PDB-3i38: Structure of a putative chaperone protein dnaj from klebsiella pn...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3i38

タイトル

Structure of a putative chaperone protein dnaj from klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae mgh 78578

要素

Putative chaperone DnaJ

キーワード

CHAPERONE / DNAJ / KLEBSIELLA PNEUMONIAE / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

bent DNA binding / nucleoid / : / unfolded protein binding / protein refolding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578 (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of a Putative Chaperone Protein Dnaj from Klebsiella Pneumoniae Subsp. Pneumoniae Mgh 78578
著者: Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2009年6月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb3i38.ent.gz	196.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	3i38_full_validation.pdf.gz	538.6 KB	表示
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CIF形式データ	3i38_validation.cif.gz	67 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/3i38 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/3i38	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	5j89-1 1t3h-1 1wvl-d 1vhl-1 2eef-d 5niu-1 5n2f-d 5an5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: apc63096.1

類似構造データ

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その他のデータベース

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (4) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Putative chaperone DnaJ

B: Putative chaperone DnaJ

C: Putative chaperone DnaJ

D: Putative chaperone DnaJ

E: Putative chaperone DnaJ

F: Putative chaperone DnaJ

G: Putative chaperone DnaJ

H: Putative chaperone DnaJ

I: Putative chaperone DnaJ

J: Putative chaperone DnaJ

K: Putative chaperone DnaJ

L: Putative chaperone DnaJ

142 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Putative chaperone DnaJ

B: Putative chaperone DnaJ

ソフトウェアが定義した集合体
23.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Putative chaperone DnaJ

D: Putative chaperone DnaJ

ソフトウェアが定義した集合体
23.7 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Putative chaperone DnaJ

F: Putative chaperone DnaJ

ソフトウェアが定義した集合体
23.7 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Putative chaperone DnaJ

H: Putative chaperone DnaJ

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23.7 kDa, 2 ポリマー
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5

I: Putative chaperone DnaJ

J: Putative chaperone DnaJ

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23.7 kDa, 2 ポリマー
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6

K: Putative chaperone DnaJ

L: Putative chaperone DnaJ

ソフトウェアが定義した集合体
23.7 kDa, 2 ポリマー
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7

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.805, 61.626, 92.907
Angle α, β, γ (deg.)	81.75, 78.71, 83.79
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	200 - 269
2	1	1	4	B	200 - 269
1	1	2	4	A	270 - 302
2	1	2	4	B	270 - 302
1	1	3	4	C	200 - 269
2	1	3	4	D	200 - 269
1	1	4	4	C	270 - 302
2	1	4	4	D	270 - 302
1	1	5	4	E	200 - 269
2	1	5	4	F	200 - 269
1	1	6	4	E	270 - 302
2	1	6	4	F	270 - 302
1	1	7	4	G	20 - 269
2	1	7	4	H	20 - 269
1	1	8	4	G	270 - 302
2	1	8	4	H	270 - 302
1	1	9	4	I	200 - 269
2	1	9	4	J	200 - 269
1	1	10	4	I	270 - 302
2	1	10	4	J	270 - 302
1	1	11	4	K	200 - 269
2	1	11	4	L	200 - 269
1	1	12	4	K	200 - 302
2	1	12	4	L	200 - 302

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
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12

詳細

AUTHORS HAD THE FOLLOWING COMMENTS ON THE SUPERHELICCAL STRUCTURE IN ASYMMETRIC UNIT: FIRST OF ALL, THE PROTEIN IS A SMALL PART OF A LARGE PROTEIN WHICH CONSISTS OF THREE DOMAINS. THEREFORE IT IS HARD TO PREDICT WHETHER THE FULL LENGTH PROTEIN WILL FORM A SIMILAR SUPERHELICAL STRUCTURE. LIGHT SCATTERING ANALYSIS CONFIRMS THAT THE PROTEIN DOMAIN FORMS A DIMER IN SOLUTION. AUTHORS ASSUME THAT THE SUPERHELICAL STRUCTURE IS AN ARTIFACT AND CREATED BY CRYSTAL PACKING. THIS IS THE VERY INTERESTING PATTERN BUT FROM FUNCTIONAL POINT OF VIEW WE DO NOT KNOW IF IT IS PHYSIOLOGICALLY RELEVANT.

