+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6gml | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of paused transcription complex Pol II-DSIF-NELF | ||||||||||||
要素 |
| ||||||||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / RNA polymerase II (RNAポリメラーゼII) / pausing / NELF / DSIF | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NELF complex / positive regulation of protein modification process / NTRK3 as a dependence receptor / negative regulation of DNA-templated transcription, elongation / DSIF complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase I Transcription Termination ...NELF complex / positive regulation of protein modification process / NTRK3 as a dependence receptor / negative regulation of DNA-templated transcription, elongation / DSIF complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / negative regulation of stem cell differentiation / : / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / : / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / RNA polymerase II complex binding / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase II activity / positive regulation of macroautophagy / organelle membrane / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / transcription-coupled nucleotide-excision repair / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / localization / RNA polymerase I complex / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / transcription by RNA polymerase III / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA polymerase II, core complex / translation initiation factor binding / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / core promoter sequence-specific DNA binding / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / P-body / 細胞分化 / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / ユークロマチン / ribonucleoside binding / 核小体 / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / single-stranded DNA binding / chromatin organization / cell population proliferation / transcription by RNA polymerase II / single-stranded RNA binding / chromosome, telomeric region / nucleic acid binding / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein dimerization activity / molecular adaptor activity / nuclear body / nuclear speck / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / mRNA binding / DNA-templated transcription / chromatin binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Sus scrofa (ブタ) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Vos, S.M. / Farnung, L. / Urlaub, H. / Cramer, P. | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2018 タイトル: Structure of paused transcription complex Pol II-DSIF-NELF. 著者: Seychelle M Vos / Lucas Farnung / Henning Urlaub / Patrick Cramer / 要旨: Metazoan gene regulation often involves the pausing of RNA polymerase II (Pol II) in the promoter-proximal region. Paused Pol II is stabilized by the protein complexes DRB sensitivity-inducing factor ...Metazoan gene regulation often involves the pausing of RNA polymerase II (Pol II) in the promoter-proximal region. Paused Pol II is stabilized by the protein complexes DRB sensitivity-inducing factor (DSIF) and negative elongation factor (NELF). Here we report the cryo-electron microscopy structure of a paused transcription elongation complex containing Sus scrofa Pol II and Homo sapiens DSIF and NELF at 3.2 Å resolution. The structure reveals a tilted DNA-RNA hybrid that impairs binding of the nucleoside triphosphate substrate. NELF binds the polymerase funnel, bridges two mobile polymerase modules, and contacts the trigger loop, thereby restraining Pol II mobility that is required for pause release. NELF prevents binding of the anti-pausing transcription elongation factor IIS (TFIIS). Additionally, NELF possesses two flexible 'tentacles' that can contact DSIF and exiting RNA. These results define the paused state of Pol II and provide the molecular basis for understanding the function of NELF during promoter-proximal gene regulation. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6gml.cif.gz | 1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6gml.ent.gz | 838.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6gml.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/6gml ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/6gml | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-DNA-directed RNA polymerase ... , 3種, 3分子 ABI
#1: タンパク質 | 分子量: 217450.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Thymus胸腺 / 参照: UniProt: I3LJR4*PLUS, ポリメラーゼ |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 134041.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Thymus胸腺 / 参照: UniProt: I3LGP4, ポリメラーゼ |
#7: タンパク質 | 分子量: 14541.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Thymus胸腺 / 参照: UniProt: P60899 |
-RNA polymerase II subunit ... , 5種, 5分子 CEFDG
#3: タンパク質 | 分子量: 30997.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Thymus胸腺 / 参照: UniProt: I3LCH3 |
---|---|
#4: タンパク質 | 分子量: 24644.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Thymus胸腺 / 参照: UniProt: I3LSI7 |
#5: タンパク質 | 分子量: 14477.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SKN8 |
#20: タンパク質 | 分子量: 16331.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Thymus胸腺 / 参照: UniProt: A0A287ADR4 |
#21: タンパク質 | 分子量: 19314.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Thymus胸腺 / 参照: UniProt: I3LJZ9 |
-Uncharacterized ... , 3種, 3分子 JKL
#8: タンパク質 | 分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Thymus胸腺 |
---|---|
#9: タンパク質 | 分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Thymus胸腺 / 参照: UniProt: F1RKE4 |
#10: タンパク質 | 分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Thymus胸腺 / 参照: UniProt: I3LN51 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 NT
#11: DNA鎖 | 分子量: 14712.466 Da / 分子数: 1 Mutation: bases 1-23 mutated, original sequence: CTCTGGCTATCTAGGGAACCCTC 由来タイプ: 合成 / 詳細: mutated from original sequence for structural work 由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
---|---|
#13: DNA鎖 | 分子量: 14910.556 Da / 分子数: 1 Mutation: Bases 35-48 were mutated from ATAGATAGCCAGAG to AGGTACTAGTGTAC 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
-Negative elongation factor ... , 4種, 4分子 UVWX
#14: タンパク質 | 分子量: 57343.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NELFA, WHSC2, P/OKcl.15 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9H3P2 |
---|---|
#15: タンパク質 | 分子量: 64577.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NELFB, COBRA1, KIAA1182 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8WX92 |
#16: タンパク質 | 分子量: 64651.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NELFCD, NELFD, TH1, TH1L, HSPC130 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8IXH7 |
#17: タンパク質 | 分子量: 45363.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NELFE, RD, RDBP / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P18615 |
-Transcription elongation factor ... , 2種, 2分子 YZ
#18: タンパク質 | 分子量: 13508.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUPT4H1, SPT4H, SUPT4H / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: P63272 |
---|---|
#19: タンパク質 | 分子量: 121145.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUPT5H, SPT5, SPT5H / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: O00267 |
-タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 HP
#12: RNA鎖 | 分子量: 14746.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
---|---|
#6: タンパク質 | 分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Thymus胸腺 / 参照: UniProt: I3LCB2 |
-非ポリマー , 2種, 10分子
#22: 化合物 | ChemComp-MG / |
---|---|
#23: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: .9271 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil UltrAuFoil | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 165000 X / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 46 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 実像数: 11740 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 36 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 162269 / 対称性のタイプ: POINT |