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- PDB-6ii4: Crystal structure of H7 hemagglutinin from A/Anhui/1/2013 in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ii4
タイトルCrystal structure of H7 hemagglutinin from A/Anhui/1/2013 in complex with a human neutralizing antibody L4A-14
要素
  • (Hemagglutininヘマグルチニン) x 2
  • Heavy chain of L4A-14 Fab
  • Light chain of L4A-14 Fab
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / H7 haemagglutinin / receptor binding site / neutralizing antibody (中和抗体) / protection in vivo
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / リボン / 抗体 / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ヘマグルチニン / ヘマグルチニン
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Jiang, H.H. / Shi, Y. / Qi, J. / Gao, G.F.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China81621091 中国
National Natural Science Foundation of China81622031 中国
Chinese Academy of SciencesXDB29010000 中国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019
タイトル: Structure-function analysis of neutralizing antibodies to H7N9 influenza from naturally infected humans.
著者: Huang, K.A. / Rijal, P. / Jiang, H. / Wang, B. / Schimanski, L. / Dong, T. / Liu, Y.M. / Chang, P. / Iqbal, M. / Wang, M.C. / Chen, Z. / Song, R. / Huang, C.C. / Yang, J.H. / Qi, J. / Lin, T. ...著者: Huang, K.A. / Rijal, P. / Jiang, H. / Wang, B. / Schimanski, L. / Dong, T. / Liu, Y.M. / Chang, P. / Iqbal, M. / Wang, M.C. / Chen, Z. / Song, R. / Huang, C.C. / Yang, J.H. / Qi, J. / Lin, T.Y. / Li, A. / Powell, T.J. / Jan, J.T. / Ma, C. / Gao, G.F. / Shi, Y. / Townsend, A.R.
履歴
登録2018年10月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月21日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 1.22018年12月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32019年2月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
E: Heavy chain of L4A-14 Fab
F: Light chain of L4A-14 Fab
H: Heavy chain of L4A-14 Fab
L: Light chain of L4A-14 Fab


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,8398
ポリマ－200,8398
非ポリマー00
水0
1
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
H: Heavy chain of L4A-14 Fab
L: Light chain of L4A-14 Fab

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
H: Heavy chain of L4A-14 Fab
L: Light chain of L4A-14 Fab

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
H: Heavy chain of L4A-14 Fab
L: Light chain of L4A-14 Fab


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)301,25912
ポリマ－301,25912
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-y+2,x-y,z1
crystal symmetry operation3_775-x+y+2,-x+2,z1
2
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
E: Heavy chain of L4A-14 Fab
F: Light chain of L4A-14 Fab

C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
E: Heavy chain of L4A-14 Fab
F: Light chain of L4A-14 Fab

C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
E: Heavy chain of L4A-14 Fab
F: Light chain of L4A-14 Fab


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)301,25912
ポリマ－301,25912
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_865-y+3,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_785-x+y+2,-x+3,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)127.484, 127.484, 429.649
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin / ヘマグルチニン / H7 Hemagglutinin


分子量: 34553.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A024CX39
#2: タンパク質 Hemagglutinin / ヘマグルチニン / H7 Hemagglutinin


分子量: 19273.064 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A0K1LUI9
#3: 抗体 Heavy chain of L4A-14 Fab


分子量: 23813.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#4: 抗体 Light chain of L4A-14 Fab


