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- PDB-6h8o: Crystal structure of the Master-Rep protein nuclease domain from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h8o
タイトルCrystal structure of the Master-Rep protein nuclease domain from the Faba Bean Necrotic Yellows Virus
要素Replication-associated protein
キーワードREPLICATION / endonuclease / Faba Bean Necrotic Yellows Virus / Rep protein / DNA replication
機能・相同性
機能・相同性情報


: / endodeoxyribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / nucleotidyltransferase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / DNA replication / endonuclease activity / RNA helicase activity / host cell nucleus ...: / endodeoxyribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / nucleotidyltransferase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / DNA replication / endonuclease activity / RNA helicase activity / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Viral replication-associated protein, N-terminal / Putative viral replication protein / : / CRESS-DNA virus replication initiator protein (Rep) endonuclease domain profile. / Replication Protein E1; Chain: A, - #20 / Replication Protein E1; Chain: A, / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Replication-associated protein / Master replication protein
類似検索 - 構成要素
生物種Faba bean necrotic yellows virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Moncalian, G. / Gonzalez-Montes, L.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2014-55534-C2-2-P スペイン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the Master-Rep protein nuclease domain from the Faba Bean Necrotic Yellows Virus
著者: Moncalian, G. / Gonzalez-Montes, L.
履歴
登録2018年8月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年10月3日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / pdbx_nonpoly_scheme ...atom_site / pdbx_nonpoly_scheme / refine / refine_ls_shell / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _refine_ls_shell.pdbx_refine_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Replication-associated protein
B: Replication-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,67810
ポリマ－21,9092
非ポリマー7698
水5,224290
1
A: Replication-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2434
ポリマ－10,9551
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Replication-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4356
ポリマ－10,9551
非ポリマー4805
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.230, 94.230, 45.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Replication-associated protein


分子量: 10954.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Faba bean necrotic yellows virus (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D0XNJ4, UniProt: O39828*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.9 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1 M Sodium citrate tribasis dihydrate pH5.6, 2.0 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.99989 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99989 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→47.115 Å / Num. obs: 81485 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 15.4 % / Biso Wilson estimate: 11.36 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 1.15→1.21 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique obs: 11361 / CC1/2: 0.944 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
MOSFLM7.2.2データ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: I3C

解像度: 1.15→47.115 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.179 4125 -
Rwork0.1661 --
obs0.128 81452 99.32 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→47.115 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1534 0 40 290 1864
LS精密化 シェル解像度: 1.15→1.191 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.2052 -
Rwork0.2005 -
obs-7633

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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