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- PDB-6hmy: Cholera toxin classical B-pentamer in complex with fucosyl-GM1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hmy
タイトルCholera toxin classical B-pentamer in complex with fucosyl-GM1
要素Cholera enterotoxin B-subunit
キーワードTOXIN (毒素) / cholera toxin (コレラ毒素) / lectin (レクチン) / complex / fucosyl-GM1 / protein-carbohydrate interactions / X-ray crystal structure (X線回折)
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell surface binding / galactose binding / catalytic complex / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / toxin activity / ペリプラズム / host cell plasma membrane / extracellular region / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Heat-labile enterotoxin, B chain / Heat-labile enterotoxin beta chain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / エンテロトキシン / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-L-fucopyranose / Cholera enterotoxin subunit B / Cholera enterotoxin B-subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Krengel, U. / Heim, J.B.
資金援助 ノルウェー, 1件
組織認可番号国
Research Council of Norway247730 ノルウェー
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of cholera toxin in complex with fucosylated receptors point to importance of secondary binding site.
著者: Heim, J.B. / Hodnik, V. / Heggelund, J.E. / Anderluh, G. / Krengel, U.
履歴
登録2018年9月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.type / _citation.country ..._chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / refine_hist / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cholera enterotoxin B-subunit
B: Cholera enterotoxin B-subunit
C: Cholera enterotoxin B-subunit
D: Cholera enterotoxin B-subunit
E: Cholera enterotoxin B-subunit
F: Cholera enterotoxin B-subunit
G: Cholera enterotoxin B-subunit
H: Cholera enterotoxin B-subunit
I: Cholera enterotoxin B-subunit
J: Cholera enterotoxin B-subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,04442
ポリマ－116,23310
非ポリマー13,81132
水14,358797
1
A: Cholera enterotoxin B-subunit
B: Cholera enterotoxin B-subunit
C: Cholera enterotoxin B-subunit
D: Cholera enterotoxin B-subunit
E: Cholera enterotoxin B-subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,87430
ポリマ－58,1165
非ポリマー7,75825
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: Cholera enterotoxin B-subunit
G: Cholera enterotoxin B-subunit
H: Cholera enterotoxin B-subunit
I: Cholera enterotoxin B-subunit
J: Cholera enterotoxin B-subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,17012
ポリマ－58,1165
非ポリマー6,0537
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)148.626, 74.137, 111.245
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.59, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 10分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質
Cholera enterotoxin B-subunit / Cholera enterotoxin subunit B / Cholera toxin B protein (CTB) / Cholera toxin B subunit / Cholera ...Cholera enterotoxin subunit B / Cholera toxin B protein (CTB) / Cholera toxin B subunit / Cholera toxin beta subunit / Cholera toxin subunit B / Cholerae toxin B subunit / CtxB


分子量: 11623.267 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌)
遺伝子: ctxB, C9J66_18955, EN12_07055, ERS013165_03981, ERS013197_06217, ERS013202_03762, ERS013206_03003
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57193, UniProt: P01556*PLUS

-
糖 , 4種, 12分子

#2: 多糖
alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose- ...alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)]beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1145.026 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-2DGalpb1-3DGalpNAcb1-4[DNeup5Aca2-3]DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,6,5/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-3-4-2-5/a4-b1_b3-c2_b4-d1_d3-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}[(4+1)][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose- ...alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)]beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1145.026 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-2DGalpb1-3DGalpNAcb1-4[DNeup5Aca2-3]DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,6,5/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-3-4-2-5/a4-b1_b3-c2_b4-d1_d3-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}[(4+1)][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose- ...alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)]beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1145.026 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-2DGalpb1-3DGalpNAcb1-4[DNeup5Aca2-3]DGalpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,6,5/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-3-4-2-5/a4-b1_b3-c2_b4-d1_d3-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}[(4+1)][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス / フコース


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 817分子

#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物
ChemComp-BCN / BICINE / N,N-ビス(2-ヒドロキシエチル)グリシン / ビシン


分子量: 163.172 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4 / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 797 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.56 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7
詳細: 0.1 M Bicine-Tris, 6% PEG1000, 6% PEG3350, 6% MPD, 0.03 M calcium chloride, 0.03 M magnesium chloride.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.980802 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.980802 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→44.32 Å / Num. obs: 150674 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 2.6 % / Rrim(I) all: 0.176 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / CC1/2: 0.449 / Rrim(I) all: 0.964

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ELB

5elb


解像度: 1.6→44.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 4.397 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21414 7592 5 %RANDOM
Rwork0.18364 ---
obs0.18517 143082 98.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.369 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20.23 Å2
2--0.67 Å20 Å2
3----0.68 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.6→44.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8140 0 922 797 9859
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.01410379
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0179317
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8311.71414305
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9981.65522260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg13.3035.2061211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.83623.437451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.486151729
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8721531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.21820
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0210843
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021585
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4810.5684375
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.480.5684374
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8120.8475529
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.8120.8475530
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.660.676004
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.660.676004
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.050.9798719
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.8628.03210687
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.8628.03310688
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 566 -
Rwork0.305 10508 -
obs--98.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.30070.1491-0.43550.9624-0.12531.69840.022-0.12490.08520.13220.00020.0138-0.06920.0066-0.02230.0771-0.0009-0.00480.0166-0.02330.073-40.054-5.706448.181
20.7467-0.00870.06361.5425-0.22431.1583-0.0119-0.131-0.04920.117-0.00540.00120.05870.00760.01730.0782-0.00120.00490.03020.00070.0387-42.9509-28.030950.8955
31.7654-0.0966-0.41190.94250.11350.9841-0.0368-0.034-0.1338-0.0008-0.0098-0.08740.12870.08650.04660.08590.0094-0.00720.00960.01510.0749-29.1695-38.687336.4718
41.6540.2553-0.06681.2957-0.04960.72750.00410.0248-0.0138-0.02640.021-0.0837-0.00780.0753-0.02510.05440.0127-0.0040.0127-0.00920.0427-17.8835-22.864224.7738
51.26650.0399-0.02061.32940.36791.25340.0147-0.07280.15630.02690.0036-0.0239-0.12930.0376-0.01830.0614-0.01270.00040.0076-0.0020.0695-24.5239-2.494631.9928
61.08-0.45270.4191.5095-0.24790.7844-0.0047-0.08210.04030.02950.01310.0121-0.0341-0.0581-0.00830.0364-0.00510.00180.02190.00670.0376-70.2629-8.864423.3174
70.9697-0.04280.02510.6449-0.37241.51490.01010.05620.0784-0.03910.002-0.0377-0.06320.0403-0.01210.04970.0021-0.00770.00520.00470.0651-55.6854-0.79597.9455
80.9441-0.21320.11541.37810.47921.1590.02510.1313-0.0695-0.1105-0.0292-0.02010.02630.06060.00410.06820.0112-0.00430.04940.00090.047-45.4605-18.2219-2.2896
91.27850.2945-0.09831.0936-0.09231.20550.02330.1031-0.1631-0.0581-0.02450.06940.1345-0.05610.00120.08180.0135-0.01880.0335-0.03420.0859-54.1326-37.29456.4622
102.3339-0.1043-0.19870.45950.13860.53020.0268-0.0241-0.09920.04940.02450.05030.0531-0.0472-0.05140.0816-0.0198-0.02530.01220.01910.072-69.3306-31.565522.3637
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 201
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 301
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 301
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 301
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 301
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 401
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 301
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 301
9X-RAY DIFFRACTION9I1 - 301
10X-RAY DIFFRACTION10J1 - 401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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