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- PDB-6gbs: Crystal Structure of the C. themophilum Scavenger Decapping Enzym... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gbs
タイトルCrystal Structure of the C. themophilum Scavenger Decapping Enzyme DcpS apo form
要素Putative mRNA decapping protein
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / mRNA decapping / decapping enzyme / scavenger decapping enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Scavenger mRNA decapping enzyme DcpS/DCS2 / Scavenger mRNA decapping enzyme, N-terminal / Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal / Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Putative mRNA decapping protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.946 Å
データ登録者Fuchs, A.-L. / Neu, A. / Sprangers, R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Molecular basis of the selective processing of short mRNA substrates by the DcpS mRNA decapping enzyme.
著者: Fuchs, A.L. / Wurm, J.P. / Neu, A. / Sprangers, R.
履歴
登録2018年4月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative mRNA decapping protein
B: Putative mRNA decapping protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,35315
ポリマ－79,5022
非ポリマー85113
水4,630257
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12190 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area30670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.595, 69.719, 70.947
Angle α, β, γ (deg.)104.480, 101.390, 111.610
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 133 or resid 135...
21(chain B and (resid 1 through 92 or resid 96...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETTYRTYR(chain A and (resid 1 through 133 or resid 135...AA1 - 1333 - 135
12ASPASPGLYGLY(chain A and (resid 1 through 133 or resid 135...AA135 - 159137 - 161
13LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 1 through 133 or resid 135...AA161163
21METMETSERSER(chain B and (resid 1 through 92 or resid 96...BB1 - 923 - 94
22ASPASPTYRTYR(chain B and (resid 1 through 92 or resid 96...BB96 - 13398 - 135
23METMETALAALA(chain B and (resid 1 through 92 or resid 96...BB1 - 3333 - 335
24METMETALAALA(chain B and (resid 1 through 92 or resid 96...BB1 - 3333 - 335
25LYSLYSARGARG(chain B and (resid 1 through 92 or resid 96...BB161 - 225163 - 227
26LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 1 through 92 or resid 96...BB227229
27METMETALAALA(chain B and (resid 1 through 92 or resid 96...BB1 - 3333 - 335
28METMETALAALA(chain B and (resid 1 through 92 or resid 96...BB1 - 3333 - 335
29METMETALAALA(chain B and (resid 1 through 92 or resid 96...BB1 - 3333 - 335
210METMETALAALA(chain B and (resid 1 through 92 or resid 96...BB1 - 3333 - 335
211METMETALAALA(chain B and (resid 1 through 92 or resid 96...BB1 - 3333 - 335
212METMETALAALA(chain B and (resid 1 through 92 or resid 96...BB1 - 3333 - 335

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要素

#1: タンパク質 Putative mRNA decapping protein / Scavenger Decapping Enzyme


分子量: 39750.949 Da / 分子数: 2 / 変異: H258N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0038110 / プラスミド: pRSFM11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlusRIL / 参照: UniProt: G0S8A3
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 200 mM Ammoniumacetate, 100 mM BisTRIS pH 5.5, 25 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.0004 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.946→48.503 Å / Num. obs: 115497 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.428 % / Biso Wilson estimate: 28.85 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rrim(I) all: 0.102 / Χ2: 0.993 / Net I/σ(I): 9.82
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.95-23.5450.7052.144540.7460.83495.8
2-2.063.5150.5712.6442990.8030.67795.5
2.06-2.123.4290.4833.1142140.8410.57696
2.12-2.183.2940.4023.7141040.8720.48495.8
2.18-2.253.2290.3334.2539570.9040.40396.5
2.25-2.333.5170.275.5138700.9390.32196.1
2.33-2.423.4860.2266.3737520.9570.26896.6
2.42-2.523.4450.1967.1236320.9620.23497.2
2.52-2.633.3580.1648.1834600.9680.19697.3
2.63-2.763.2710.1299.6433190.980.15697.4
2.76-2.913.6190.10812.0731800.9860.12797.9
2.91-3.083.5810.08614.2430030.9890.10298
3.08-3.33.4970.07115.7827890.9920.08497.4
3.3-3.563.2130.05717.7125980.9930.0796.9
3.56-3.93.5320.04921.5423790.9950.05995.9
3.9-4.363.4690.04523.0921250.9950.05395.5
4.36-5.033.2520.04423.3418740.9960.05394.6
5.03-6.173.380.04422.8315620.9950.05394.8
6.17-8.723.4120.04323.7112220.9930.05294.1
8.72-48.5033.3510.03826.575960.9960.04585.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.06 Å48.5 Å
Translation4.06 Å48.5 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BV3

5bv3


解像度: 1.946→48.503 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.24 / 位相誤差: 24.54 / 詳細: molecular replacement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2165 5768 5 %random
Rwork0.1828 ---
obs0.1845 115456 91.58 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 122.25 Å2 / Biso mean: 34.6344 Å2 / Biso min: 16.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.946→48.503 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5371 0 137 257 5765
Biso mean--64.24 34.95 -
残基数----663
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075572
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.877535
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054812
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005976
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8443345
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3144X-RAY DIFFRACTION9.785TORSIONAL
12B3144X-RAY DIFFRACTION9.785TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9456-1.96770.2981760.29063355353185
1.9677-1.99090.34021980.30223698389691
1.9909-2.01520.31111860.28763650383692
2.0152-2.04070.32441990.2853653385291
2.0407-2.06750.32061860.27673606379292
2.0675-2.09590.27541960.26683705390191
2.0959-2.12580.32061880.25833574376291
2.1258-2.15750.30671950.26113626382191
2.1575-2.19120.30541900.25373654384491
2.1912-2.22720.27741890.25263583377291
2.2272-2.26560.30591940.23773702389691
2.2656-2.30680.26571850.23373578376391
2.3068-2.35110.2751900.2233671386191
2.3511-2.39910.25061960.21623699389592
2.3991-2.45130.28831950.21373594378992
2.4513-2.50830.26851970.2183759395693
2.5083-2.5710.28991870.21313653384093
2.571-2.64050.25021930.20163739393293
2.6405-2.71820.21422010.19013707390893
2.7182-2.8060.22861950.18463794398995
2.806-2.90620.22092030.1823799400295
2.9062-3.02260.25611970.183757395495
3.0226-3.16010.22262000.17773771397195
3.1601-3.32670.2061990.17443777397694
3.3267-3.53510.23981950.16913723391893
3.5351-3.80790.17071900.14873640383091
3.8079-4.19090.1421890.12983585377490
4.1909-4.79690.12911920.11663575376789
4.7969-6.04180.16091820.14683528371089
6.0418-48.51840.16651850.14953533371888
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 33.9249 Å / Origin y: 36.0339 Å / Origin z: 13.366 Å
111213212223313233
T0.2014 Å2-0.0339 Å2-0.0105 Å2-0.1992 Å20.0199 Å2--0.205 Å2
L0.4386 °2-0.0243 °2-0.1198 °2-0.2989 °20.1109 °2--0.349 °2
S0.0102 Å °-0.0401 Å °-0.0041 Å °-0.0011 Å °-0.0197 Å °0.0206 Å °0.021 Å °0.0193 Å °0.0101 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 333
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 333
3X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 106
4X-RAY DIFFRACTION1allD107 - 326
5X-RAY DIFFRACTION1allD327 - 362
6X-RAY DIFFRACTION1allC2 - 10
7X-RAY DIFFRACTION1allC11 - 14
8X-RAY DIFFRACTION1allC15
9X-RAY DIFFRACTION1allE1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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