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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6iag | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human phosphodiesterase 4D2 catalytic domain with inhibitor NPD-637 | ||||||
要素 | cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / phosphodiesterase (ホスホジエステラーゼ) / cAMP hydrolysis / alternative splicing (選択的スプライシング) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 signaling receptor regulator activity / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of heart contraction / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / regulation of cardiac muscle cell contraction / establishment of endothelial barrier / negative regulation of cAMP-mediated signaling / beta-2 adrenergic receptor binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel ...signaling receptor regulator activity / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of heart contraction / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / regulation of cardiac muscle cell contraction / establishment of endothelial barrier / negative regulation of cAMP-mediated signaling / beta-2 adrenergic receptor binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / positive regulation of heart rate / heterocyclic compound binding / adrenergic receptor signaling pathway / voltage-gated calcium channel complex / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / cAMP catabolic process / calcium channel regulator activity / cAMP-mediated signaling / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / DARPP-32 events / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / cAMP binding / cellular response to cAMP / cellular response to epinephrine stimulus / calcium channel complex / positive regulation of interleukin-2 production / regulation of heart rate / positive regulation of type II interferon production / ATPase binding / T cell receptor signaling pathway / G alpha (s) signalling events / scaffold protein binding / transmembrane transporter binding / apical plasma membrane / 中心体 / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / シグナル伝達 / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Singh, A.K. / Brown, D.G. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: hPDE4D2 structure with inhibitor NPD-637 著者: Singh, A.K. / Brown, D.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6iag.cif.gz | 299 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6iag.ent.gz | 240.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6iag.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/6iag ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/6iag | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 41808.242 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residues 381-740 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE4D, DPDE3 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): codon plus / 参照: UniProt: Q08499, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase |
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-非ポリマー , 7種, 708分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | ChemComp-E3Q / #6: 化合物 | ChemComp-EPE / #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.26 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 24% PEG 3350, 30% Ethylene Glycol, 0.1 M HEPES pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91587 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→90.93 Å / Num. obs: 119392 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.129 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.763 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 8718 / CC1/2: 0.564 / Rpim(I) all: 0.321 / Rrim(I) all: 0.829 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2→84.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 5.023 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.162 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.584 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2→84.5 Å
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拘束条件 |
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