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- PDB-6gvn: Tubulin:TM-3 DARPin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gvn
タイトルTubulin:TM-3 DARPin complex
要素
  • TM-3 DARPIN
  • Tubulin alpha chain
  • Tubulin beta chain
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / microtubule (微小管) / DARPIN
機能・相同性
機能・相同性情報


axonemal microtubule / organelle transport along microtubule / glial cell differentiation / forebrain morphogenesis / neuron projection arborization / cerebellar cortex morphogenesis / dentate gyrus development / pyramidal neuron differentiation / centrosome cycle / motor behavior ...axonemal microtubule / organelle transport along microtubule / glial cell differentiation / forebrain morphogenesis / neuron projection arborization / cerebellar cortex morphogenesis / dentate gyrus development / pyramidal neuron differentiation / centrosome cycle / motor behavior / response to L-glutamate / smoothened signaling pathway / regulation of synapse organization / locomotory exploration behavior / startle response / 微小管 / response to tumor necrosis factor / microtubule-based process / response to mechanical stimulus / homeostasis of number of cells within a tissue / condensed chromosome / cellular response to calcium ion / adult locomotory behavior / synapse organization / intracellular protein transport / neuron migration / neuromuscular junction / visual learning / structural constituent of cytoskeleton / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cerebral cortex development / 記憶 / recycling endosome / 遺伝子発現 / neuron apoptotic process / 微小管 / hydrolase activity / protein heterodimerization activity / GTPase activity / protein-containing complex binding / GTP binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Ankyrin repeat-containing domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / チューブリン ...Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Ankyrin repeat-containing domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / チューブリン / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Αソレノイド / Helix Hairpins / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
グアノシン三リン酸 / Tubulin beta chain / Tubulin alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Ovis aries (ヒツジ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Gigant, B. / Cantos Fernandes, S. / Campanacci, V.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Insight into microtubule nucleation from tubulin-capping proteins.
著者: Campanacci, V. / Urvoas, A. / Cantos-Fernandes, S. / Aumont-Nicaise, M. / Arteni, A.A. / Velours, C. / Valerio-Lepiniec, M. / Dreier, B. / Pluckthun, A. / Pilon, A. / Pous, C. / Minard, P. / Gigant, B.
履歴
登録2018年6月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32019年5月22日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha chain
B: Tubulin beta chain
F: TM-3 DARPIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,82311
ポリマ－118,2533
非ポリマー1,5708
水2,072115
1
A: Tubulin alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8484
ポリマ－50,2041
非ポリマー6443
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area17210 Å2
手法PISA
2
B: Tubulin beta chain
F: TM-3 DARPIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9757
ポリマ－68,0482
非ポリマー9275
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2790 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area21970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.100, 84.260, 81.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABF

#1: タンパク質 Tubulin alpha chain


分子量: 50204.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: D0VWZ0
#2: タンパク質 Tubulin beta chain


分子量: 49999.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: D0VWY9
#3: タンパク質 TM-3 DARPIN


分子量: 18048.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 6種, 123分子

#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤)


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG5000 MME, 0.1 M Mes pH 6.0, 150 mM AMMONIUM SULFATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→43.08 Å / Num. obs: 26956 / % possible obs: 98.25 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 60.6 Å2 / Net I/σ(I): 6.22
反射 シェル解像度: 2.692→2.789 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EYP

5eyp


解像度: 2.69→43.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.306
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 1349 5 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.194 26956 98.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 51.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.823 Å20 Å2-4.8975 Å2
2---2.0723 Å20 Å2
3----0.7506 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.39 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.69→43.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7680 0 95 115 7890
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017937HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1510788HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2715SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes205HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1180HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7937HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.01
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.88
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1042SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8978SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.69→2.79 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2954 130 5 %
Rwork0.239 2470 -
all0.2418 2600 -
obs--89.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.96970.0549-0.19760.97420.10.72140.07870.01220.044-0.057-0.01130.0141-0.0376-0.0793-0.0674-0.00280.0110.2551-0.3409-0.00390.0304-2.65776.035632.7041
21.59810.1162-1.03671.2540.10841.9752-0.05910.049-0.0214-0.0462-0.0144-0.00070.1248-0.21250.0735-0.0362-0.01590.276-0.3953-0.05210.010423.6408-7.31993.1773
31.2186-0.0378-0.5761.42360.65871.6959-0.0721-0.1055-0.079-0.0059-0.0168-0.2213-0.15340.00670.0889-0.0124-0.00320.3116-0.35040.00330.046457.4532-3.721-16.7616
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ F|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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