English [日本語]
- PDB-6gml: Structure of paused transcription complex Pol II-DSIF-NELF -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

データがありません

-
基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 6gml
タイトルStructure of paused transcription complex Pol II-DSIF-NELF
構成要素
  • (DNA-directed RNA polymerase ...ポリメラーゼ) x 3
  • (Negative elongation factor ...) x 4
  • (RNA polymerase II subunit ...) x 5
  • (Transcription elongation factor ...) x 2
  • (Uncharacterized ...) x 3
  • DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3RNAポリメラーゼ
  • Non-template DNA
  • TAR RNA
  • Template DNA
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / RNA polymerase II / pausing / NELF / DSIF
機能・相同性Negative elongation factor E / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / Negative elongation factor E, RNA recognition motif / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA-binding domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily ...Negative elongation factor E / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / Negative elongation factor E, RNA recognition motif / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA-binding domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / NusG, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / Hepatitis delta antigen (HDAg) domain / RNA polymerase RBP11 / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / Rpb4/RPC9 superfamily / Spt4 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / NGN domain, eukaryotic / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpb5-like / Transcription elongation factor SPT5 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / Negative elongation factor A / KOW motif / Ribosomal protein L2, domain 2 / Transcription initiation Spt4 / Cofactor of BRCA1 / HRDC-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Nucleic acid-binding, OB-fold / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase RPB5 subunit, eukaryote/virus / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / Spt5 C-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / Transcription elongation factor Spt5, eukaryote / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / Archaeal RpoH /eukaryotic RPB5 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / Spt5 transcription elongation factor, N-terminal / Spt4/RpoE2 zinc finger / RNA-binding domain, S1 / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Translation protein SH3-like domain superfamily / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / Spt4/RpoE2 zinc finger / Cofactor of BRCA1 (COBRA1) / Spt5 transcription elongation factor, acidic N-terminal / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / RNA polymerases beta chain signature. / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / Zinc finger TFIIS-type profile. / Hepatitis delta antigen (HDAg) domain profile. / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / S1 RNA binding domain / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / Transcription factor S-II (TFIIS) / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb4 / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase beta subunit
機能・相同性情報
試料の由来Homo sapiens (ヒト)
Sus scrofa (ブタ)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
実験手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 3.2 Å 分解能
データ登録者Vos, S.M. / Farnung, L. / Urlaub, H. / Cramer, P.
引用ジャーナル: Nature / : 2018
タイトル: Structure of paused transcription complex Pol II-DSIF-NELF.
著者: Seychelle M Vos / Lucas Farnung / Henning Urlaub / Patrick Cramer
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2018年5月27日 / 公開: 2018年9月5日
改定日付Data content typeGroupCategoryItemProviderタイプ
1.02018年9月5日Structure modelrepositoryInitial release
1.12018年9月12日Structure modelData collection / Database referencescitation_citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
1.22018年10月3日Structure modelData collection / Experimental preparationem_sample_support_em_sample_support.grid_type
2.02019年1月23日Structure modelAdvisory / Data collection / Database references / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summaryem_entity_assembly / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif_em_entity_assembly.entity_id_list / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0038
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit
B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
C: RNA polymerase II subunit C
E: RNA polymerase II subunit E
F: RNA polymerase II subunit F
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
J: Uncharacterized protein
K: Uncharacterized protein
L: Uncharacterized protein
N: Non-template DNA
P: TAR RNA
T: Template DNA
U: Negative elongation factor A
V: Negative elongation factor B,Negative elongation factor B
W: Negative elongation factor C/D
X: Negative elongation factor E,Negative elongation factor E
Y: Transcription elongation factor SPT4
Z: Transcription elongation factor SPT5
D: RNA polymerase II subunit D
G: RNA polymerase II subunit G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)928,51631
ポリマ-927,90321
非ポリマ-61310
0
1


タイプ名称対称操作
identity operation1_5551

-
構成要素

+
DNA-directed RNA polymerase ... , 3種, 3分子 ABI

#1: タンパク質・ペプチド DNA-directed RNA polymerase subunit / ポリメラーゼ


分子量: 217450.078 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官・臓器: Thymus / 参照: UniProt: I3LJR4*PLUS, ポリメラーゼ
#2: タンパク質・ペプチド DNA-directed RNA polymerase subunit beta / ポリメラーゼ


分子量: 134041.422 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官・臓器: Thymus / 参照: UniProt: I3LGP4, ポリメラーゼ
#7: タンパク質・ペプチド DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / ポリメラーゼ / RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I / RNA polymerase II 14.5 kDa subunit / RPB14.5


分子量: 14541.221 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官・臓器: Thymus / 参照: UniProt: P60899

+
RNA polymerase II subunit ... , 5種, 5分子 CEFDG

#3: タンパク質・ペプチド RNA polymerase II subunit C /


分子量: 30997.557 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官・臓器: Thymus / 参照: UniProt: I3LCH3
#4: タンパク質・ペプチド RNA polymerase II subunit E /


分子量: 24644.318 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官・臓器: Thymus / 参照: UniProt: I3LSI7
#5: タンパク質・ペプチド RNA polymerase II subunit F /


