+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fkr | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the dolphin proline-rich antimicrobial peptide Tur1A bound to the Thermus thermophilus 70S ribosome | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / Antimicrobial peptide (抗微生物ペプチド) / Antibiotic (抗生物質) / Inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dormancy process / negative regulation of translational elongation / primary metabolic process / ribosomal small subunit binding / negative regulation of translational initiation / response to cold / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding ...dormancy process / negative regulation of translational elongation / primary metabolic process / ribosomal small subunit binding / negative regulation of translational initiation / response to cold / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス) Tursiops truncatus (バンドウイルカ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Mardirossian, M. / Perebaskine, N. / Benincasa, M. / Gambato, S. / Hofmann, S. / Huter, P. / Muller, C. / Hilpert, K. / Innis, C.A. / Tossi, A. / Wilson, D.N. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2018 タイトル: The Dolphin Proline-Rich Antimicrobial Peptide Tur1A Inhibits Protein Synthesis by Targeting the Bacterial Ribosome. 著者: Mardirossian, M. / Perebaskine, N. / Benincasa, M. / Gambato, S. / Hofmann, S. / Huter, P. / Muller, C. / Hilpert, K. / Innis, C.A. / Tossi, A. / Wilson, D.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6fkr.cif.gz | 7.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6fkr.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6fkr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/6fkr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/6fkr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5f8kS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 , 3種, 6分子 1A2A1B2B1a2a
#1: RNA鎖 | 分子量: 943672.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: GenBank: 37223181 #2: RNA鎖 | 分子量: 38882.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: GenBank: 48271 #32: RNA鎖 | 分子量: 489521.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス) 参照: GenBank: 55771382 |
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+50S ribosomal protein ... , 29種, 58分子 1D2D1E2E1F2F1G2G1H2H1I2I1N2N1O2O1P2P1Q2Q1R2R1S2S1T2T1U2U1V2V...
-30S ribosomal protein ... , 20種, 40分子 1b2b1c2c1d2d1e2e1f2f1g2g1h2h1i2i1j2j1k2k1l2l1m2m1n2n1o2o1p2p...
#33: タンパク質 | 分子量: 26646.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P80371 #34: タンパク質 | 分子量: 22862.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P80372 #35: タンパク質 | 分子量: 24242.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P80373 #36: タンパク質 | 分子量: 16144.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: Q5SHQ5 #37: タンパク質 | 分子量: 11917.675 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: Q5SLP8 #38: タンパク質 | 分子量: 17919.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P17291 #39: タンパク質 | 分子量: 15737.372 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P0DOY9 #40: タンパク質 | 分子量: 14279.419 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P80374 #41: タンパク質 | 分子量: 11169.997 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: Q5SHN7 #42: タンパク質 | 分子量: 12032.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P80376 #43: タンパク質 | 分子量: 13650.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: Q5SHN3 #44: タンパク質 | 分子量: 13237.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P80377 #45: タンパク質 | 分子量: 7027.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P0DOY6 #46: タンパク質 | 分子量: 10447.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: Q5SJ76 #47: タンパク質 | 分子量: 9795.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: Q5SJH3 #48: タンパク質 | 分子量: 11722.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P0DOY7 #49: タンパク質 | 分子量: 7897.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: Q5SLQ0 #50: タンパク質 | 分子量: 9455.995 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: Q5SHP2 #51: タンパク質 | 分子量: 10649.772 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: P80380 #52: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2831.295 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: Q5SIH3 |
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-タンパク質・ペプチド / タンパク質 , 2種, 3分子 1y1z2z
#53: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2793.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Tursiops truncatus (バンドウイルカ) |
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#54: タンパク質 | 分子量: 10964.620 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: raiA, yfiA, b2597, JW2578 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AD49 |
-非ポリマー , 4種, 7508分子
#55: 化合物 | ChemComp-MG / #56: 化合物 | ChemComp-ZN / #57: 化合物 | #58: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.17 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: Tris-HCl pH 7.6, PEG 20,000, 2-methyl-2,4-pentanediol, L-arginine |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972422 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月9日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.972422 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.2→49.757 Å / Num. obs: 941634 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 7.058 % / Biso Wilson estimate: 75.88 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.393 / Rrim(I) all: 0.423 / Χ2: 0.744 / Net I/σ(I): 4.08 / Num. measured all: 6646089 / Scaling rejects: 465 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5F8K 解像度: 3.2→49.757 Å / FOM work R set: 0.828 / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.88 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 171.19 Å2 / Biso mean: 57.9 Å2 / Biso min: 0 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.2→49.757 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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