+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ke2 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | ABloop reengineered Ferritin Nanocage | ||||||
要素 | Ferritin heavy chainフェリチン | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / rHuHF / ABloop reengineered | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 iron ion sequestering activity / : / オートファゴソーム / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding ...iron ion sequestering activity / : / オートファゴソーム / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding / ferrous iron binding / Iron uptake and transport / tertiary granule lumen / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / ficolin-1-rich granule lumen / 免疫応答 / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.798 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, W.M. / Wang, H.F. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2019 タイトル: AB loop engineered ferritin nanocages for drug loading under benign experimental conditions. 著者: Wang, W. / Wang, L. / Li, G. / Zhao, G. / Zhao, X. / Wang, H. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ke2.cif.gz | 60.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6ke2.ent.gz | 42.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ke2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/6ke2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/6ke2 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| x 24|||||||||||||||
単位格子 |
| |||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 21024.428 Da / 分子数: 1 / 変異: Deletion,K84Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02794, ferroxidase |
---|
-非ポリマー , 5種, 270分子
#2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CA / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.53 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M bincine pH 9.0, 2M MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9779 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9779 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.798→50 Å / Num. obs: 24788 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 21.4 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 53.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.2 / Num. unique obs: 1207 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2FHA 解像度: 1.798→26.334 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 15.53
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 63.08 Å2 / Biso mean: 14.9419 Å2 / Biso min: 4.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.798→26.334 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
|