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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6izv | ||||||||||||
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タイトル | Averaged strand structure of a 15-stranded ParM filament from Clostridium botulinum | ||||||||||||
要素 | Putative plasmid segregation protein ParM | ||||||||||||
キーワード | PROTEIN FIBRIL / ParM / filaments / cytoskeleton | ||||||||||||
機能・相同性 | Actin-like protein, N-terminal / Actin like proteins N terminal domain / ParM-like / ATPase, nucleotide binding domain / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Actin-like protein N-terminal domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Clostridium botulinum Prevot_594 (ボツリヌス菌) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Koh, F. / Narita, A. / Lee, L.J. / Tan, Y.Z. / Dandey, V.P. / Tanaka, K. / Popp, D. / Robinson, R.C. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: The structure of a 15-stranded actin-like filament from Clostridium botulinum. 著者: Fujiet Koh / Akihiro Narita / Lin Jie Lee / Kotaro Tanaka / Yong Zi Tan / Venkata P Dandey / David Popp / Robert C Robinson / 要旨: Microfilaments (actin) and microtubules represent the extremes in eukaryotic cytoskeleton cross-sectional dimensions, raising the question of whether filament architectures are limited by protein ...Microfilaments (actin) and microtubules represent the extremes in eukaryotic cytoskeleton cross-sectional dimensions, raising the question of whether filament architectures are limited by protein fold. Here, we report the cryoelectron microscopy structure of a complex filament formed from 15 protofilaments of an actin-like protein. This actin-like ParM is encoded on the large pCBH Clostridium botulinum plasmid. In cross-section, the ~26 nm diameter filament comprises a central helical protofilament surrounded by intermediate and outer layers of six and eight twisted protofilaments, respectively. Alternating polarity of the layers allows for similar lateral contacts between each layer. This filament design is stiffer than the actin filament, and has likely been selected for during evolution to move large cargos. The comparable sizes of microtubule and pCBH ParM filaments indicate that larger filament architectures are not limited by the protomer fold. Instead, function appears to have been the evolutionary driving force to produce broad, complex filaments. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6izv.cif.gz | 132.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6izv.ent.gz | 104.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6izv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6izv_validation.pdf.gz | 947.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6izv_full_validation.pdf.gz | 952.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6izv_validation.xml.gz | 25.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6izv_validation.cif.gz | 34.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/6izv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/6izv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39560.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridium botulinum Prevot_594 (ボツリヌス菌) 遺伝子: T258_3831 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B4W229 #2: 化合物 | #3: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: ParM filament coded on pCBH plasmid from Clostridium botulinum タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Clostridium botulinum F str. 230613 (ボツリヌス菌) Organelle: pCBH plasmid |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / プラスミド: pET-21d |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 2.1 / カテゴリ: 3次元再構成 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -50.37 ° / 軸方向距離/サブユニット: 50.26 Å / らせん対称軸の対称性: C1 |
3次元再構成 | 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 33356 / 対称性のタイプ: HELICAL |