PDB-6hr9: Nitrocefin acylation of both catalytic serines of the Y409 mutant...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hr9

タイトル

Nitrocefin acylation of both catalytic serines of the Y409 mutant of penicillin-binding protein 3 from P. aeruginosa

要素

Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI

キーワード

PENICILLIN-BINDING PROTEIN / peptidoglycan / HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / FtsZ-dependent cytokinesis / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / division septum assembly / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Bellini, D. / Dowson, C.G.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Nitrocefin acylation of both catalytic serines of penicillin-binding protein 3 from P. aeruginosa
著者: Bellini, D. / Dowson, C.G.

履歴

登録	2018年9月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2021年8月25日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / database_2 / database_PDB_caveat / diffrn / pdbx_audit_support / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / software / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_method_to_determine_struct / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.pdbx_starting_model / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_all / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _reflns_shell.number_unique_obs / _reflns_shell.pdbx_CC_half / _software.version / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_sheet.number_strands 解説: Model completeness / 詳細: a few extra waters were added / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 3.0	2022年7月20日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / entity / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_sheet_range Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.pdbx_synonyms / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_mutation / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.dev_ideal_target / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _software.version / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id 解説: Chirality error / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 3.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hr9.cif.gz	116.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hr9.ent.gz	84.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hr9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6hr9_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6hr9_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6hr9_validation.xml.gz	21 KB	表示
CIF形式データ	6hr9_validation.cif.gz	29.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/6hr9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/6hr9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3pboS 6hr6 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ocl-d 6hr4-d 6hzr-d 4wek-d 6y6z-d 4wej-d 6g9p-d 6y6u-d 3ocn-d 6un3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI

ヘテロ分子

58.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.042, 83.261, 88.733
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI / Penicillin-binding protein 3 / PBP-3 分子量: 57780.789 Da / 分子数: 1 / 変異: Y409 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: ftsI, pbpB, PA4418 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: G3XD46, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 化合物	ChemComp-NEF / Nitrocefin - open form / (2R)-5-[(E)-2-(2,4-dinitrophenyl)ethenyl]-2-[(1R)-2-oxidanyl-2-oxidanylidene-1-(2-thiophen-2-ylethanoylamino)ethyl]-3,6-dihydro-2H-1,3-thiazine-4-carboxylic acid 分子量: 534.519 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₁₈N₄O₉S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.37 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 25%(w/v) polyethylene glycol 3350, 0.1M Bis-Tris propane, 1%(w/v) protamine sulphate, pH 7.8.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→60.75 Å / Num. obs: 35268 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.4 % / B_iso Wilson estimate: 46.48 Å² / R_rim(I) all: 0.135 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 1.99→2.03 Å / Num. unique obs: 35268 / CC_1/2: 0.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3PBO

3pbo

解像度: 1.99→60.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 6.577 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2805	1683	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2219	-	-	-
obs	0.2248	32694	97.53 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 138.48 Å² / B_iso mean: 40.911 Å² / B_iso min: 16.21 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.94 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.99→60.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3728	0	70	102	3900
B_iso mean	-	-	70.87	38.34	-
残基数	-	-	-	-	491

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	3873
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3683
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.554	1.648	5260
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.256	1.574	8510
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.016	5	487
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.224	20.704	199
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.679	15	632
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.633	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	502
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4399
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	803

LS精密化シェル

解像度: 1.99→2.042 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.412	120	-
R_work	0.393	2239	-
all	-	2359	-
obs	-	-	92.44 %

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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