PDB-6h1d: Crystal structure of C21orf127-TRMT112 in complex with SAH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h1d

タイトル

Crystal structure of C21orf127-TRMT112 in complex with SAH

要素

HemK methyltransferase family member 2
Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein

キーワード

GENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / protein methyltransferase /

histone methylation /

complex / SAH

機能・相同性

機能・相同性情報

arsonoacetate metabolic process /

methylarsonite methyltransferase activity / histone H4K12 methyltransferase activity / eRF1 methyltransferase complex / protein-glutamine N-methyltransferase activity / peptidyl-glutamine methylation / rRNA (guanine-N7)-methylation / tRNA methyltransferase activator activity / toxin metabolic process /

site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Wang, S. / Hermann, B. / Metzger, E. / Peng, L. / Einsle, O. / Schuele, R.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: KMT9 monomethylates histone H4 lysine 12 and controls proliferation of prostate cancer cells.
著者: Metzger, E. / Wang, S. / Urban, S. / Willmann, D. / Schmidt, A. / Offermann, A. / Allen, A. / Sum, M. / Obier, N. / Cottard, F. / Ulferts, S. / Preca, B.T. / Hermann, B. / Maurer, J. / ...

履歴

登録	2018年7月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h1d.cif.gz	169.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h1d.ent.gz	110.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h1d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/6h1d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/6h1d	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6h1eC 3q87S 4qttS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6k0x-d 4ej0-5 3qdl-2 2qys-2 2wzx-d 6dy2-1 3bkz-d 3wnx-d 6t9m-d 4a94-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HemK methyltransferase family member 2

B: Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein

ヘテロ分子

37 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.841, 71.841, 131.113
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2
Space group name Hall	P4n2n
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/2 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/2 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-202- HOH

#1: タンパク質	HemK methyltransferase family member 2 / M.HsaHemK2P / N(6)-adenine-specific DNA methyltransferase 1 分子量: 22344.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: N6AMT1, C21orf127, HEMK2, PRED28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9Y5N5, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: タンパク質	Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein / tRNA methyltransferase 112 homolog 分子量: 14272.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRMT112, AD-001, HSPC152, HSPC170 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UI30
#3: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 1.1-1.3 M sodium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.281 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.281 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→65.58 Å / Num. obs: 26240 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 24.8 % / B_iso Wilson estimate: 23.68 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.178 / R_pim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 16.42
反射シェル	解像度: 1.94→2.01 Å / 冗長度: 24.2 % / R_merge(I) obs: 0.903 / Mean I/σ(I) obs: 3.49 / CC_1/2: 0.643 / R_pim(I) all: 0.186 / % possible all: 99.88

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3Q87, 4QTT

3q87

4qtt

解像度: 1.94→65.56 Å / SU ML: 0.2256 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.51 / 位相誤差: 20.0858

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2374	1282	4.9 %
R_work	0.1868	-	-
obs	0.1891	26185	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→65.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2481	0	26	48	2555

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2589
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9145	3523
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0559	405
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0063	456
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.8624	2167

