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- PDB-6l5a: The structure of the UdgX mutant H109E at a pre-excision state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l5a
タイトルThe structure of the UdgX mutant H109E at a pre-excision state
要素Uracil DNA glycosylase superfamily protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / UdgX / covalent complex (共有結合) / protein-DNA interaction (DNA結合タンパク質) / DNA repair (DNA修復) / glycosylase
機能・相同性
機能・相同性情報


uracil DNA N-glycosylase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA修復 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Uracil-DNA glycosylase family 4 / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
鉄・硫黄クラスター / Type-4 uracil-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.80007323734 Å
データ登録者Xie, W. / Tu, J. / Zeng, H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31870782 中国
引用ジャーナル: DNA Repair (Amst) / 年: 2021
タイトル: Structural insights into an MsmUdgX mutant capable of both crosslinking and uracil excision capability.
著者: Jia, Q. / Zeng, H. / Tu, J. / Sun, L. / Cao, W. / Xie, W.
履歴
登録2019年10月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uracil DNA glycosylase superfamily protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7854
ポリマ－23,2491
非ポリマー5363
水4,828268
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, PDBePISA
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area370 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area9950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.698, 48.316, 86.222
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Uracil DNA glycosylase superfamily protein


分子量: 23249.420 Da / 分子数: 1 / 変異: H109E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2 155 / 遺伝子: MSMEG_0265 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QP43
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 19% PEG3350, 0.1 M sodium citrate, 0.2 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→21.56 Å / Num. obs: 18687 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 8.78342573865 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Mean I/σ(I) obs: 8.4 / Num. unique obs: 2586 / CC1/2: 0.985 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
CrysalisProデータ削減
CrysalisProデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IO9

6io9


解像度: 1.80007323734→21.55545 Å / SU ML: 0.155071477148 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3379521463 / 位相誤差: 17.4976843893
Rfactor反射数%反射
Rfree0.192672984964 920 4.93774151997 %
Rwork0.151306999552 --
obs0.153380596451 18632 97.6366399413 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 11.6844359257 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.80007323734→21.55545 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1536 0 20 268 1824
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01215408590191588
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.667501348752155
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0565940780818243
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00594241724132286
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.4341084538948
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8001-1.89490.2079602308161070.1413917192762417X-RAY DIFFRACTION94.3904263276
1.8949-2.01360.1907280895421190.1443383078142531X-RAY DIFFRACTION98.4764028242
2.0136-2.16890.1918246950921200.1419650659812533X-RAY DIFFRACTION99.3632958801
2.1689-2.38690.1839012977651450.1495350527322544X-RAY DIFFRACTION99.261720192
2.3869-2.73170.2185650982421230.1608990581912566X-RAY DIFFRACTION99.1884913316
2.7317-3.43940.2096093571141310.1578753600092580X-RAY DIFFRACTION98.4029038113
3.4394-21.5550.1737667934251750.1517873176052541X-RAY DIFFRACTION94.6011842564

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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