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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fkn | |||||||||
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タイトル | Drosophila Plexin A in complex with Semaphorin 1b | |||||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN / semaphorin (セマフォリン) / plexin / sema domain / cis interaction | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RHOD GTPase cycle / semaphorin-plexin signaling pathway involved in regulation of photoreceptor cell axon guidance / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / CRMPs in Sema3A signaling / G alpha (12/13) signalling events / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / Other semaphorin interactions / guanylate cyclase activator activity / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / embryonic development via the syncytial blastoderm ...RHOD GTPase cycle / semaphorin-plexin signaling pathway involved in regulation of photoreceptor cell axon guidance / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / CRMPs in Sema3A signaling / G alpha (12/13) signalling events / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / Other semaphorin interactions / guanylate cyclase activator activity / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / embryonic development via the syncytial blastoderm / semaphorin receptor binding / sensory neuron axon guidance / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / semaphorin receptor complex / positive regulation of guanylate cyclase activity / chemorepellent activity / semaphorin receptor activity / negative regulation of cell adhesion / axon midline choice point recognition / negative chemotaxis / positive regulation of axonogenesis / regulation of GTPase activity / semaphorin-plexin signaling pathway / regulation of cell migration / GTPase activator activity / 14-3-3 protein binding / 軸索誘導 / heparin binding / regulation of cell shape / Ras protein signal transduction / positive regulation of cell migration / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.801 Å | |||||||||
データ登録者 | Rozbesky, D. / Harlos, K. / Jones, E.Y. | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2020 タイトル: Structural basis of semaphorin-plexin cis interaction. 著者: Rozbesky, D. / Verhagen, M.G. / Karia, D. / Nagy, G.N. / Alvarez, L. / Robinson, R.A. / Harlos, K. / Padilla-Parra, S. / Pasterkamp, R.J. / Jones, E.Y. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6fkn.cif.gz | 801.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6fkn.ent.gz | 665.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6fkn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/6fkn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/6fkn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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-要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 78699.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: PlexA, BcDNA:GM05237, D-Plex A, Dmel\CG11081, DPlexA, lincRNA.927, plex, plex A, Plex1, plexA, PlexA1, CG11081, Dmel_CG11081 Variant: isoform A / プラスミド: pHLSec / Cell (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9V491 #2: タンパク質 | 分子量: 64212.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Sema1b, Sema-1b, Sema-1b-RB, semaphorin-like, CG6446, Dmel_CG6446 プラスミド: pHLSec / Cell (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7KK54 |
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-糖 , 4種, 10分子
#3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||
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#4: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||
#5: 多糖 | #6: 糖 | ChemComp-NAG / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.01 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES and 12% (w/v) PEG 20 000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.0719 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0719 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4.801→133.047 Å / Num. obs: 15309 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.9 % / Biso Wilson estimate: 217.36 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.339 / Net I/σ(I): 7.41 |
反射 シェル | 解像度: 4.801→4.97 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6KFM 解像度: 4.801→133.047 Å / SU ML: 0.58 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.76 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4.801→133.047 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -2.4413 Å / Origin y: 43.7016 Å / Origin z: 1.2018 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |