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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lca | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human Dishevelled1 PDZ domain homotrimer | ||||||
要素 | Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-1 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Wnt signaling pathway (Wntシグナル経路) / Developmental protein (ヒトの発達) / PROTEIN BINDING (タンパク質) / Dvl | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of protein localization to presynapse / Negative regulation of TCF-dependent signaling by DVL-interacting proteins / convergent extension involved in neural plate elongation / planar cell polarity pathway involved in neural tube closure / skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / cochlea morphogenesis / non-canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of neuron projection arborization / protein localization to microtubule / collateral sprouting ...positive regulation of protein localization to presynapse / Negative regulation of TCF-dependent signaling by DVL-interacting proteins / convergent extension involved in neural plate elongation / planar cell polarity pathway involved in neural tube closure / skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / cochlea morphogenesis / non-canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of neuron projection arborization / protein localization to microtubule / collateral sprouting / presynapse assembly / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / neurotransmitter secretion / dendritic spine morphogenesis / frizzled binding / axon extension / PCP/CE pathway / Wnt signalosome / WNT mediated activation of DVL / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / dendrite morphogenesis / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / neural tube development / regulation of postsynapse organization / クラスリン / regulation of synaptic vesicle exocytosis / neuromuscular junction development / receptor clustering / heart looping / neuronal dense core vesicle / outflow tract morphogenesis / synaptic vesicle exocytosis / social behavior / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / protein localization to nucleus / canonical Wnt signaling pathway / lateral plasma membrane / prepulse inhibition / cytoplasmic microtubule organization / negative regulation of protein phosphorylation / TCF dependent signaling in response to WNT / 軸索誘導 / RHO GTPases Activate Formins / Degradation of DVL / synapse organization / Schaffer collateral - CA1 synapse / beta-catenin binding / small GTPase binding / positive regulation of neuron projection development / regulation of protein localization / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / presynapse / 成長円錐 / cytoplasmic vesicle / 微小管 / 樹状突起スパイン / postsynaptic density / protein stabilization / neuron projection / intracellular signal transduction / positive regulation of protein phosphorylation / neuronal cell body / シナプス / glutamatergic synapse / regulation of DNA-templated transcription / protein kinase binding / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Yasukochi, S. / Numoto, N. / Tenno, N. / Tenno, T. / Ito, N. / Hiroaki, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of human Dishevelled1 PDZ domain homotrimer 著者: Yasukochi, S. / Numoto, N. / Tenno, N. / Tenno, T. / Ito, N. / Hiroaki, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6lca.cif.gz | 159 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6lca.ent.gz | 115.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6lca.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/6lca ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/6lca | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3fy5S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10771.055 Da / 分子数: 8 / 変異: C338A,W339T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DVL1 / プラスミド: pGEX-6P3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O14640 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.28 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.5 M Ammonium sulfate 0.1 M Sodium citrate tribasic dehydrate 1.0 M Lithium sulfate monohydrate 0.01 M GSH 0.01 M GSSG |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 25203 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 58.95 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 14.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.65 / Num. unique obs: 4095 / CC1/2: 0.743 / Rsym value: 0.774 / % possible all: 98.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3FY5 解像度: 2.4→26.33 Å / SU ML: 0.3832 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 32.8247
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 66.19 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→26.33 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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