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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6idz | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of H7 hemagglutinin mutant H7-SVTQ ( A138S, P221T, L226Q) with 3'SLN | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / influenza virus (オルトミクソウイルス科) / H7N9 (H7N9亜型) / Hemagglutinin (ヘマグルチニン) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.707 Å | |||||||||
データ登録者 | Gao, G.F. / Xu, Y. / Qi, J.X. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019 タイトル: Avian-to-Human Receptor-Binding Adaptation of Avian H7N9 Influenza Virus Hemagglutinin. 著者: Xu, Y. / Peng, R. / Zhang, W. / Qi, J. / Song, H. / Liu, S. / Wang, H. / Wang, M. / Xiao, H. / Fu, L. / Fan, Z. / Bi, Y. / Yan, J. / Shi, Y. / Gao, G.F. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6idz.cif.gz | 215 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6idz.ent.gz | 169 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6idz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/6idz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/6idz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6icwC 6icxC 6icyC 6id2C 6id3C 6id5C 6id8C 6id9C 6idaC 6idbC 6iddC 4kolS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35028.520 Da / 分子数: 1 / 変異: A128S,P212T,L217Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: R4NN21 | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 20442.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: R4NN21 | ||||||
#3: 多糖 | N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / 3'-sialyl-N-acetyllactosamine | ||||||
#4: 糖 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | 配列の詳細 | Sequence reference R4NN21_9INFA was used according to author's suggestion. Author stated ...Sequence reference R4NN21_9INFA was used according to author's suggestion. Author stated hemagglutinin used in this studay, which was derived from AH1-H7N9 virus, was identical with R4NN21_9INFA. | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.23 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% w/v SOKALAN PA 25 CL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1.03907 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03907 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 21278 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.174 / Net I/σ(I): 12.85 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 1.441 / Num. unique obs: 483 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4KOL 解像度: 2.707→49.379 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.1 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.707→49.379 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 11.247 Å / Origin y: 12.0052 Å / Origin z: 56.6788 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |