PDB-6g4z: Crystal structure of murine NF-kappaB inducing kinase (NIK) in co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6g4z

タイトル

Crystal structure of murine NF-kappaB inducing kinase (NIK) in complex with compound 2f

要素

Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / PROTEIN SERINE/THREONINE KINASE /

NF-KAPPAB (NF-κB) /

MAP3K14

機能・相同性

機能・相同性情報

CD28 dependent PI3K/Akt signaling / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway /

MAPキナーゼキナーゼキナーゼ / non-canonical NF-kappaB signal transduction /

MAP kinase kinase kinase activity / canonical NF-kappaB signal transduction /

核小体 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.84 Å

データ登録者

Leonardo-Silvestre, H. / McEwan, P.A. / Hymowitz, S.G.

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Scaffold-Hopping Approach To Discover Potent, Selective, and Efficacious Inhibitors of NF-kappa B Inducing Kinase.
著者: Blaquiere, N. / Castanedo, G.M. / Burch, J.D. / Berezhkovskiy, L.M. / Brightbill, H. / Brown, S. / Chan, C. / Chiang, P.C. / Crawford, J.J. / Dong, T. / Fan, P. / Feng, J. / Ghilardi, N. / ...

履歴

登録	2018年3月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年7月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title
改定 1.2	2018年8月22日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / struct Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _struct.title
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6g4z.cif.gz	261 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6g4z.ent.gz	214.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6g4z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/6g4z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/6g4z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6g4yC 4g3eS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6myn-1 3d7l-2 3uh1-d 4idv-4 4idv-1 4g3e-1 2a5l-d 3h75-d 6wg9-2 3q72-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14

ヘテロ分子

77.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	144.830, 144.830, 46.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質	Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14 / NF-kappa-beta-inducing kinase / Serine/threonine-protein kinase NIK 分子量: 38543.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Map3k14, Nik 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9WUL6, MAPキナーゼキナーゼキナーゼ
#2: 化合物	ChemComp-ELW / 5-fluoranyl-1-[4-[2-[(3~{R})-1-methyl-3-oxidanyl-2-oxidanylidene-pyrrol-3-yl]ethynyl]pyridin-2-yl]indazole-3-carboxamide 分子量: 391.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₄FN₅O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.14 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 0.3-0.9M ammonium sulphate, 0.05-0.1M sodium citrate, 0.7-1.0M Lithium sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.84→36.21 Å / Num. obs: 21715 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.1 % / CC_1/2: 0.981 / R_merge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 2.84→2.91 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.745 / Num. unique obs: 10567 / CC_1/2: 0.84 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4G3E

4g3e

解像度: 2.84→36.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.894 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.876 / SU B: 39.116 / SU ML: 0.342 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.348 / ESU R Free: 0.4 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.283	1171	5.1 %	RANDOM
R_work	0.234	-	-	-
obs	0.237	21715	98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 76.77 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.84→36.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5020	0	58	18	5096

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.019	5207
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4997
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.052	1.99	7050
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.701	3	11540
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.477	5	643
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.017	23.442	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.319	15	900
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.664	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	755
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	5861
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.17	6.387	2584
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.166	6.386	2583
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.737	9.572	3220
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.738	9.573	3221
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.111	6.682	2623
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.111	6.682	2623
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.631	9.916	3830
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.092	50.811	5780
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.092	50.816	5781
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.84→2.91 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.393	76	-
R_work	0.301	1660	-
obs	-	-	99.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8159	-0.8187	-0.3371	0.7609	0.0608	0.4499	0.0022	0.0182	0.0122	0.0659	0.0238	-0.0307	0.0217	-0.0065	-0.026	0.0995	0.0139	-0.0285	0.0666	0.0538	0.0835	40.4621	46.9095	1.5871
2	1.6994	0.4106	0.5132	1.104	0.2722	1.5185	0.1118	-0.1477	0.0719	-0.0124	-0.2053	0.1443	0.0061	-0.0613	0.0935	0.0173	-0.0242	-0.0163	0.1553	0.0476	0.0709	12.7639	54.6184	3.52
3	1.7456	0.5196	-0.4588	0.5679	0.109	0.8188	-0.04	-0.0213	0.0947	0.0051	0.118	0.0306	0.0797	0.0622	-0.078	0.0887	0.0062	-0.0544	0.0559	0.0373	0.1142	67.9112	31.6399	-4.2589
4	0.4174	0.1304	0.0797	2.3276	-0.4385	1.6156	-0.0978	0.0962	-0.0462	0.0668	0.1719	0.2046	0.0197	-0.0806	-0.0741	0.08	-0.0497	-0.0418	0.0791	0.0667	0.1243	43.5769	17.6391	-1.8957

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	334 - 472
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	473 - 675
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	334 - 472
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	473 - 675

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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