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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ipq | ||||||
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タイトル | Non-native ferritin 8-mer mutant-C90A/C102A/C130A | ||||||
要素 | Ferritin heavy chainフェリチン | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Ferritin (フェリチン) / 24-mer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 iron ion sequestering activity / : / オートファゴソーム / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding ...iron ion sequestering activity / : / オートファゴソーム / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding / ferrous iron binding / Iron uptake and transport / tertiary granule lumen / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / ficolin-1-rich granule lumen / 免疫応答 / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.103 Å | ||||||
データ登録者 | Zang, J. / Chen, H. / Wang, Y. / Zhao, G. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Disulfide-mediated conversion of 8-mer bowl-like protein architecture into three different nanocages. 著者: Zang, J. / Chen, H. / Zhang, X. / Zhang, C. / Guo, J. / Du, M. / Zhao, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ipq.cif.gz | 48.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ipq.ent.gz | 35.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ipq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/6ipq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/6ipq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 24||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20356.477 Da / 分子数: 1 / 変異: C90A/C102A/C130A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02794, ferroxidase |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.03 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 200mM MgCl2, 3.4M 1,6-Hexanediol, 100mM Tris/HCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9779 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9779 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→40.6 Å / Num. obs: 5057 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 20.5 % / Net I/σ(I): 4.7 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.2 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3.103→40.6 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 15.41
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.103→40.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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