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- PDB-6fwx: Chimeric titin Z1Z2-Z1Z2 tandem (Z1212) functionalized with a GRG... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fwx
タイトルChimeric titin Z1Z2-Z1Z2 tandem (Z1212) functionalized with a GRGDS exogenous peptide from fibronectin
要素Titin,Titin,Titin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / titin (チチン) / Z1Z2
機能・相同性
機能・相同性情報


sarcomerogenesis / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / cardiac myofibril assembly / muscle alpha-actinin binding / detection of muscle stretch / cardiac muscle tissue morphogenesis / regulation of catalytic activity / cardiac muscle hypertrophy ...sarcomerogenesis / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / cardiac myofibril assembly / muscle alpha-actinin binding / detection of muscle stretch / cardiac muscle tissue morphogenesis / regulation of catalytic activity / cardiac muscle hypertrophy / mitotic chromosome condensation / Striated Muscle Contraction / M band / actinin binding / I band / cardiac muscle cell development / regulation of protein kinase activity / sarcomere organization / structural constituent of muscle / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / striated muscle contraction / protein kinase A signaling / cardiac muscle contraction / muscle contraction / condensed nuclear chromosome / positive regulation of protein secretion / Z disc / response to calcium ion / : / actin filament binding / Platelet degranulation / protein tyrosine kinase activity / protease binding / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / リン酸化 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / enzyme binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
PPAK motif / PPAK motif / Titin, Z repeat / Titin Z / MyBP-C, tri-helix bundle domain / Tri-helix bundle domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / フィブロネクチンIII型ドメイン / Fibronectin type 3 domain ...PPAK motif / PPAK motif / Titin, Z repeat / Titin Z / MyBP-C, tri-helix bundle domain / Tri-helix bundle domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / フィブロネクチンIII型ドメイン / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Tyrosine-protein kinase, active site / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase domain / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Mayans, O. / Fleming, J. / Hill, C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
BBRSC and JRI OrthopaedicsBB/I01666X/1 英国
引用
ジャーナル: Adv. Mater. Weinheim / 年: 2019
タイトル: Self-Assembling Proteins as High-Performance Substrates for Embryonic Stem Cell Self-Renewal.
著者: Hill, C.J. / Fleming, J.R. / Mousavinejad, M. / Nicholson, R. / Tzokov, S.B. / Bullough, P.A. / Bogomolovas, J. / Morgan, M.R. / Mayans, O. / Murray, P.
#1: ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2019
タイトル: The ZT Biopolymer: A Self-Assembling Protein Scaffold for Stem Cell Applications.
著者: Nesterenko, Y. / Hill, C.J. / Fleming, J.R. / Murray, P. / Mayans, O.
履歴
登録2018年3月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / reflns / Item: _reflns.percent_possible_obs
改定 1.22020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Titin,Titin,Titin
B: Titin,Titin,Titin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,9934
ポリマ－83,8692
非ポリマー1242
水0
1
A: Titin,Titin,Titin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0593
ポリマ－41,9341
非ポリマー1242
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Titin,Titin,Titin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9341
ポリマ－41,9341
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.400, 134.400, 134.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Titin,Titin,Titin / Connectin / Rhabdomyosarcoma antigen MU-RMS-40.14


分子量: 41934.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8WZ42, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% [v/v] isopropanol, 100 mM Na2HPO4 pH 4.2, 200 mM LiSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.974 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.974 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→41.8 Å / Num. obs: 17993 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.1 % / Net I/σ(I): 9.26
反射 シェル解像度: 3→3.108 Å / Rmerge(I) obs: 1.803 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 1813 / CC1/2: 0.162 / Rrim(I) all: 2.079

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2A38

2a38


解像度: 3→41.798 Å / SU ML: 0.69 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 30.67
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2255 910 5.06 %
Rwork0.1995 --
obs0.2008 17985 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→41.798 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2918 0 8 0 2926
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022976
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4614050
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3131791
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041479
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003531
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0003-3.18820.48021520.42552878X-RAY DIFFRACTION100
3.1882-3.43430.31671500.31652819X-RAY DIFFRACTION99
3.4343-3.77970.31081540.26612833X-RAY DIFFRACTION100
3.7797-4.32610.21821490.18582863X-RAY DIFFRACTION99
4.3261-5.44860.19411500.16112833X-RAY DIFFRACTION100
5.4486-41.80180.19361550.1812849X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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