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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lrw | |||||||||
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タイトル | Marsupenaeus japonicus ferritin mutant(T158H) pH 7.0 | |||||||||
要素 | Ferritinフェリチン | |||||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / ferroxidase / iron (鉄) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Penaeus japonicus (クルマエビ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhao, G. / Tan, X. / Zhang, T. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Commun Chem / 年: 2020 タイトル: Converting histidine-induced 3D protein arrays in crystals into their 3D analogues in solution by metal coordination cross-linking. 著者: Tan, X. / Chen, H. / Gu, C. / Zhang, J. / Zhang, T. / Wang, H. / Zhao, G. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6lrw.cif.gz | 81.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6lrw.ent.gz | 60.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6lrw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/6lrw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/6lrw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 12||||||||
単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19527.873 Da / 分子数: 2 / 変異: T158H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penaeus japonicus (クルマエビ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: T2B7E1, ferroxidase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.11 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2500 mM NaCl, 100 mM KH2PO3 / KH2PO3 (pH 7.0) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 273.15 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9785 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月14日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.4→117.11 Å / Num. obs: 21207 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.1 % / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.146 / Χ2: 0.554 / Net I/σ(I): 3.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6a4u 解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 6.233 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.209 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 76.35 Å2 / Biso mean: 23.269 Å2 / Biso min: 4.61 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.4→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.402→2.464 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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