ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
---|
PHENIX | (1.14_3211: ???)精密化 | XDS | | データ削減 | SCALA | | データスケーリング | PHASER | | 位相決定 | |
|
---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→45.839 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.65 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
---|
Rfree | 0.2556 | 1482 | 4.88 % |
---|
Rwork | 0.217 | - | - |
---|
obs | 0.2189 | 30350 | 99.88 % |
---|
|
---|
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
---|
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→45.839 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
---|
原子数 | 3442 | 0 | 0 | 201 | 3643 |
---|
|
---|
拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
---|
X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.002 | 3525 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.493 | 4814 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d2.16 | 2415 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.04 | 559 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.003 | 610 | | | | | |
|
---|
LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
---|
2-2.0646 | 0.3515 | 128 | 0.2885 | 2590 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.0646-2.1383 | 0.3182 | 116 | 0.2858 | 2615 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.1383-2.224 | 0.3239 | 139 | 0.2815 | 2558 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.224-2.3252 | 0.2985 | 121 | 0.2756 | 2613 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.3252-2.4478 | 0.3274 | 112 | 0.2709 | 2623 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.4478-2.6011 | 0.3051 | 137 | 0.281 | 2573 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.6011-2.8019 | 0.3099 | 135 | 0.2705 | 2606 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.8019-3.0838 | 0.2513 | 151 | 0.2472 | 2615 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.0838-3.5299 | 0.2485 | 146 | 0.2245 | 2634 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.5299-4.4467 | 0.2384 | 167 | 0.1798 | 2640 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 4.4467-45.8512 | 0.2006 | 130 | 0.1616 | 2801 | X-RAY DIFFRACTION | 99 |
|
---|
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 0.6266 Å / Origin y: 9.3363 Å / Origin z: 5.2391 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
---|
T | 0.2692 Å2 | 0.0493 Å2 | 0.0312 Å2 | - | 0.2597 Å2 | 0.0188 Å2 | - | - | 0.3528 Å2 |
---|
L | 0.483 °2 | 0.1417 °2 | 0.3533 °2 | - | 0.8202 °2 | 0.353 °2 | - | - | 2.2052 °2 |
---|
S | 0.0414 Å ° | 0.0701 Å ° | -0.0302 Å ° | 0.0242 Å ° | -0.0157 Å ° | 0.0495 Å ° | 0.1293 Å ° | 0.1623 Å ° | -0.0224 Å ° |
---|
|
---|
精密化 TLSグループ | Selection details: all |
---|