#1: タンパク質	Putative chaperone DnaJ 分子量: 11847.640 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578 (肺炎桿菌) 遺伝子: cbpA, KPN78578_44400, KPN_04509 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Magic / 参照: UniProt: A6TH30
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.4 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris, 25% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872
検出器	検出器: CCD / 日付: 2009年6月18日 / 詳細: MIRROR
放射	モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→90.54 Å / Num. obs: 66358 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.07 / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 30.081
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.559 / Mean I/σ(I) obs: 2 / R_sym value: 0.559 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
SHELXD		位相決定
RESOLVE		モデル構築
CCP4		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築
REFMAC	5.5.0051	精密化
ADSC		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP	WARP	モデル構築
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→90.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 18.451 / SU ML: 0.205 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.384 / ESU R Free: 0.257 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.262	2941	5.1 %	RANDOM
R_work	0.217	-	-	-
obs	0.219	57758	98.09 %	-
all	-	57758	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.41 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.83 Å²	-1.77 Å²	1.29 Å²
2-	-	-1.03 Å²	0.8 Å²
3-	-	-	-0.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→90.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9275	0	0	186	9461

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	9541
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6616
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.743	1.984	12990
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.893	3	16299
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.524	5	1193
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.539	24.066	332
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.584	15	1655
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.921	15	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	1525
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	10195
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1698
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.986	1.5	6046
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.274	1.5	2393
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.746	2	9789
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.594	3	3495
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.123	4.5	3199
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	845	MEDIUM POSITIONAL	0.44	0.5
1	A	845	MEDIUM THERMAL	0.73	2
2	A	454	MEDIUM POSITIONAL	0.4	0.5
2	A	454	MEDIUM THERMAL	1.11	2
3	C	800	MEDIUM POSITIONAL	0.73	0.5
3	C	800	MEDIUM THERMAL	0.88	2
4	C	474	MEDIUM POSITIONAL	0.49	0.5
4	C	474	MEDIUM THERMAL	0.95	2
5	E	815	MEDIUM POSITIONAL	0.66	0.5
5	E	815	MEDIUM THERMAL	0.78	2
6	E	474	MEDIUM POSITIONAL	0.53	0.5
6	E	474	MEDIUM THERMAL	0.81	2
7	G	826	MEDIUM POSITIONAL	0.44	0.5
7	G	826	MEDIUM THERMAL	0.95	2
8	G	462	MEDIUM POSITIONAL	0.63	0.5
8	G	462	MEDIUM THERMAL	1.2	2
9	I	782	MEDIUM POSITIONAL	0.76	0.5
9	I	782	MEDIUM THERMAL	0.75	2
10	I	474	MEDIUM POSITIONAL	0.42	0.5
10	I	474	MEDIUM THERMAL	0.45	2
11	K	800	MEDIUM POSITIONAL	0.48	0.5
11	K	800	MEDIUM THERMAL	0.72	2
12	K	474	MEDIUM POSITIONAL	0.68	0.5
12	K	474	MEDIUM THERMAL	0.91	2

