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- PDB-6fi0: Crystal structure of BAZ2A PHD zinc finger in complex with Fr 19 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fi0
タイトルCrystal structure of BAZ2A PHD zinc finger in complex with Fr 19
要素Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / PHD zinc finger / bromodomain (ブロモドメイン) / BAZ2A / fragment / Fr 19 / Fr19 / epigenetic (エピジェネティクス) / ligandability
機能・相同性
機能・相同性情報


NoRC complex / : / : / rDNA heterochromatin / rDNA heterochromatin formation / chromatin silencing complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / : / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / : ...NoRC complex / : / : / rDNA heterochromatin / rDNA heterochromatin formation / chromatin silencing complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / : / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / : / heterochromatin formation / nuclear receptor binding / lysine-acetylated histone binding / NoRC negatively regulates rRNA expression / histone binding / nuclear speck / クロマチンリモデリング / DNA-templated transcription / 核小体 / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / RNA binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A / WHIM1 domain / WSTF, HB1, Itc1p, MBD9 motif 1 / DNA binding domain with preference for A/T rich regions / AT hook, DNA-binding motif / BAZ2A/BAZ2B, bromodomain / DDT domain / DDT domain / WHIM2 domain / Williams-Beuren syndrome DDT (WSD), D-TOX E motif ...Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A / WHIM1 domain / WSTF, HB1, Itc1p, MBD9 motif 1 / DNA binding domain with preference for A/T rich regions / AT hook, DNA-binding motif / BAZ2A/BAZ2B, bromodomain / DDT domain / DDT domain / WHIM2 domain / Williams-Beuren syndrome DDT (WSD), D-TOX E motif / DDT domain profile. / domain in different transcription and chromosome remodeling factors / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / PHD-finger / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / ブロモドメイン / Bromodomain profile. / bromo domain / ブロモドメイン / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DEW / : / リン酸塩 / Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Amato, A. / Lucas, X. / Bortoluzzi, A. / Wright, D. / Ciulli, A.
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Targeting Ligandable Pockets on Plant Homeodomain (PHD) Zinc Finger Domains by a Fragment-Based Approach.
著者: Amato, A. / Lucas, X. / Bortoluzzi, A. / Wright, D. / Ciulli, A.
履歴
登録2018年1月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22018年5月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
B: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
C: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
D: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,85721
ポリマ－26,3914
非ポリマー1,46617
水2,900161
1
A: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8635
ポリマ－6,5981
非ポリマー2654
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0205
ポリマ－6,5981
非ポリマー4224
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1517
ポリマ－6,5981
非ポリマー5536
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8234
ポリマ－6,5981
非ポリマー2263
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.095, 72.095, 99.198
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A / Transcription termination factor I-interacting protein 5 / Tip5 / hWALp3


分子量: 6597.694 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAZ2A, KIAA0314, TIP5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UIF9

-
非ポリマー , 6種, 178分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-DEW / 2-azanyl-1-(6,7-dihydro-4~{H}-thieno[3,2-c]pyridin-5-yl)ethanone


分子量: 196.269 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12N2OS
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.63 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2.2-2.4 M sodium/potassium phosphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→45.34 Å / Num. obs: 21069 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QF2

4qf2


解像度: 1.9→45.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 5.36 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23101 1084 5.2 %RANDOM
Rwork0.18952 ---
obs0.1916 19952 98.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.775 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.82 Å2-0 Å20 Å2
2--0.82 Å20 Å2
3----1.64 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→45.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1615 0 62 161 1838
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0191728
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021537
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8981.9922323
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3143.0213534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1655204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.91423.76677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.7415277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3281512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2243
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021854
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02344
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4022.63828
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4022.63827
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2293.9231028
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2283.9231029
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2483.037900
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2483.04901
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.384.4921294
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.23732.231854
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.23832.2281854
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 91 -
Rwork0.262 1431 -
obs--98.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1725-2.49842.772.6909-1.43673.19070.14270.2706-0.0693-0.0646-0.16420.11440.1580.27560.02150.04090.0213-0.03180.0814-0.01780.060612.758832.903519.7191
21.48141.1714-1.24373.84460.97222.3701-0.0478-0.3132-0.2725-0.1713-0.1799-0.2799-0.03720.29990.22770.0107-0.00290.01810.11880.05790.136339.36524.661445.5144
31.93880.5096-1.54432.9235-0.73521.2696-0.09980.00910.0520.17760.132-0.08810.0538-0.0174-0.03220.10120.0146-0.02740.06510.00730.031611.392238.675834.5627
42.85472.1998-1.11422.8831-2.69893.2951-0.18220.2051-0.0848-0.1950.0569-0.1130.18340.07350.12530.1074-0.03390.05170.05160.01120.055233.747823.541830.2127
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1676 - 1728
2X-RAY DIFFRACTION2B1676 - 1726
3X-RAY DIFFRACTION3C1676 - 1727
4X-RAY DIFFRACTION4D1676 - 1728

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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