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- PDB-6ft7: Crystal structure of CLK3 in complex with compound 8a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ft7
タイトルCrystal structure of CLK3 in complex with compound 8a
要素Dual specificity protein kinase CLK3
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / kinase (キナーゼ) / inhibitor (酵素阻害剤) / splicing kinase / CLK / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


dual-specificity kinase / intermediate filament cytoskeleton / regulation of RNA splicing / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / acrosomal vesicle / protein tyrosine kinase activity / nuclear speck / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity ...dual-specificity kinase / intermediate filament cytoskeleton / regulation of RNA splicing / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / acrosomal vesicle / protein tyrosine kinase activity / nuclear speck / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / RNA binding / 核質 / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain ...Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-phenyl-1~{H}-pyrrolo[3,4-g]indol-8-one / IODIDE ION / Dual specificity protein kinase CLK3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Walter, A. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Kunick, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2018
タイトル: Molecular structures of cdc2-like kinases in complex with a new inhibitor chemotype.
著者: Walter, A. / Chaikuad, A. / Helmer, R. / Loaec, N. / Preu, L. / Ott, I. / Knapp, S. / Meijer, L. / Kunick, C.
履歴
登録2018年2月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual specificity protein kinase CLK3
B: Dual specificity protein kinase CLK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,65130
ポリマ－84,6372
非ポリマー3,01428
水8,737485
1
A: Dual specificity protein kinase CLK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,63912
ポリマ－42,3181
非ポリマー1,32111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Dual specificity protein kinase CLK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,01218
ポリマ－42,3181
非ポリマー1,69317
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.760, 116.830, 69.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERGLUGLUAA129 - 2375 - 113
21SERSERGLUGLUBB129 - 2375 - 113
12LEULEUARGARGAA238 - 480114 - 356
22LEULEUARGARGBB238 - 480114 - 356

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.999991, 0.003927, 0.001666), (-0.003969, -0.999653, -0.026031), (0.001563, -0.026037, 0.99966)88.80568, 148.12427, 1.89425
3given(1), (1), (1)
4given(-0.999918, 0.008771, 0.00928), (-0.008914, -0.999839, -0.015566), (0.009142, -0.015647, 0.999836)87.96809, 147.70662, 0.53903

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要素

#1: タンパク質 Dual specificity protein kinase CLK3 / CDC-like kinase 3


分子量: 42318.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLK3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3-pRARE2 / 参照: UniProt: P49761, dual-specificity kinase
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物


分子量: 126.904 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-E6Q / 3-phenyl-1~{H}-pyrrolo[3,4-g]indol-8-one


分子量: 246.263 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H10N2O
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 485 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.68 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 21% PEG3350, 0.2 M sodium iodide, 0.1 M bis-tris-propane pH 7.0, 10% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→59.95 Å / Num. obs: 62659 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.02→2.13 Å / Rmerge(I) obs: 0.668 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 9103 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2EU9

2eu9


解像度: 2.02→58.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 9.305 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.162 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23523 3185 5.1 %RANDOM
Rwork0.1917 ---
obs0.19395 59444 96.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 42.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.86 Å20 Å2-0.21 Å2
2--1.57 Å20 Å2
3---1.27 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.02→58.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5800 0 100 485 6385
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0196144
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024272
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6091.948301
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96310335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9785738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.65523.491318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.748151065
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7391544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2870
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.027051
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021349
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free47.09257
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded83.63957
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1441medium positional0.330.5
22B3387medium positional0.280.5
11A1441medium thermal2.142
22B3387medium thermal2.432
LS精密化 シェル解像度: 2.02→2.072 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 206 -
Rwork0.303 4311 -
obs--95.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.34090.28490.5591.6057-0.58381.0072-0.14890.24860.43280.22590.0087-0.1737-0.02680.03710.14020.08430.0086-0.05870.10.04290.293158.35574.181555.9968
21.1253-0.1998-0.29190.45840.35930.444-0.03250.2265-0.17190.1418-0.07110.00430.0299-0.08030.10350.1143-0.012-0.00310.1716-0.02170.129457.682147.348848.8938
39.6622-11.143111.292324.79944.956840.4378-0.9498-1.87661.15660.91010.269-1.3358-0.4365-3.99710.68080.7371-0.60950.41251.4658-0.45450.617257.068144.162170.7614
41.5852-1.1184-2.8672.17791.49655.4149-0.36910.4596-0.34160.4102-0.22860.58320.6164-0.94390.59770.1305-0.17110.14090.3684-0.26970.756825.014162.73749.807
51.4559-0.1111-0.37920.7575-0.26310.3119-0.03550.1447-0.16860.0933-0.0680.0509-0.027-0.05340.10350.088-0.0031-0.00780.1696-0.01840.136831.040887.54355.4815
61.639-0.48620.8880.217-0.37541.7112-0.01790.30840.45510.0764-0.0884-0.0728-0.07220.0450.10630.1034-0.02360.00740.14450.11120.241832.7425107.675444.9064
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A129 - 215
2X-RAY DIFFRACTION2A216 - 472
3X-RAY DIFFRACTION3A473 - 484
4X-RAY DIFFRACTION4B129 - 147
5X-RAY DIFFRACTION5B148 - 368
6X-RAY DIFFRACTION6B369 - 484

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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