2S)-2-amino-5-{[(E)-amino(methylamino)methylidene](hydroxy)azaniumyl}pentanoate タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₆N₄O₃
#3: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 979 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.94 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5, 0.1 M magnesium chloride, 14-20% w/v PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月9日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.685→54.09 Å / Num. obs: 107050 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.2 % / B_iso Wilson estimate: 24 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.084 / R_rim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 14.01
反射シェル	解像度: 1.69→1.79 Å / 冗長度: 8.2 % / R_merge(I) obs: 0.877 / Mean I/σ(I) obs: 2.52 / CC_1/2: 0.825 / R_rim(I) all: 0.935 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
XDS	VERSION Jan 26, 2018	データ削減
XSCALE	VERSION Jan 26, 2018	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 6M9S

6m9s

解像度: 1.69→54.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 4.233 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.095
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 10 cycles of TLS refinement using isotropic temperature factors (11 groups for each molecule of a.u.) followed by 10 cycles of maximum ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19076	5310	5 %	RANDOM
R_work	0.17018	-	-	-
obs	0.17121	100867	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.041 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.11 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.79 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.69→54.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7303	0	30	979	8312

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	7741
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	7127
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.172	1.949	10538
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.929	3.002	16342
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.051	5	946
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.016	23.15	400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.427	15	1231
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.628	15	65
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	1115
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	8951
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1930
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.579	1.497	3748
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.578	1.497	3748
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.931	2.237	4706
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.931	2.237	4707
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.888	1.607	3993
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.888	1.607	3994
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.445	2.372	5833
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.736	15.239	35202
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.313	14.414	34054
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 27350 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 1.69→1.734 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.279	388	-
R_work	0.275	7365	-
obs	-	-	99.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4355	-0.0569	-1.4624	0.4479	0.2375	2.3459	0.1366	0.0352	0.1281	-0.0061	0.0278	0.0004	-0.2957	-0.0797	-0.1644	0.0947	0.0372	0.0223	0.0881	0.021	0.1202	5.007	15.9207	43.8124
2	1.6455	-0.3816	-1.4037	1.2233	0.0287	3.2526	-0.1223	-0.7423	-0.076	0.1491	0.0983	-0.1653	0.3032	1.1068	0.024	0.0581	0.1026	-0.0069	0.4621	0.0136	0.0843	23.7562	6.6839	55.5301
3	2.3539	-0.2128	-1.9328	1.8982	-0.6336	5.0933	-0.4122	-0.2095	-0.2285	0.3068	0.0465	-0.0283	0.6287	0.2779	0.3657	0.197	0.0709	0.0882	0.0898	0.0351	0.1294	-1.0016	-4.1414	60.4002
4	6.5639	-1.2472	-2.7684	1.7761	0.5683	3.2023	-0.448	-0.4835	-0.4012	0.24	0.1693	0.0842	0.5726	0.3292	0.2787	0.1326	0.0893	0.0562	0.1248	0.0584	0.1144	21.017	-4.1531	39.0616
5	21.9587	5.6287	4.3515	1.9154	1.0849	5.6077	-0.2524	-0.5538	-0.1631	0.0043	-0.0642	0.2993	0.3482	-0.2591	0.3166	0.2518	0.0601	0.1069	0.0549	0.0523	0.2802	15.0963	-10.2794	40.6311
6	1.6634	-0.3313	-0.4446	3.1594	-0.1324	3.9293	-0.2483	0.2767	-0.3097	-0.2378	-0.047	-0.0284	0.6985	-0.249	0.2953	0.1704	-0.048	0.1025	0.1123	-0.0224	0.0976	-2.8087	-3.896	47.135
