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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6hpj | ||||||
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タイトル | Structure of human SRSF1 RRM1 bound to AACAAA RNA | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / splicing / SR protein (SRタンパク質) / SRSF1 / RRM / spinal muscular atrophy (脊髄性筋萎縮症) / SMA / RNA (リボ核酸) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA topoisomerase binding / protein kinase B binding / alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA splice site recognition / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA Polymerase II Transcription Termination / IgG binding / mRNA Splicing - Minor Pathway / oligodendrocyte differentiation ...DNA topoisomerase binding / protein kinase B binding / alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA splice site recognition / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA Polymerase II Transcription Termination / IgG binding / mRNA Splicing - Minor Pathway / oligodendrocyte differentiation / regulation of RNA splicing / mRNA 5'-splice site recognition / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA transport / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / positive regulation of RNA splicing / liver regeneration / 転写後修飾 / mRNA splicing, via spliceosome / nuclear speck / mRNA binding / RNA binding / extracellular region / 核質 / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptococcus sp. group G (バクテリア) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Allain, F.T.H. / Clery, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structure of SRSF1 RRM1 bound to RNA reveals an unexpected bimodal mode of interaction and explains its involvement in SMN1 exon7 splicing. 著者: Clery, A. / Krepl, M. / Nguyen, C.K.X. / Moursy, A. / Jorjani, H. / Katsantoni, M. / Okoniewski, M. / Mittal, N. / Zavolan, M. / Sponer, J. / Allain, F.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6hpj.cif.gz | 597.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6hpj.ent.gz | 495.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6hpj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/6hpj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/6hpj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 17956.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: GB1 tag followed by 6His tag and SRSF1 RRM1 from amino acid 1 to 97,GB1 tag followed by 6His tag and SRSF1 RRM1 from amino acid 1 to 97 由来: (組換発現) Streptococcus sp. group G (バクテリア), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: spg, SRSF1, ASF, SF2, SF2P33, SFRS1, OK/SW-cl.3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19909, UniProt: Q07955 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 1906.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA molecule / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | 詳細: 20mM NaHPO4 pH7, 50mM Arg, 50mM Glu, 0.05% beta-mercaptoethanol イオン強度: 120 mM / Label: sample / pH: 7 Not defined / 圧: atmospheric atm / 温度: 313 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |