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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6em1 | ||||||
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タイトル | State C (Nsa1-TAP Flag-Ytm1) - Visualizing the assembly pathway of nucleolar pre-60S ribosomes | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / Large Subunit Biogenesis Nucleolus | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 snoRNA release from pre-rRNA / nuclear division / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / PeBoW complex / ATP-dependent activity, acting on RNA / rRNA primary transcript binding / positive regulation of ATP-dependent activity / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) ...snoRNA release from pre-rRNA / nuclear division / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / PeBoW complex / ATP-dependent activity, acting on RNA / rRNA primary transcript binding / positive regulation of ATP-dependent activity / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / preribosome, small subunit precursor / proteasome binding / maturation of 5.8S rRNA / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ribosomal large subunit binding / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / ATPase activator activity / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / preribosome, large subunit precursor / translational elongation / ribosomal large subunit export from nucleus / 90S preribosome / ribosomal subunit export from nucleus / ribonucleoprotein complex binding / translation initiation factor activity / maturation of LSU-rRNA / proteasome complex / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear periphery / assembly of large subunit precursor of preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cytosolic ribosome assembly / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / macroautophagy / maintenance of translational fidelity / protein catabolic process / rRNA processing / nuclear envelope / protein transport / ATPase binding / ribosomal small subunit biogenesis / protein-macromolecule adaptor activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / RNA helicase activity / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / RNA helicase / structural constituent of ribosome / translation / GTPase activity / mRNA binding / nucleolus / GTP binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Kater, L. / Cheng, J. / Barrio-Garcia, C. / Hurt, E. / Beckmann, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2017 タイトル: Visualizing the Assembly Pathway of Nucleolar Pre-60S Ribosomes. 著者: Lukas Kater / Matthias Thoms / Clara Barrio-Garcia / Jingdong Cheng / Sherif Ismail / Yasar Luqman Ahmed / Gert Bange / Dieter Kressler / Otto Berninghausen / Irmgard Sinning / Ed Hurt / Roland Beckmann / 要旨: Eukaryotic 60S ribosomal subunits are comprised of three rRNAs and ∼50 ribosomal proteins. The initial steps of their formation take place in the nucleolus, but, owing to a lack of structural ...Eukaryotic 60S ribosomal subunits are comprised of three rRNAs and ∼50 ribosomal proteins. The initial steps of their formation take place in the nucleolus, but, owing to a lack of structural information, this process is poorly understood. Using cryo-EM, we solved structures of early 60S biogenesis intermediates at 3.3 Å to 4.5 Å resolution, thereby providing insights into their sequential folding and assembly pathway. Besides revealing distinct immature rRNA conformations, we map 25 assembly factors in six different assembly states. Notably, the Nsa1-Rrp1-Rpf1-Mak16 module stabilizes the solvent side of the 60S subunit, and the Erb1-Ytm1-Nop7 complex organizes and connects through Erb1's meandering N-terminal extension, eight assembly factors, three ribosomal proteins, and three 25S rRNA domains. Our structural snapshots reveal the order of integration and compaction of the six major 60S domains within early nucleolar 60S particles developing stepwise from the solvent side around the exit tunnel to the central protuberance. | ||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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PDB形式 | pdb6em1.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6em1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
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文書・要旨 | 6em1_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6em1_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6em1_validation.xml.gz | 194.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6em1_validation.cif.gz | 330.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/6em1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/6em1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3893MC 3888C 3889C 3890C 3891C 3892C 6elzC 6em3C 6em4C 6em5C 6emfC 6emgC 6en7C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 13種, 13分子 x34bJsvWyzKDn
#1: タンパク質 | 分子量: 35184.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38805 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 35754.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P10962 |
#4: タンパク質 | 分子量: 33250.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P35178 |
#7: タンパク質 | 分子量: 74531.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02892 |
