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- PDB-6gaz: Unique features of mammalian mitochondrial translation initiation... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gaz
タイトルUnique features of mammalian mitochondrial translation initiation revealed by cryo-EM. This file contains the 28S ribosomal subunit.
要素
  • (Mitochondrial ribosomal protein ...) x 25
  • 12S ribosomal RNA, mitochondrialリボソームRNA
  • 28S ribosomal protein S18b, mitochondrialリボソーム
  • Aurora kinase A interacting protein 1
  • Death associated protein 3
  • MT-CO3 mRNA, mitochondrial
  • Mitoribosomal protein ms28, mrps28
  • P-site fMet-tRNAMet, mitochondrial
  • Translation initiation factor IF-2, mitochondrial
  • bS16m, MRPS16
  • mS31, MRPS31
  • unassigned secondary structure elements
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / translation initiation / initiation factor IF2 / mitochondria (ミトコンドリア) / membrane targeting
機能・相同性
機能・相同性情報


Hormone ligand-binding receptors / gonadotropin-releasing hormone receptor binding / gonadotropin hormone-releasing hormone activity / G alpha (q) signalling events / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / mitochondrial translational initiation / : / translation factor activity, RNA binding / ribosome disassembly ...Hormone ligand-binding receptors / gonadotropin-releasing hormone receptor binding / gonadotropin hormone-releasing hormone activity / G alpha (q) signalling events / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / mitochondrial translational initiation / : / translation factor activity, RNA binding / ribosome disassembly / mitochondrial ribosome assembly / Mitochondrial translation initiation / mitochondrial small ribosomal subunit / regulation of translational initiation / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / positive regulation of proteolysis / ribosomal small subunit binding / organelle membrane / translation initiation factor activity / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / regulation of translation / 細胞結合 / small ribosomal subunit / 核膜 / rRNA binding / リボソーム / ミトコンドリアマトリックス / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / apoptotic process / GTP binding / 核小体 / ミトコンドリア / extracellular space / RNA binding / 核質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
性腺刺激ホルモン放出ホルモン / 性腺刺激ホルモン放出ホルモン / 性腺刺激ホルモン放出ホルモン / Gonadotropin-releasing hormones signature. / Translation initiation factor IF-2, domain II / Initiation factor 2 signature. / Translation initiation factor IF-2, bacterial-like / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 ...性腺刺激ホルモン放出ホルモン / 性腺刺激ホルモン放出ホルモン / 性腺刺激ホルモン放出ホルモン / Gonadotropin-releasing hormones signature. / Translation initiation factor IF-2, domain II / Initiation factor 2 signature. / Translation initiation factor IF-2, bacterial-like / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / 28S ribosomal protein S27, mitochondrial / MRPS27/PTCD2 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S22, mitochondrial / Ribosomal protein S23, mitochondrial / Ribosomal protein S23/S25, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S22 / Mitochondrial ribosomal protein S23 / Ribosomal protein S29, mitochondrial / Ribosomal protein S28, mitochondrial / 28S ribosomal protein S10, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein MRP-S35 / 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3 / 28S ribosomal protein S17, mitochondrial / 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / : / Mitochondrial ribosome subunit S24 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / 40S ribosomal protein rpS2 (S5p), N-terminal / 28S ribosomal protein S25, mitochondrial / Pentatricopeptide repeat domain / Ribosomal protein S27/S33, mitochondrial / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit S27 / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Mitochondrial ribosomal subunit protein / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Pentatricopeptide repeat / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / CHCH / CHCH domain / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S10p/S20e / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S5/S7 / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S17/S11
類似検索 - ドメイン・相同性
N-ホルミルメチオニン / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / グアノシン三リン酸 / スペルミン / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Small ribosomal subunit protein uS12m ...N-ホルミルメチオニン / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / グアノシン三リン酸 / スペルミン / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Small ribosomal subunit protein uS12m / 28S ribosomal protein S14, mitochondrial / 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial isoform 1 / Small ribosomal subunit protein mS25 / 28S ribosomal protein S28, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein uS7m / Mitochondrial ribosomal protein S11 / 28S ribosomal protein S21, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein S23 / 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein S22 / Progonadoliberin / Small ribosomal subunit protein mS38 / Small ribosomal subunit protein uS15m / Uncharacterized protein / Mitochondrial ribosomal protein S17 / Small ribosomal subunit protein uS10m / 28S ribosomal protein S2, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS33 / 28S ribosomal protein S35, mitochondrial isoform 1 / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 1 / Small ribosomal subunit protein uS5m / Mitochondrial ribosomal protein S6 / Mitochondrial ribosomal protein S27 / Large ribosomal subunit protein bL19m / Small ribosomal subunit protein mS29 / 28S ribosomal protein S9, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS39 / Translation initiation factor IF-2, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS40
