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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6imm | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of an alphavirus, Sindbis virus | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / Alphavirus / Sindbis virus / Glycoprotein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / membrane => GO:0016020 / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane ...togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / membrane => GO:0016020 / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sindbis virus (シンドビスウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, X. / Ma, J. / Chen, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Implication for alphavirus host-cell entry and assembly indicated by a 3.5Å resolution cryo-EM structure. 著者: Lihong Chen / Ming Wang / Dongjie Zhu / Zhenzhao Sun / Jun Ma / Jinglin Wang / Lingfei Kong / Shida Wang / Zaisi Liu / Lili Wei / Yuwen He / Jingfei Wang / Xinzheng Zhang / 要旨: Alphaviruses are enveloped RNA viruses that contain several human pathogens. Due to intrinsic heterogeneity of alphavirus particles, a high resolution structure of the virion is currently lacking. ...Alphaviruses are enveloped RNA viruses that contain several human pathogens. Due to intrinsic heterogeneity of alphavirus particles, a high resolution structure of the virion is currently lacking. Here we provide a 3.5 Å cryo-EM structure of Sindbis virus, using block based reconstruction method that overcomes the heterogeneity problem. Our structural analysis identifies a number of conserved residues that play pivotal roles in the virus life cycle. We identify a hydrophobic pocket in the subdomain D of E2 protein that is stabilized by an unknown pocket factor near the viral membrane. Residues in the pocket are conserved in different alphaviruses. The pocket strengthens the interactions of the E1/E2 heterodimer and may facilitate virus assembly. Our study provides structural insights into alphaviruses that may inform the design of drugs and vaccines. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6imm.cif.gz | 537.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6imm.ent.gz | 446.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6imm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6imm_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6imm_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6imm_validation.xml.gz | 83.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6imm_validation.cif.gz | 129.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/6imm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/6imm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
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| x 5
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| x 6
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47186.434 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Sindbis virus (シンドビスウイルス) 参照: UniProt: A0A3G2BZ29*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 43184.387 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Sindbis virus (シンドビスウイルス) 参照: UniProt: A0A3G2BZ29*PLUS #3: タンパク質 | 分子量: 7480.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Sindbis virus (シンドビスウイルス) 参照: UniProt: A0A3G2BZ29*PLUS #4: 化合物 | ChemComp-8K6 / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Sindbis virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#3 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Sindbis virus (シンドビスウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY |
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3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 29974 / 対称性のタイプ: POINT |