7	2.9527	-0.2162	-2.4268	0.1027	0.239	2.7643	-0.279	-0.3854	-0.2215	0.0822	0.1027	0.0187	0.3793	0.5146	0.1763	0.0877	0.0993	0.0241	0.2295	0.0513	0.0979	17.4694	1.3644	50.7566
8	6.6058	-2.0855	-1.2417	2.7318	-0.3449	4.5843	-0.5864	0.0713	-0.4944	0.1736	-0.063	0.0574	1.1998	0.365	0.6494	0.423	0.1268	0.2622	0.0498	0.0777	0.1841	3.7295	-15.499	56.669
9	3.8597	-0.3085	-1.7862	1.7749	0.3771	6.3933	-0.5023	-0.7732	-0.4565	0.1243	0.2527	0.0141	0.9087	1.2083	0.2496	0.1769	0.2957	0.0746	0.5858	0.1604	0.1204	30.1977	-5.375	50.6694
10	3.1672	-0.7801	-1.9811	0.8286	0.3959	3.7052	-0.1248	-0.3363	0.1141	0.1803	0.1021	0.0081	-0.109	0.2532	0.0228	0.1096	0.0629	0.0084	0.1206	0.0173	0.0656	-1.6072	11.4656	69.5028
11	1.5941	-0.445	-0.8057	1.4111	0.3773	2.9093	0.0826	0.064	0.1468	0.0719	0.0004	0.065	-0.4602	-0.2869	-0.083	0.1296	0.0957	0.0456	0.1246	0.0298	0.1051	-10.7277	19.0175	63.5627
12	1.4203	-0.3442	-1.3218	0.5038	0.3213	2.2168	0.2343	-0.2235	0.2094	-0.0848	0.0606	-0.0656	-0.3935	0.2844	-0.2949	0.119	-0.0641	0.0533	0.1084	-0.037	0.1366	26.8034	16.2251	29.5499
13	2.2808	0.5044	-0.7399	0.8186	0.7972	3.0739	0.042	0.6093	-0.1609	-0.0929	-0.0674	0.0822	0.0357	-0.7332	0.0254	0.064	0.0278	-0.0125	0.2802	-0.0211	0.0906	8.8596	7.3597	15.8154
14	2.7678	-0.6809	-2.4471	1.3635	1.5209	6.3041	-0.0138	0.1173	-0.1757	-0.1034	-0.0729	0.0817	0.1432	-0.1401	0.0868	0.0773	0.0078	0.0021	0.0821	-0.0068	0.1343	32.224	-2.2874	11.8415
15	4.4354	0.8291	-2.6708	2.2839	0.2835	3.3199	-0.4513	0.3741	-0.4491	-0.1394	0.0762	-0.0091	0.6334	-0.223	0.3751	0.1512	-0.0364	0.0755	0.0669	-0.0188	0.1345	11.0763	-5.758	31.1821
16	1.3948	-0.1727	-0.4849	3.896	1.8369	4.6707	-0.0805	-0.3654	-0.0984	0.436	0.0078	0.1332	0.7346	0.3795	0.0727	0.1241	0.05	0.0226	0.1574	0.0311	0.0474	33.8557	-3.754	24.2999
17	2.9399	0.2184	-1.9591	0.3617	0.145	2.0453	-0.1235	0.2492	-0.2663	-0.0488	-0.0226	-0.0137	0.1687	-0.3511	0.1461	0.0472	-0.0194	0.0076	0.1325	-0.0067	0.0871	13.8892	2.7175	21.1479
18	4.795	0.2356	-2.207	1.8531	0.7036	4.5425	-0.1738	0.0285	-0.3393	0.169	-0.092	0.1705	0.7031	-0.0641	0.2658	0.1716	-0.0166	0.0682	0.0228	-0.0135	0.1229	29.7588	-12.639	12.8037
19	3.5564	-0.656	-2.1327	1.1532	1.0294	2.2905	-0.2968	0.4521	-0.6103	0.1224	-0.0755	0.0921	0.5892	-0.717	0.3723	0.2521	-0.2859	0.0447	0.4262	-0.1236	0.1354	5.4686	-6.5053	19.1903
20	4.2751	0.5248	-2.6955	1.1694	-0.1345	3.394	0.1434	0.2662	0.0819	-0.1861	0.0046	-0.0766	-0.3292	-0.1142	-0.148	0.1241	0.0065	0.0373	0.0758	0.0156	0.067	32.6042	10.3085	4.7961
21	1.0328	6.3455	3.4742	53.5209	28.4308	15.1508	0.3725	0.5022	0.3036	-1.8679	-0.4854	-0.0063	-0.7765	-0.1594	0.1128	1.2888	1.1916	0.6361	2.2201	0.6527	0.3321	39.7427	31.428	-4.0425
22	2.7522	0.0899	-1.7151	1.3627	-0.0888	3.0123	0.5024	-0.2189	0.4823	-0.1865	-0.0061	-0.1618	-0.8226	0.4755	-0.4963	0.2748	-0.1518	0.1889	0.1214	-0.0783	0.1896	42.6966	20.2088	9.7891

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 113
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	114 - 150
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	157 - 188
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	189 - 207
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	208 - 221
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	222 - 249
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	250 - 284
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	285 - 317
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	318 - 346
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	347 - 390
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	391 - 471
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	3 - 113
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	114 - 158
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	159 - 188
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	189 - 214
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	215 - 249
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	250 - 283
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	284 - 309
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	310 - 347
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	348 - 383
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	384 - 391
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	392 - 471

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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