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Sus scrofa (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Kummer, E. / Leibundgut, M. / Boehringer, D. / Ban, N.
資金援助 スイス, 3件
組織認可番号国
European Molecular Biology OrganizationALTF 1196-2014 スイス
Swiss National Science Foundation310030B_163478 スイス
Swiss National Science Foundation138262 スイス
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Unique features of mammalian mitochondrial translation initiation revealed by cryo-EM.
著者: Eva Kummer / Marc Leibundgut / Oliver Rackham / Richard G Lee / Daniel Boehringer / Aleksandra Filipovska / Nenad Ban /
要旨: Mitochondria maintain their own specialized protein synthesis machinery, which in mammals is used exclusively for the synthesis of the membrane proteins responsible for oxidative phosphorylation. The ...Mitochondria maintain their own specialized protein synthesis machinery, which in mammals is used exclusively for the synthesis of the membrane proteins responsible for oxidative phosphorylation. The initiation of protein synthesis in mitochondria differs substantially from bacterial or cytosolic translation systems. Mitochondrial translation initiation lacks initiation factor 1, which is essential in all other translation systems from bacteria to mammals. Furthermore, only one type of methionyl transfer RNA (tRNA) is used for both initiation and elongation, necessitating that the initiation factor specifically recognizes the formylated version of tRNA (fMet-tRNA). Lastly, most mitochondrial mRNAs do not possess 5' leader sequences to promote mRNA binding to the ribosome. There is currently little mechanistic insight into mammalian mitochondrial translation initiation, and it is not clear how mRNA engagement, initiator-tRNA recruitment and start-codon selection occur. Here we determine the cryo-EM structure of the complete translation initiation complex from mammalian mitochondria at 3.2 Å. We describe the function of an additional domain insertion that is present in the mammalian mitochondrial initiation factor 2 (mtIF2). By closing the decoding centre, this insertion stabilizes the binding of leaderless mRNAs and induces conformational changes in the rRNA nucleotides involved in decoding. We identify unique features of mtIF2 that are required for specific recognition of fMet-tRNA and regulation of its GTPase activity. Finally, we observe that the ribosomal tunnel in the initiating ribosome is blocked by insertion of the N-terminal portion of mitochondrial protein mL45, which becomes exposed as the ribosome switches to elongation mode and may have an additional role in targeting of mitochondrial ribosomes to the protein-conducting pore in the inner mitochondrial membrane.
履歴
登録2018年4月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4369
  • UCSF Chimeraによる作画
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
BC: Translation initiation factor IF-2, mitochondrial
BT: Mitochondrial ribosomal protein L19
AA: 12S ribosomal RNA, mitochondrial
AB: Mitochondrial ribosomal protein S2
AC: Mitochondrial ribosomal protein S24
AE: Mitochondrial ribosomal protein S5
AF: Mitochondrial ribosomal protein S6
AG: Mitochondrial ribosomal protein S7
AI: Mitochondrial ribosomal protein S9
AJ: Mitochondrial ribosomal protein S10
AK: Mitochondrial ribosomal protein S11
AL: Mitochondrial ribosomal protein S12
AN: Mitochondrial ribosomal protein S14
AO: Mitochondrial ribosomal protein S15
AP: bS16m, MRPS16
AQ: Mitochondrial ribosomal protein S17
AR: Mitochondrial ribosomal protein S18C
AU: Mitochondrial ribosomal protein S21
AV: P-site fMet-tRNAMet, mitochondrial
AX: MT-CO3 mRNA, mitochondrial
AZ: unassigned secondary structure elements
Aa: Mitochondrial ribosomal protein S22
Ab: Mitochondrial ribosomal protein S23
Ac: Mitochondrial ribosomal protein S25
Ad: Mitochondrial ribosomal protein S26
Ae: Mitochondrial ribosomal protein S27
Af: Mitoribosomal protein ms28, mrps28
Ag: Death associated protein 3
Ah: mS31, MRPS31
Ai: Mitochondrial ribosomal protein S33
Aj: Mitochondrial ribosomal protein S34
Ak: Mitochondrial ribosomal protein S35
Am: Mitochondrial ribosomal protein S37
An: Aurora kinase A interacting protein 1
Ao: Mitochondrial ribosomal protein S39
Ap: 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,334,800155
ポリマ－1,330,44136
非ポリマー4,359119
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy, cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 7種, 7分子 BCAPAfAgAhAnAp

#1: タンパク質 Translation initiation factor IF-2, mitochondrial / IF2(mt)


分子量: 72811.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: mitochondria / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MTIF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46199
#15: タンパク質 bS16m, MRPS16


分子量: 15182.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓
#27: タンパク質 Mitoribosomal protein ms28, mrps28