分子量: 22780.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.23 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7
詳細: 0.2M Ammonium citrate tribasic pH7.0, 20%, 30 w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 39511 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 78.7 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.055 / Rsym value: 0.123 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1-2575_1692: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 3.3→41.044 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.8
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2762 1981 5.02 %Cross-validaCross-validation methodtion method
Rwork0.2267 ---
obs0.2292 39479 99.77 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→41.044 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14016 0 0 0 14016
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00214334
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60719450
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3045252
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0412124
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042544
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2884-3.37060.32151530.29712629X-RAY DIFFRACTION99
3.3706-3.46170.31381380.27952670X-RAY DIFFRACTION100
3.4617-3.56350.31941360.27012708X-RAY DIFFRACTION100
3.5635-3.67840.28921500.25992672X-RAY DIFFRACTION100
3.6784-3.80980.27791580.2572645X-RAY DIFFRACTION100
3.8098-3.96220.32571510.24932703X-RAY DIFFRACTION100
3.9622-4.14240.27081250.23032696X-RAY DIFFRACTION100
4.1424-4.36050.28191440.20282664X-RAY DIFFRACTION100
4.3605-4.63340.23141400.19392677X-RAY DIFFRACTION100
4.6334-4.99060.23961360.19642683X-RAY DIFFRACTION100
4.9906-5.49170.24951540.20222707X-RAY DIFFRACTION100
5.4917-6.2840.30451440.23562676X-RAY DIFFRACTION100
6.284-7.90790.2831260.25062698X-RAY DIFFRACTION100
7.9079-41.04740.26531260.20722670X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.24360.0759-0.3891-0.13430.42244.34260.01570.02480.0343-0.0596-0.11220.0224-0.3775-0.6813-0.00020.4610.0529-0.00840.4729-0.0140.4846114.368288.9511-24.6138
2-0.0815-0.1265-0.50380.6944-0.45941.4104-0.03560.01690.0915-0.0551-0.05840.0772-0.721-0.4774-0.00860.4117-0.0367-0.01540.41720.09440.3443124.312185.977-73.8334
30.03260.1335-0.10710.46640.9632.4956-0.061-0.2147-0.21450.37620.0352-0.11070.09830.42850.0021.0090.0761-0.1040.76280.1240.6677134.3593128.298541.5443
4-0.233-0.22810.2742-0.7710.26920.32480.1561-0.3067-0.06090.25720.175-0.21760.69040.43130.00852.0302-0.1617-0.32892.03160.12780.7363136.9385138.167290.8222
52.32750.65260.12522.25580.90981.38530.0767-0.0434-0.31490.1224-0.03470.00530.64250.0057-00.7060.12560.05980.30830.02040.6456133.2084112.7294-8.4592
61.5473-0.2135-1.15240.66211.38052.6568-0.98260.53120.2777-2.05261.0345-0.72290.82441.48330.08431.9585-0.50090.28221.54130.02851.0778141.8854120.4601-47.5681
70.69240.84620.69661.71090.18511.6357-0.16690.2271-0.0017-0.0187-0.0139-0.3673-0.4580.489700.6041-0.02570.03520.60680.02370.9254142.4607133.2897-9.9162
80.1656-0.0326-0.3350.2637-0.49091.2114-1.2741.59230.648-1.29640.8927-0.0198-0.86790.72250.00211.5339-0.5023-0.16921.33530.26881.4208135.4096133.1259-39.6554
92.0617-0.04260.11521.76510.01591.644-0.1110.40010.0528-0.14180.52870.21990.9277-2.08590.06410.09880.72910.09070.6034-0.10240.4987100.849696.421225.309
101.44710.2343-1.23540.7001-0.50960.9504-0.04-1.61760.34650.52130.3206-0.0403-1.86940.19050.00681.26520.1823-0.01931.7815-0.30510.8994112.4495100.380364.2384
111.2908-0.1548-0.61740.8397-0.71192.6001-0.0706-0.10010.0850.0691-0.1734-0.2759-0.60240.3084-00.44690.0296-0.03420.2846-0.02410.5318123.41193.489727.0861
120.7892-0.21370.64690.29880.29151.64150.2187-1.6359-0.57570.3679-0.7218-0.4801-0.77550.6748-0.01220.7734-0.02970.0041.06390.28561.1712119.5687.819256.7428
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 317)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 5 through 170 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 1 through 317 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 5 through 170 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resid 1 through 119 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'E' and (resid 120 through 225 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'F' and (resid 1 through 117 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'F' and (resid 118 through 212 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 1 through 119 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 120 through 225 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'L' and (resid 1 through 119 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 120 through 212 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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