分子量: 14477.001 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SKN8
#20: タンパク質・ペプチド RNA polymerase II subunit D /


分子量: 16331.255 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官・臓器: Thymus / 参照: UniProt: A0A287ADR4
#21: タンパク質・ペプチド RNA polymerase II subunit G /


分子量: 19314.283 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官・臓器: Thymus / 参照: UniProt: I3LJZ9

+
Uncharacterized ... , 3種, 3分子 JKL

#8: タンパク質・ペプチド Uncharacterized protein


分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官・臓器: Thymus / 参照: UniProt: A0A287B432*PLUS
#9: タンパク質・ペプチド Uncharacterized protein


分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官・臓器: Thymus / 参照: UniProt: F1RKE4
#10: タンパク質・ペプチド Uncharacterized protein


分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官・臓器: Thymus / 参照: UniProt: I3LN51

+
DNA鎖 , 2種, 2分子 NT

#11: DNA鎖 Non-template DNA


分子量: 14712.466 Da / 分子数: 1
変異: bases 1-23 mutated, original sequence: CTCTGGCTATCTAGGGAACCCTC
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
詳細: mutated from original sequence for structural work 突然変異
#13: DNA鎖 Template DNA


分子量: 14910.556 Da / 分子数: 1
変異: Bases 35-48 were mutated from ATAGATAGCCAGAG to AGGTACTAGTGTAC
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

+
Negative elongation factor ... , 4種, 4分子 UVWX

#14: タンパク質・ペプチド Negative elongation factor A / NELF-A / Wolf-Hirschhorn syndrome candidate 2 protein


分子量: 57343.598 Da / 分子数: 1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NELFA, WHSC2, P/OKcl.15 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9H3P2
#15: タンパク質・ペプチド Negative elongation factor B,Negative elongation factor B / NELF-B / Cofactor of BRCA1


分子量: 64577.230 Da / 分子数: 1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NELFB, COBRA1, KIAA1182 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8WX92
#16: タンパク質・ペプチド Negative elongation factor C/D / NELF-C/D / TH1-like protein


分子量: 64651.746 Da / 分子数: 1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NELFCD, NELFD, TH1, TH1L, HSPC130 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8IXH7
#17: タンパク質・ペプチド Negative elongation factor E,Negative elongation factor E / NELF-E / RNA-binding protein RD


分子量: 45363.449 Da / 分子数: 1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NELFE, RD, RDBP / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P18615

+
Transcription elongation factor ... , 2種, 2分子 YZ

#18: タンパク質・ペプチド Transcription elongation factor SPT4 / hSPT4 / DRB sensitivity-inducing factor 14 kDa subunit / DSIF p14 / DRB sensitivity-inducing factor small subunit / DSIF small subunit


分子量: 13508.496 Da / 分子数: 1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUPT4H1, SPT4H, SUPT4H / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: P63272
#19: タンパク質・ペプチド Transcription elongation factor SPT5 / hSPT5 / DRB sensitivity-inducing factor 160 kDa subunit / DSIF p160 / DRB sensitivity-inducing factor large subunit / DSIF large subunit / Tat-cotransactivator 1 protein / Tat-CT1 protein


分子量: 121145.477 Da / 分子数: 1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUPT5H, SPT5, SPT5H / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: O00267

+
タンパク質・ペプチド / RNA鎖 , 2種, 2分子 HP

#12: RNA鎖 TAR RNA


分子量: 14746.812 Da / 分子数: 1
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
#6: タンパク質・ペプチド DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNAポリメラーゼ


分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官・臓器: Thymus / 参照: UniProt: I3LCB2

+
非ポリマー , 2種, 10分子

#22: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / : Mg / マグネシウム
#23: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / : Zn / 亜鉛

-
実験情報

-
実験

実験実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent ID由来
1RNA Polymerase II elongation complex bound to DSIF and NELFCOMPLEX2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,19,20,210MULTIPLE SOURCES
2Sus scrofa RNA Polymerase IICOMPLEX2,3,4,5,6,7,8,9,10,20,211NATURAL
3Negative elongation factor (NELF)COMPLEX14,15,16,171RECOMBINANT
4DRB sensitivity inducing factor (DSIF)COMPLEX191RECOMBINANT
5HIV-1 pause transcription scaffoldCOMPLEX11,12,131RECOMBINANT
分子量: .9271 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
ID構成単位・集合体のIDNcbi tax ID生物種
129823Sus scrofa (ブタ)
239606Homo sapiens (ヒト)
3511676Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
4411676Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
由来(組換発現)
ID構成単位・集合体のIDNcbi tax ID生物種
137111Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
2532630synthetic construct (人工物)
34469008Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 0.2 / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil UltrAuFoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 165000 / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ冷却材: NITROGEN
試料ホルダのモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均照射時間: 9 / 電子線照射量: 46 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
実像数: 11740
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / Energyfilter slit width: 20
画像スキャン動画フレーム数/画像: 36

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: refinement
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPUimage acquisition
13RELION2.13D reconstruction
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1
3次元再構成分解能: 3.2 / 分解能の評価方法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 162269 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

-
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

+
2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

+
2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

+
2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る