分子量: 21014.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: A0A0M3KL56
#28: タンパク質 Death associated protein 3


分子量: 45582.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: I3LS10
#29: タンパク質 mS31, MRPS31


分子量: 44091.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#34: タンパク質 Aurora kinase A interacting protein 1


分子量: 22843.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: A0A287B3R8
#36: タンパク質 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / リボソーム / S18mt-b / 28S ribosomal protein S18-2 / mitochondrial / MRP-S18-2


分子量: 29220.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: Q767K8

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Mitochondrial ribosomal protein ... , 25種, 25分子 BTABACAEAFAGAIAJAKALANAOAQARAUAaAbAcAdAeAiAjAkAmAo

#2: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L19


分子量: 33441.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Unassigned residues have been built as poly-alanine.
由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: I3LNJ0
#4: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S2


分子量: 31731.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: F1S001
#5: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S24


分子量: 18935.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: A0A287ANU4
#6: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S5


分子量: 48213.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: F1SU66
#7: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S6 / Mitoribosomal protein bs6m / mrps6


分子量: 14283.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: I3LEJ9
#8: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S7


分子量: 28150.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: A0A286ZJ25
#9: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S9


分子量: 45604.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: I3LU08
#10: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S10


分子量: 23192.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: F1RUU2
#11: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S11


分子量: 20841.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: A0A286ZJJ6
#12: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S12 / Mitoribosomal protein us12m / mrps12


分子量: 15257.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: A0A0M3KL52
#13: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S14 / Mitoribosomal protein us14m / mrps14


分子量: 15120.739 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: A0A0M3KL53
#14: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S15


分子量: 27411.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: A0A287BMP0
#16: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S17


分子量: 14452.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: F1RIU0
#17: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S18C / Mitoribosomal protein bs18m / mrps18c


分子量: 16211.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: A0A0M3KL54
#18: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S21


分子量: 10682.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: A0A286ZNB3
#22: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S22


分子量: 43234.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287AQT5
#23: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S23


分子量: 21666.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: A0A287AEW3
#24: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S25 / Mitoribosomal protein ms25 / mrps25


分子量: 19954.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: A0A0M3KL55
#25: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S26


分子量: 23637.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: A0A287AY01
#26: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S27


分子量: 45244.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Unassigned residues have been built as poly-alanine.
由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: I3LK09
#30: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S33


分子量: 12544.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: F1S8G3
#31: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S34


分子量: 25843.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: F1RG19
#32: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S35


分子量: 37104.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: F1SG95
#33: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S37


分子量: 13561.903 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SU49
#35: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S39


分子量: 76473.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Unassigned residues have been built as poly-alanine.
由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: UniProt: K7GKS8

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 AAAVAX

#3: RNA鎖 12S ribosomal RNA, mitochondrial / リボソームRNA


分子量: 308989.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓 / 参照: GenBank: 11055671
#19: RNA鎖 P-site fMet-tRNAMet, mitochondrial


分子量: 22664.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: mitochondrial / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 1208989970
#20: RNA鎖 MT-CO3 mRNA, mitochondrial


分子量: 63946.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: mitochondrial / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 1208989970

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 AZ

#21: タンパク質・ペプチド unassigned secondary structure elements


分子量: 1297.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Unassigned secondary structure elements have been built as poly-alanine.
由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver肝臓

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非ポリマー , 8種, 124分子

#37: 化合物 ChemComp-GSP / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S


分子量: 539.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3S
#38: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#39: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#40: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#41: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#42: 化合物 ChemComp-FME / N-FORMYLMETHIONINE / N-ホルミルメチオニン / N-ホルミルメチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 177.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11NO3S
#43: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#44: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1mammalian mitochondrial translation initiation complexRIBOSOME#1-#360MULTIPLE SOURCES
2Porcine RibosomeRIBOSOME#1-#361NATURAL
3Translation initiation factor IF-2, mitochondrialCOMPLEX#11RECOMBINANT
4Nucleic acids核酸COMPLEX#19-#201RECOMBINANT
分子量値: 2.85 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Sus scrofa (ブタ)9823
23Homo sapiens (ヒト)9606
34Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
13Escherichia coli (大腸菌)562
24synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.6
試料濃度: 0.171 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: contains 55S mitochondrial ribosome, mitochondrial initiation factor 2, mitochondrial formyl-Met-tRNAMet and MT-CO3 mRNA
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影平均露光時間: 1.4 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
実像数: 13936
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1EMAN1.9粒子像選択
4RELION2.1CTF補正
7Cootモデルフィッティング
8Oモデルフィッティング
9UCSF Chimeraモデルフィッティング
11RELION2.1初期オイラー角割当
12RELION2.1最終オイラー角割当
14RELION2.1３次元再構成
21PHENIX1.9モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1366787
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 139206 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 73.8 / プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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