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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6iis | ||||||
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タイトル | Complex structure of the HRP3 PWWP domain with both a 16-bp TA-rich DNA and an H3K36me3-containing histone peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / growth factor (成長因子) / PWWP domain / Hepatoma-derived growth factor-related protein 3 / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of microtubule depolymerization / 微小管 / Chromatin modifying enzymes / epigenetic regulation of gene expression / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / tubulin binding / DNAメチル化 ...negative regulation of microtubule depolymerization / 微小管 / Chromatin modifying enzymes / epigenetic regulation of gene expression / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / tubulin binding / DNAメチル化 / Condensation of Prophase Chromosomes / HCMV Late Events / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / growth factor activity / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / HDMs demethylate histones / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / 遺伝的組換え / Pre-NOTCH Transcription and Translation / nucleosome assembly / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / neuron projection development / ヌクレオソーム / 遺伝子発現 / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / chromatin organization / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / microtubule binding / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / クロマチンリモデリング / cadherin binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / 核質 / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.358 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, Z. / Tian, W. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019 タイトル: Complex structure of the HRP3 PWWP domain with both a 16-bp TA-rich DNA and an H3K36me3-containing histone peptide 著者: Wang, Z. / Tian, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6iis.cif.gz | 122 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6iis.ent.gz | 92.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6iis.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/6iis ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/6iis | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6iipS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11578.261 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDGFL3, HDGF2, HDGFRP3, CGI-142 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y3E1 #2: DNA鎖 | 分子量: 4894.239 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 924.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68431*PLUS #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.44 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M HEPES, pH 7.5, and 25% w/v polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 9478 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.39 Å / Rmerge(I) obs: 0.533 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 481 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6IIP 解像度: 2.358→33.129 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 34.35
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.358→33.129 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 51.0367 Å / Origin y: -17.8991 Å / Origin z: 230.9349 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |