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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6gt3 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the A2A-StaR2-bRIL562 in complex with AZD4635 at 2.0A resolution | ||||||
要素 | Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A2a | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / 7TM / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / SIGNALLING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / response to purine-containing compound / 知覚 / positive regulation of urine volume ...positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / response to purine-containing compound / 知覚 / positive regulation of urine volume / NGF-independant TRKA activation / Surfactant metabolism / protein kinase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / synaptic transmission, dopaminergic / inhibitory postsynaptic potential / negative regulation of vascular permeability / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / positive regulation of glutamate secretion / 循環器 / synaptic transmission, cholinergic / response to caffeine / 中間径フィラメント / eating behavior / presynaptic active zone / alpha-actinin binding / 脱分極 / regulation of calcium ion transport / asymmetric synapse / axolemma / response to inorganic substance / cellular defense response / prepulse inhibition / 食作用 / positive regulation of apoptotic signaling pathway / response to amphetamine / excitatory postsynaptic potential / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / neuron projection morphogenesis / regulation of mitochondrial membrane potential / locomotory behavior / synaptic transmission, glutamatergic / central nervous system development / positive regulation of long-term synaptic potentiation / astrocyte activation / apoptotic signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / positive regulation of protein secretion / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / vasodilation / 凝固・線溶系 / cell-cell signaling / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / postsynaptic membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / electron transfer activity / ペリプラズム / calmodulin binding / response to xenobiotic stimulus / 炎症 / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / 樹状突起 / glutamatergic synapse / apoptotic process / lipid binding / heme binding / protein-containing complex binding / regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Borodovsky, A. / Wang, Y. / Deng, N. / Ye, M. / Stephen, T.L. / Goodwin, K. / Goodwin, R. / Strittmatter, N. / Shaw, J. / Sachsenmeier, K. ...Borodovsky, A. / Wang, Y. / Deng, N. / Ye, M. / Stephen, T.L. / Goodwin, K. / Goodwin, R. / Strittmatter, N. / Shaw, J. / Sachsenmeier, K. / Clarke, J.D. / Hay, C. / Reimer, C. / Andrews, S.P. / Brown, G.A. / Congreve, M. / Cheng, R.K.Y. / Dore, A.S. / Mason, J.S. / Marshall, F.H. / Weir, M.P. / Lyne, P. / Woessner, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J Immunother Cancer / 年: 2020 タイトル: Small molecule AZD4635 inhibitor of A2AR signaling rescues immune cell function including CD103+ dendritic cells enhancing anti-tumor immunity 著者: Borodovsky, A. / Barbon, C.M. / Wang, Y. / Ye, M. / Prickett, L. / Chandra, D. / Shaw, J. / Deng, N. / Sachsenmeier, K. / Clarke, J.D. / Linghu, B. / Brown, G.A. / Brown, J. / Congreve, M. / ...著者: Borodovsky, A. / Barbon, C.M. / Wang, Y. / Ye, M. / Prickett, L. / Chandra, D. / Shaw, J. / Deng, N. / Sachsenmeier, K. / Clarke, J.D. / Linghu, B. / Brown, G.A. / Brown, J. / Congreve, M. / Cheng, R.K.Y. / Dore, A.S. / Hurrell, E. / Shao, W. / Woessner, R. / Reimer, C. / Drew, L. / Fawell, S. / Schuller, A.G. / Mele, D.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6gt3.cif.gz | 209.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6gt3.ent.gz | 166.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6gt3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/6gt3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/6gt3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5iu4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 47996.746 Da / 分子数: 1 変異: A54L, T88A, R107A, K122A, N154A, L202A, M1007W, H1102I, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, N154A, L202A, M1007W, H1102I, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, N154A, L202A, ...変異: A54L, T88A, R107A, K122A, N154A, L202A, M1007W, H1102I, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, N154A, L202A, M1007W, H1102I, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, N154A, L202A, M1007W, H1102I, L235A, V239A, S277A 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: ADORA2A, ADORA2, cybC / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P29274, UniProt: P0ABE7 |
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-非ポリマー , 6種, 166分子
#2: 化合物 | ChemComp-NA / | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-F9Q / | ||||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-OLA / #6: 化合物 | ChemComp-OLC / ( #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.75 % / 解説: 0.060-0.080 MM LONG PLATE-SHAPED CRYSTALS |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.3 詳細: 0.1 M TRI-SODIUM CITRATE PH 5.3-5.4, 0.05 M SODIUM THIOCYANATE, 29-32% PEG400, 2%(V/V) 2,5-HEXANEDIOL PH範囲: 5.3-5.4 / Temp details: None |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: None |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97949 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月10日 / 詳細: NULL |
放射 | モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→33.86 Å / Num. obs: 33848 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 7.4 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.994 / Mean I/σ(I) obs: 1.35 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5IU4 解像度: 2→33.8 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.76
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→33.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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