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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6hmw | ||||||
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タイトル | Cholera toxin classical B-pentamer in complex with fucose | ||||||
要素 | Cholera enterotoxin B-subunit | ||||||
キーワード | TOXIN (毒素) / cholera toxin (コレラ毒素) / lectin (レクチン) / complex / fucose (フコース) / protein-carbohydrate interactions / X-ray crystal structure (X線回折) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell surface binding / galactose binding / catalytic complex / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / toxin activity / ペリプラズム / host cell plasma membrane / extracellular region / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Vibrio cholerae (コレラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Krengel, U. / Heim, J.B. | ||||||
資金援助 | ノルウェー, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019 タイトル: Crystal structures of cholera toxin in complex with fucosylated receptors point to importance of secondary binding site. 著者: Heim, J.B. / Hodnik, V. / Heggelund, J.E. / Anderluh, G. / Krengel, U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6hmw.cif.gz | 423.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6hmw.ent.gz | 351.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6hmw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/6hmw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/6hmw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11623.267 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) 遺伝子: ctxB, C9J66_18955, EN12_07055, ERS013165_03981, ERS013197_06217, ERS013202_03762, ERS013206_03003 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57193, UniProt: P01556*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-BCN / #4: 糖 | ChemComp-FUL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.73 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7 詳細: 0.1 M Bicine-Tris, 10% PEG1000, 10% PEG3350, 10% MPD, 0.03 M calcium chloride, 0.03 M magnesium chloride. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.979531 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979531 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→47.42 Å / Num. all: 184186 / Num. obs: 67464 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 2.7 % / Rrim(I) all: 0.149 / Net I/σ(I): 6.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / Num. unique obs: 4577 / CC1/2: 0.41 / Rrim(I) all: 1.251 / % possible all: 98.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5ELB 解像度: 1.95→47.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 11.253 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.176 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.418 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.95→47.42 Å
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拘束条件 |
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