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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jjg | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of a two-quartet DNA mixed-parallel/antiparallel G-quadruplex | ||||||||||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA (デオキシリボ核酸) / G-quadruplex (グアニン四重鎖) / two-quartet / mixed-parallel/antiparallel | 機能・相同性 | : / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | Pseudorabies virus Ea (オーエスキー病) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.969 Å | データ登録者 | Zhang, Y.S. / Wei, D.G. | 資金援助 | 中国, 1件 |
引用 | ジャーナル: To Be Published | タイトル: Crystal structure of a two-quartet DNA mixed-parallel/antiparallel G-quadruplex 著者: Zhang, Y.S. / Parkinson, G.N. / Wagner, A. / Wei, D.G. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6jjg.cif.gz | 44.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6jjg.ent.gz | 31.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6jjg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/6jjg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/6jjg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6jjeS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4362.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Pseudorabies virus Ea (オーエスキー病) #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.44 % |
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Potassium cacodylate, Potassium chloride, Sodium cacodylate, Spermine, Potassium bromide, MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97907 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97907 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.969→32.672 Å / Num. obs: 5421 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6.8 % / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 15.52 |
反射 シェル | 解像度: 1.969→2.08 Å / Rpim(I) all: 0.196 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6JJE 解像度: 1.969→23.075 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 31.29
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 166 Å2 / Biso mean: 75.888 Å2 / Biso min: 34.14 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.969→23.075 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 2
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -11.0288 Å / Origin y: -2.4043 Å / Origin z: 9.2058 Å
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精密化 TLSグループ |
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