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万見
- PDB-6jjp: Crystal structure of Fab of a PD-1 monoclonal antibody MW11-h317 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jjp
タイトルCrystal structure of Fab of a PD-1 monoclonal antibody MW11-h317 in complex with PD-1
要素
  • Heavy chain of MW11-h317
  • Programmed cell death protein 1PD-1
  • light chain of MW11-h317
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / PD-1 (PD-1) / monoclonal antibody (モノクローナル抗体) / cancer treatment
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of immune response / B cell apoptotic process / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / 液性免疫 / PD-1 signaling / regulation of immune response / Potential therapeutics for SARS ...negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of immune response / B cell apoptotic process / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / 液性免疫 / PD-1 signaling / regulation of immune response / Potential therapeutics for SARS / 獲得免疫系 / external side of plasma membrane / apoptotic process / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
PD-1 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 ...PD-1 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Wang, M. / Wang, J. / Wang, R. / Jiao, S. / Wang, S. / Zhang, J. / Zhang, M.
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2019
タイトル: Identification of a monoclonal antibody that targets PD-1 in a manner requiring PD-1 Asn58 glycosylation.
著者: Wang, M. / Wang, J. / Wang, R. / Jiao, S. / Wang, S. / Zhang, J. / Zhang, M.
履歴
登録2019年2月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.22019年11月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heavy chain of MW11-h317
B: light chain of MW11-h317
C: Programmed cell death protein 1
D: Heavy chain of MW11-h317
E: light chain of MW11-h317
F: Programmed cell death protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,89512
ポリマ－126,2216
非ポリマー2,6746
水1448
1
A: Heavy chain of MW11-h317
B: light chain of MW11-h317
C: Programmed cell death protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4486
ポリマ－63,1103
非ポリマー1,3373
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7980 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area24600 Å2
手法PISA
2
D: Heavy chain of MW11-h317
E: light chain of MW11-h317
F: Programmed cell death protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4486
ポリマ－63,1103
非ポリマー1,3373
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7930 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area24320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.610, 54.219, 126.082
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.920, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain C
21(chain F and resid 30 through 146)
12chain A
22chain D
13(chain B and resid 1 through 213)
23chain E

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain CC30 - 401
211(chain F and resid 30 through 146)F30 - 146
112chain AA1 - 220
212chain DD1 - 220
113(chain B and resid 1 through 213)B1 - 213
213chain EE1 - 213

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 ADBE

#1: 抗体 Heavy chain of MW11-h317


分子量: 23004.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 light chain of MW11-h317


分子量: 23647.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 10分子 CF

#3: タンパク質 Programmed cell death protein 1 / PD-1 / hPD-1


分子量: 16458.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD1, PD1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q15116
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 2種, 6分子

#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.01 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH 6.5) and 28% polyethylene glycol monomethyl ether 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月15日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 28800 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 57.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Rpim(I) all: 0.092 / Rrim(I) all: 0.172 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRrim(I) all
2.9-34.20.98628740.5490.5551.028100
3-3.124.20.7428590.6590.4171.0371000.851
3.12-3.274.20.48628300.8110.2731.0381000.559
3.27-3.444.20.34228670.8960.1920.9921000.393
3.44-3.654.10.24228340.940.1371.0271000.279
3.65-3.944.10.19528780.9580.111.02499.80.225
3.94-4.334.10.12228570.9840.0690.9741000.14
4.33-4.964.10.09529040.9890.0531.00399.90.109
4.96-6.2440.10329130.9880.0590.9871000.119
6.24-503.90.0629840.9950.0350.99199.60.07

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RRQ, 5WT9

3rrq

5wt9


解像度: 2.9→40.685 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.91
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2473 1464 5.09 %
Rwork0.2068 --
obs0.209 28784 99.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 121.06 Å2 / Biso mean: 55.2541 Å2 / Biso min: 29.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→40.685 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8408 0 176 8 8592
Biso mean--59.99 42.6 -
残基数----1102
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038811
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63912001
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431372
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051527
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6755292
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11C1144X-RAY DIFFRACTION5.852TORSIONAL
12F1144X-RAY DIFFRACTION5.852TORSIONAL
21A1990X-RAY DIFFRACTION5.852TORSIONAL
22D1990X-RAY DIFFRACTION5.852TORSIONAL
31B2032X-RAY DIFFRACTION5.852TORSIONAL
32E2032X-RAY DIFFRACTION5.852TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.889-2.99230.35951470.30342589273694
2.9923-3.1120.34011370.299627312868100
3.112-3.25360.31191350.269227102845100
3.2536-3.42510.30311350.246827562891100
3.4251-3.63950.24121530.233227112864100
3.6395-3.92030.27121470.217827322879100
3.9203-4.31450.20961330.178927302863100
4.3145-4.93780.20141660.147927562922100
4.9378-6.21760.20321540.183427562910100
6.2176-40.68910.24811570.189728493006100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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