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万見
- PDB-6erz: The crystal structure of mouse chloride intracellular channel pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6erz
タイトルThe crystal structure of mouse chloride intracellular channel protein 6
要素Chloride intracellular channel protein 6Chloride channel
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / CLIC / GST / Glutathione Transferase (グルタチオン-S-トランスフェラーゼ) / Ion channel (イオンチャネル) / CHLORIDE CHANNEL
機能・相同性
機能・相同性情報


D3 dopamine receptor binding / D4 dopamine receptor binding / : / voltage-gated monoatomic ion channel activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / chloride channel activity / chloride channel complex / D2 dopamine receptor binding / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Chloride intracellular channel protein 4/6 / Intracellular chloride channel / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin ...Chloride intracellular channel protein 4/6 / Intracellular chloride channel / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chloride intracellular channel protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.923 Å
データ登録者Ferofontov, A. / Giladi, M. / Haitin, Y.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Inherent flexibility of CLIC6 revealed by crystallographic and solution studies.
著者: Ferofontov, A. / Strulovich, R. / Marom, M. / Giladi, M. / Haitin, Y.
履歴
登録2017年10月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chloride intracellular channel protein 6
B: Chloride intracellular channel protein 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6088
ポリマ－54,0052
非ポリマー6026
水4,071226
1
A: Chloride intracellular channel protein 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3174
ポリマ－27,0031
非ポリマー3143
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Chloride intracellular channel protein 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2914
ポリマ－27,0031
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)120.384, 51.637, 101.101
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.620, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 3 and (name N or name...
21(chain B and (resid 3 through 9 or (resid 10...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETMETMET(chain A and ((resid 3 and (name N or name...AA33
12METMETLYSLYS(chain A and ((resid 3 and (name N or name...AA3 - 2383 - 238
13METMETLYSLYS(chain A and ((resid 3 and (name N or name...AA3 - 2383 - 238
14METMETLYSLYS(chain A and ((resid 3 and (name N or name...AA3 - 2383 - 238
15METMETLYSLYS(chain A and ((resid 3 and (name N or name...AA3 - 2383 - 238
21METMETVALVAL(chain B and (resid 3 through 9 or (resid 10...BB3 - 93 - 9
22LYSLYSALAALA(chain B and (resid 3 through 9 or (resid 10...BB10 - 1110 - 11
23METMETARGARG(chain B and (resid 3 through 9 or (resid 10...BB3 - 2363 - 236
24METMETARGARG(chain B and (resid 3 through 9 or (resid 10...BB3 - 2363 - 236
25METMETARGARG(chain B and (resid 3 through 9 or (resid 10...BB3 - 2363 - 236
26METMETARGARG(chain B and (resid 3 through 9 or (resid 10...BB3 - 2363 - 236

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要素

#1: タンパク質 Chloride intracellular channel protein 6 / Chloride channel


分子量: 27002.738 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 363-596 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Clic6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8BHB9
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.37 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, LiSO4, Bis-Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→46.975 Å / Num. obs: 47963 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.39 % / Biso Wilson estimate: 39.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 11.66

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XSCALEデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AHE

2ahe


解像度: 1.923→46.975 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.39
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2491 1718 5 %
Rwork0.2033 --
obs0.2056 34378 83.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 163.64 Å2 / Biso mean: 49.3548 Å2 / Biso min: 23.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.923→46.975 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3370 0 45 226 3641
Biso mean--96.94 50.06 -
残基数----450
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083473
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8954739
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053542
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007614
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.2892054
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1915X-RAY DIFFRACTION8.697TORSIONAL
12B1915X-RAY DIFFRACTION8.697TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9228-1.97940.7894160.6993023189
1.9794-2.04320.4692550.43961052110733
2.0432-2.11630.38091140.33582173228767
2.1163-2.2010.35211580.33243018317693
2.201-2.30120.35741700.30173217338799
2.3012-2.42250.31861710.25663249342099
2.4225-2.57430.29771690.25313222339199
2.5743-2.7730.29141710.23873236340799
2.773-3.0520.29841710.22933264343599
3.052-3.49350.25171720.1923263343599
3.4935-4.4010.17581740.151433183492100
4.401-46.98850.21411770.16453346352399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.4868-0.5472-0.17392.6890.10275.4234-0.2588-0.7462-0.05190.50450.06230.29990.1873-0.71680.14170.28770.07960.04430.3563-0.0280.277142.823742.02426.0214
24.00450.6562-1.4946.3743-0.80667.8125-0.263-1.40850.76180.41060.03130.5832-0.2611-1.03560.14010.51150.2507-0.01290.7557-0.14730.452940.281749.655332.2197
32.2805-0.2163-0.23260.28470.02720.5337-0.2377-0.02790.2110.1510.11910.1637-0.1213-0.1770.11510.37490.0892-0.07320.314-0.03020.462535.003748.507410.3135
41.7284-0.61340.59622.08811.04622.0594-0.1344-0.1854-0.11670.05370.00420.30540.0029-0.27090.10630.19630.02380.0040.24-0.01070.299137.893939.6967.0868
53.78270.91130.75411.8778-0.41372.73220.0304-0.5150.0810.3037-0.05610.0679-0.07890.00760.03960.38230.11980.01670.3605-0.00450.276659.051435.791931.5105
66.5591.2586-1.43163.0287-2.01735.9427-0.1917-2.0087-0.19271.3594-0.12920.0876-0.3473-0.11340.34590.86850.07790.01761.10430.10410.593260.507431.036444.6415
71.80530.6509-0.65392.10880.75765.2494-0.3405-0.4226-0.52370.30890.04670.10350.3606-0.25660.25760.52530.0790.02340.36650.09370.38456.55724.083226.4446
81.4563-0.2575-0.2721.26740.06462.31-0.1419-0.52060.01890.4620.3225-0.45690.37710.4607-0.25450.42460.2274-0.13920.4656-0.05750.426283.662732.713323.9947
97.73221.1466-3.56183.8947-1.6375.0527-0.67740.4733-0.405-0.29570.2629-0.22540.8354-0.2420.41490.3306-0.00910.04730.2464-0.02530.282472.009229.51545.6103
104.90533.77280.45337.16211.30543.1661-0.0462-0.47720.18610.2853-0.0171-0.29160.12910.2890.11080.3650.1382-0.08290.3078-0.05130.330974.690238.637825.9768
111.5096-0.4931-0.96351.6371-0.3751.9534-0.0213-0.22060.26620.22820.1017-0.2056-0.13350.2946-0.0510.3320.0656-0.05640.2946-0.05690.323873.690542.486523.2702
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 43 )A3 - 43
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 44 through 73 )A44 - 73
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 74 through 142 )A74 - 142
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 143 through 238 )A143 - 238
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 3 through 43 )B3 - 43
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 44 through 62 )B44 - 62
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 63 through 97 )B63 - 97
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 98 through 142 )B98 - 142
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 143 through 171 )B143 - 171
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 172 through 192 )B172 - 192
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 193 through 236 )B193 - 236

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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