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.333	221	-
R_work	0.294	4007	-
obs	-	-	97.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0797	2.7814	-0.5639	4.5805	-2.6318	2.0349	0.0318	0.3181	0.7055	0.3282	0.159	0.5811	-0.3949	-0.0793	-0.1908	0.2752	0.1422	0.0433	0.1209	0.0482	0.2027	-2.2168	16.74	-2.4215
2	1.5082	-0.0182	-0.6636	3.1033	-0.3936	5.2598	-0.0416	0.0606	-0.0967	0.3249	-0.0636	0.1425	-0.1474	0.0248	0.1051	0.1002	0.0605	-0.0081	0.0827	-0.0285	0.0886	-1.404	-7.2161	7.8213
3	2.0719	1.0233	-1.9207	3.2984	-0.2195	10.0038	-0.1533	0.0088	-0.1734	-0.2878	-0.104	-0.2888	0.6182	0.4644	0.2573	0.1089	0.0827	0.0302	0.0739	0.0112	0.0431	7.8498	-10.6409	-9.5849
4	3.7784	1.5835	-2.6541	1.3125	-0.725	7.6984	-0.0082	0.1489	0.146	0.1617	-0.0736	0.2716	-0.2585	-0.7396	0.0819	0.1912	0.099	0.0207	0.1734	-0.0421	0.1264	-5.8264	-0.1525	9.0767
5	2.4134	-1.653	0.712	8.0514	-3.0008	6.0135	-0.2474	-0.2621	0.1839	0.1528	0.241	0.2714	0.7244	-0.4926	0.0063	0.1625	-0.0119	-0.0222	0.1299	-0.0978	0.3312	13.2311	-26.8622	17.289
6	7.1585	-3.1556	-0.4052	3.0322	-3.134	9.6703	-0.1186	1.04	1.7062	-0.3335	-0.0454	-0.5311	0.4753	-0.5592	0.164	0.1479	-0.1241	-0.1774	0.3541	0.2401	0.9962	27.1161	-10.9363	4.3446
7	7.1107	-1.4954	1.395	5.1011	-1.2906	1.6975	-0.0612	0.194	0.3003	-0.0613	-0.0387	0.1725	0.1306	0.0433	0.1	0.0232	0.0137	-0.0299	0.0469	-0.0489	0.1643	41.761	-24.1557	10.5196
8	5.637	-3.194	0.1174	2.8474	-1.1157	1.0761	-0.1193	-0.0451	0.6125	0.3003	0.092	-0.2659	-0.2412	-0.0621	0.0273	0.0944	0.0603	-0.0738	0.1094	-0.0458	0.6766	19.4291	-11.1693	7.9927
9	2.516	1.8416	0.3878	3.8356	0.1015	2.0423	-0.2841	0.2711	0.5094	0.0326	0.0993	1.1397	0.3746	-0.1064	0.1847	0.2669	-0.0828	0.0801	0.3751	0.1253	0.637	-24.5326	-3.3469	-24.7634
10	5.9263	-2.5988	1.2903	4.837	-4.4357	5.1132	0.1057	0.6101	0.2464	-0.904	0.6538	0.8152	0.363	-0.5815	-0.7596	0.6044	-0.3761	-0.2945	0.5614	0.3513	0.3654	-11.736	12.5554	-38.7666
11	4.7024	-1.7779	2.2663	6.2301	-3.0869	4.4748	-0.1182	0.6771	-0.0318	-0.7718	0.2241	0.1273	0.7249	0.0299	-0.1059	0.3221	-0.1113	-0.0056	0.2929	0.0267	0.0091	3.056	0.8224	-33.6448
12	4.9366	-2.1458	-1.3084	6.8433	0.5951	4.2607	0.1478	0.3388	-0.1216	-0.6464	0.484	1.7537	-0.0691	-0.7995	-0.6318	0.3211	-0.3082	-0.2729	0.6272	0.472	0.6844	-19.0838	12.3672	-34.8683
13	9.1463	-1.4178	-1.2953	2.517	-0.2683	3.0488	0.1825	-0.2359	0.5222	0.301	-0.0689	0.1159	-0.4018	0.0438	-0.1136	0.2236	0.0308	0.0151	0.0341	-0.0332	0.0516	-26.4798	-12.4067	-58.4564
14	5.281	-2.2884	-0.676	3.3345	1.4568	2.7814	0.2359	-0.2808	-0.6427	0.098	-0.3504	-0.0014	0.0773	0.388	0.1146	0.1372	-0.0196	-0.0469	0.2816	0.1395	0.1257	-6.5695	-27.5236	-51.4635
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20	0.5911	0.3332	-0.9728	0.4099	-0.4056	1.7336	-0.2075	-0.0141	-0.3687	0.0779	-0.0833	-0.46	0.233	0.1207	0.2909	0.4526	-0.1115	0.0373	0.5061	-0.342	0.7808	33.2081	-53.472	-4.3222
21	3.1623	0.5917	-2.1637	1.9493	-1.3421	9.415	-0.1778	-0.2901	-0.4888	-0.0581	-0.2814	-0.5491	0.3458	0.8013	0.4592	0.0857	0.0779	-0.0232	0.174	0.0997	0.2601	-36.9997	-47.2707	-56.5807
22	1.7879	-0.1249	-0.055	3.8207	0.3577	2.3346	0.1574	-0.3436	-0.0966	0.6909	0.0101	0.1871	0.0554	-0.1401	-0.1675	0.342	0.0018	-0.0262	0.3114	0.0607	0.0489	-54.1474	-38.4316	-39.63
23	4.98	2.3269	-0.737	6.2965	-1.2389	2.1497	0.1457	-0.2711	0.4694	0.1444	0.1042	0.2844	-0.1586	-0.1545	-0.2499	0.1467	0.0988	0.0091	0.191	-0.0096	0.0636	-49.661	-21.4845	-47.633
24	1.2504	0.0997	-1.1773	2.4423	0.5054	5.1228	-0.0895	-0.2914	0.0291	0.4625	-0.0455	-0.2039	0.5117	-0.2241	0.135	0.2803	-0.0133	-0.0847	0.3113	0.0791	0.1249	-49.9578	-45.3496	-40.8003

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	200 - 269
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	270 - 302
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	200 - 269
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	270 - 302
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	201 - 269
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	270 - 302
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	200 - 269
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	270 - 302
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	201 - 269
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	270 - 302
11	X-RAY DIFFRACTION	11	F	200 - 269
12	X-RAY DIFFRACTION	12	F	270 - 302
13	X-RAY DIFFRACTION	13	G	200 - 269
14	X-RAY DIFFRACTION	14	G	270 - 302
15	X-RAY DIFFRACTION	15	H	202 - 269
16	X-RAY DIFFRACTION	16	H	270 - 302
17	X-RAY DIFFRACTION	17	I	201 - 269
18	X-RAY DIFFRACTION	18	I	270 - 302
19	X-RAY DIFFRACTION	19	J	200 - 269
20	X-RAY DIFFRACTION	20	J	270 - 302
21	X-RAY DIFFRACTION	21	K	200 - 269
22	X-RAY DIFFRACTION	22	K	270 - 302
23	X-RAY DIFFRACTION	23	L	201 - 269
24	X-RAY DIFFRACTION	24	L	270 - 302

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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