#8: タンパク質 | 分子量: 49842.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P36049 |
#10: タンパク質 | 分子量: 57798.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40010 |
#12: タンパク質 | 分子量: 26954.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40007 |
#13: タンパク質 | 分子量: 27098.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33201 |
#14: タンパク質 | 分子量: 26476.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12522 |
#15: タンパク質 | 分子量: 12435.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38202 |
#38: タンパク質 | 分子量: 42596.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Rigid body fit based on 6ELZ 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38779 |
#40: タンパク質 | 分子量: 56798.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Rigid body fit based on 6ELZ 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03532, RNA helicase |
#42: タンパク質 | 分子量: 69984.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Rigid body fit based on 6ELZ 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: YJM789 / 参照: UniProt: A6ZV85, UniProt: P53261*PLUS |
-60S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 FBCeEfGhHijLMNOPQSVY
#2: タンパク質 | 分子量: 27686.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05737 |
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#16: タンパク質 | 分子量: 43850.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P14126 |
#17: タンパク質 | 分子量: 39159.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P10664 |
#18: タンパク質 | 分子量: 14809.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38061 |
#19: タンパク質 | 分子量: 20000.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02326 |
#20: タンパク質 | 分子量: 12177.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05744 |
#21: タンパク質 | 分子量: 28175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P17076 |
#22: タンパク質 | 分子量: 13942.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX84 |
#23: タンパク質 | 分子量: 21605.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05738 |
#24: タンパク質 | 分子量: 11162.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: O14455 |
#25: タンパク質 | 分子量: 9877.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P49166 |
#26: タンパク質 | 分子量: 22604.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12690 |
#27: タンパク質 | 分子量: 15195.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P36105 |
#28: タンパク質 | 分子量: 24482.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05748 |
#29: タンパク質 | 分子量: 22247.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P26784 |
#30: タンパク質 | 分子量: 20589.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05740 |
#31: タンパク質 | 分子量: 20609.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX49 |
#32: タンパク質 | 分子量: 20478.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX23 |
#33: タンパク質 | 分子量: 14493.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX41 |
#34: タンパク質 | 分子量: 14265.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05743 |
-Ribosome biogenesis protein ... , 7種, 7分子 5Arumot
#5: タンパク質 | 分子量: 51982.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53136 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 33585.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08235 |
#9: タンパク質 | 分子量: 29786.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40078 |
#11: タンパク質 | 分子量: 24027.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q07915 |
#39: タンパク質 | 分子量: 91830.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Rigid body fit based on 6ELZ 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q04660 |
#41: タンパク質 | 分子量: 25499.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Rigid body fit based on 6ELZ 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53927 |
#43: タンパク質 | 分子量: 36621.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Rigid body fit based on 6ELZ 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40693 |
-5.8S ribosomal ... , 2種, 2分子 26
#36: RNA鎖 | 分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: GenBank: 1214879358 |
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#37: RNA鎖 | 分子量: 74308.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Rigid body fit based on 6ELZ 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: GenBank: 1102641490 |
-RNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 3分子 1
#35: RNA鎖 | 分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: GenBank: 834774822 |
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#44: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Nsa1-TAP Flag-Ytm1 / タイプ: RIBOSOME 詳細: Pre-60S intermediates purified via Nsa1-TAP Flag-Ytm1 Entity ID: #1-#43 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 27 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 10 / 利用したフレーム数/画像: 1-6 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 156937 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: AVERAGE FSC 詳細: Due to low local resolution, Chains 6 (ITS2), t (Rlp7), o (Nop15), n (Nop7), m (Erb1), K (Cic1) and D (Has1) of the "Foot" were rigid body docked into the EM-Map as a rigid assembly. These ...詳細: Due to low local resolution, Chains 6 (ITS2), t (Rlp7), o (Nop15), n (Nop7), m (Erb1), K (Cic1) and D (Has1) of the "Foot" were rigid body docked into the EM-Map as a rigid assembly. These Chains were taken from pdb 6ELZ |