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.94-2.02	0.2717	124	0.262	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.11	0.303	162	0.2308	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.22	0.2176	133	0.2056	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.36	0.2709	133	0.198	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.54	0.2664	140	0.193	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.8	0.2505	147	0.2002	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-3.2	0.2538	144	0.2032	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-4.04	0.2204	145	0.1691	2822	X-RAY DIFFRACTION	100
4.04-65.59	0.2022	154	0.1541	2978	X-RAY DIFFRACTION	99.94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0108057862105	-0.0106876951524	0.0326959181165	0.457343435383	-0.0628395254279	0.255348657824	-0.149929636526	0.298451919539	-0.156829971468	-0.070222110896	-0.0900468099264	-0.544400644175	0.0377597011344	0.488491148069	-0.00429634205169	0.173180992827	0.0248607223316	-0.00293665284214	0.434159627757	0.00601924278202	0.257173998168	-3.2821336645	-10.1804706456	-21.2913900334
2	0.244920350476	0.177626626007	-0.0602778759416	0.149645132247	-0.0859873019369	0.132827220644	0.0853133716806	0.239771373297	-0.083453287261	-0.382230946187	-0.0272001740205	-0.147525610987	0.030751575879	0.308826351553	0.0477343321307	0.253929399694	-0.0210311203156	0.026125499093	0.41831861124	-0.0478094970922	-0.0324286775083	-16.9335348347	-7.61740728913	-32.4190035352
3	0.101267735063	0.0640857031697	0.0655175128045	0.110578577838	0.00564302549284	0.0614122667299	0.000426607641342	0.146883431036	0.0180698757081	-0.0671243601911	-0.074955761711	-0.0327049963871	0.0104008013926	0.0696343412465	-0.000322545101266	0.089109553849	-0.0065404858228	0.000204678979271	0.125989725094	0.0144447045241	0.0646393833431	-17.9058648949	-3.16575011412	-20.6984899193
4	0.0599445305111	0.157829209079	0.103184725218	0.49611827406	0.382909980167	0.359275847719	-0.0242833596515	-0.0306059513852	0.185181780332	0.115702834929	0.152963869044	-0.561423576004	0.103206928983	0.336253132954	0.0597212199262	0.125011702249	-0.0460202566203	0.00409559184951	0.227657292234	-0.0199987671077	0.233132296072	-7.00662291702	-4.96424495536	-14.7099995515
5	0.0947733449305	-0.0656674708355	0.0465666965918	0.0589710648652	0.0285357356989	0.195410001348	0.065724125849	0.0948749217529	0.207890256198	0.06557598363	0.115489264667	0.0181548224269	-0.0740879018626	-0.060713760972	0.000643795943304	0.15987192294	-0.0356009827812	0.0289522403415	0.135133532674	0.0109038702949	0.159943722084	-16.2457252819	-5.4777464426	-13.6255189706
6	0.265568480644	0.297959618267	-0.191021277063	0.517395998384	-0.384788291028	0.884896099078	0.187097261296	0.128209377668	-0.12143330714	-0.234848967048	-0.0915364358262	0.189386324347	0.0610548401667	-0.113108816024	0.830859859833	0.138014041575	-0.0210756494474	-0.0370896885225	0.128540251232	-0.0244907153405	0.125037826	-24.127334067	-12.3412118029	-18.3885457346
7	0.0299651769958	-0.0715236145417	-0.0279028853231	0.198001857739	-0.0042950635315	0.0934214193266	-0.0388561815151	0.0848186180153	-0.115436881432	-0.056074756578	0.0170213196808	0.129482522778	0.257423395168	0.0756667531414	-0.000407111401592	0.265572093843	0.0202579840218	-0.00699336559669	0.217388359185	-0.058197437665	0.180943356805	-15.0809545579	-26.132992187	-17.7869958981
8	0.45725276652	0.181675800369	0.196719050022	0.132180021387	-0.0596717218822	0.355585254115	0.101309655358	0.160301436187	-0.041631546429	-0.0397472480598	-0.0419953422434	0.160911647041	0.0937886345397	-0.143779202687	0.00297217759955	0.186825945317	-0.0171204533022	-0.032122994066	0.17762951121	-0.0313570933832	0.202481833994	-26.7372490889	-16.0284428384	-23.3562633018
9	0.0776560763974	0.088661412695	-0.137354448281	0.102635795381	-0.15674077827	0.240380655582	0.0938935997403	-0.0918312874133	-0.296363646652	-0.255656017103	-0.203888716189	0.325231734359	0.448876766168	-0.188595458365	-0.0253227592132	0.285960120045	-0.0475356528749	-0.0854603681665	0.302072328065	-0.0503955065666	0.242048347061	-32.8290855111	-20.9298542768	-28.9153170315
10	0.408111936323	-0.312514168623	0.280411204747	0.475584457792	-0.0570992045574	0.297711525802	0.0481207812	0.103023842675	-0.0572252412842	-0.380956328949	0.029249737988	0.118316646669	-0.0285969312607	0.0350840923526	0.351058811	0.323230622407	0.0429564028426	-0.0320959744722	0.298050560642	-0.155770778546	0.0923116479241	-23.9244146564	-15.3237743908	-34.981943611
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 26 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 43 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 44 through 79 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 80 through 92 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 93 through 106 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 107 through 129 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 130 through 149 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 150 through 178 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 179 through 189 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 190 through 201 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 202 through 213 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 2 through 9 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 10 through 24 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 25 through 33 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 34 through 39 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 40 through 49 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 50 through 61 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 62 through 74 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 75 through 90 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 91 through 100 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 101 through 110 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 111 through 119 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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