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万見
- PDB-6hvn: CdaA-APO Y187A Mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hvn
タイトルCdaA-APO Y187A Mutant
要素Diadenylate cyclase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / di-adenylate cyclase / second messenger (セカンドメッセンジャー) / complex / c-di-AMP / AMP
機能・相同性
機能・相同性情報


diadenylate cyclase activity / diadenylate cyclase / : / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / ATP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
YojJ-like (1 / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal domain / Diadenylate cyclase CdaA, N-terminal domain / CdaA N-terminal transmembrane domain / Diadenylate cyclase CdaA / Diadenylate cyclase / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal domain superfamily / DisA bacterial checkpoint controller nucleotide-binding / Diadenylate cyclase (DAC) domain profile. ...YojJ-like (1 / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal domain / Diadenylate cyclase CdaA, N-terminal domain / CdaA N-terminal transmembrane domain / Diadenylate cyclase CdaA / Diadenylate cyclase / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal domain superfamily / DisA bacterial checkpoint controller nucleotide-binding / Diadenylate cyclase (DAC) domain profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
スクロース / Diadenylate cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes serovar 1/2a (リステリア・モノサイトゲネス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.234 Å
データ登録者Heidemann, J.L. / Neumann, P. / Ficner, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
ドイツ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of the c-di-AMP-synthesizing enzyme CdaA.
著者: Heidemann, J.L. / Neumann, P. / Dickmanns, A. / Ficner, R.
履歴
登録2018年10月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diadenylate cyclase
B: Diadenylate cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,18011
ポリマ－38,5542
非ポリマー6269
水2,738152
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area17120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.490, 65.130, 131.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 5 and (name N or name...
21chain B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and ((resid 5 and (name N or name...A5
121(chain A and ((resid 5 and (name N or name...A-4 - 170
131(chain A and ((resid 5 and (name N or name...A-4 - 170
141(chain A and ((resid 5 and (name N or name...A-4 - 170
151(chain A and ((resid 5 and (name N or name...A-4 - 170
211chain BB5 - 164

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要素

#1: タンパク質 Diadenylate cyclase / / DAC / Cyclic-di-AMP synthase / c-di-AMP synthase / Diadenylate cyclase CdaA


分子量: 19277.006 Da / 分子数: 2 / 変異: Y187A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes serovar 1/2a (strain ATCC BAA-679 / EGD-e) (リステリア・モノサイトゲネス)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 遺伝子: dacA, cdaA, lmo2120 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Y5E4, diadenylate cyclase
#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose / スクロース


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Oligosaccharideオリゴ糖
クラス: 栄養素栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: スクロース
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.3 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 4.0 M NaCl, 0.1 M Na-HEPES / PH範囲: 7.5-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 180 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→37.942 Å / Num. obs: 19512 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 5.845 % / Biso Wilson estimate: 41.056 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 0.984 / Net I/σ(I): 15.66 / Num. measured all: 114046
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.23-2.334.1570.522.87960241519150.8050.58679.3
2.33-2.435.4310.4444.0910954204320170.9120.4998.7
2.43-2.635.5420.3155.9117557319531680.9480.34899.2
2.63-86.290.06921.277484411911118980.9980.07599.9
8-145.4750.03339.8322234064060.9990.036100
14-175.3330.02941.1125648480.9990.032100
17-504.20.02533.41252636010.02895.2
37.942-504

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.234→37.942 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2258 974 5 %RANDOM
Rwork0.1837 18488 --
obs0.1859 19462 97.18 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 119.43 Å2 / Biso mean: 39.6268 Å2 / Biso min: 15.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.234→37.942 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2542 0 31 152 2725
Biso mean--74.14 44.58 -
残基数----334
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1448X-RAY DIFFRACTION16.668TORSIONAL
12B1448X-RAY DIFFRACTION16.668TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.234-2.35180.3011160.24522175229182
2.3518-2.49910.30011380.24432637277599
2.4991-2.6920.30241410.229326612802100
2.692-2.96280.2661410.206426922833100
2.9628-3.39130.27041420.193926942836100
3.3913-4.27180.18361450.147527512896100
4.2718-37.94770.17351510.163928783029100
精密化 TLS

S33: -0 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.15760.0604-0.15530.85530.05580.57910.02160.0266-0.0417-0.0232-0.0128-0.0336-0.0529-0.04250.19160.0057-0.01070.20780.01020.1981-24.26912.8121-12.0882
20.3462-0.3459-0.13040.61910.09440.3880.0079-0.0460.0228-0.03370.022-0.00580.0048-0.03010.2021-0.0107-0.00710.19940.00850.2009-17.4484-27.8558-17.0366
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA-4 - 170
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB5 - 164

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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